대         법         원

제    1    부

판         결

사       건	2026두30111  법인세부과처분등취소

원고, 상고인 겸 피상고인

의료법인 ○○의료재단

소송대리인 법무법인 반우

담당변호사 김주성

피고, 피상고인 겸 상고인

대전세무서장

원 심 판 결	대전고등법원 2025. 12. 9. 선고 2024누12151 판결

판 결 선 고	2026. 7. 16.

주       문

상고를 모두 기각한다.

상고비용 중 원고의 상고로 인한 부분은 원고가, 피고의 상고로 인한 부분은 피고가 각 부담한다.

이       유

상고이유를 판단한다.

1. 사안의 개요

원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 의하면, 다음 사실을 알 수 있다.

가. 원고는 의료업을 목적으로 설립된 법인으로, 충남 △△군 △△읍 (이하 생략)에 △△요양병원(이하 ’이 사건 요양병원‘이라 한다)을 개설하여 운영하고 있다.

나. 소외인은 의료인이 아니었음에도 불구하고 2008. 6. 초순경 이 사건 요양병원의 운영권 일체를 포괄적으로 양수하여, 그때부터 원고의 이사장으로서 또는 자신의 처남을 원고의 이사장으로 내세워 이 사건 요양병원을 실질적으로 운영하였다.

다. 소외인은 2008. 6. 9.경부터 2017. 11.경까지 위와 같이 이 사건 요양병원을 운영하면서 의사를 고용하여 환자를 진료하게 하였고, 이로써 국민건강보험공단으로부터 2008. 8. 26.부터 2017. 11. 2.까지 113회에 걸쳐 요양급여비 명목으로 합계 13,650,224,150원이 지급되었다.

라. 국민건강보험공단은 2018. 12. 10. ’원고가 무자격자 의료기관 개설 금지 규정인 구 의료법(2020. 3. 4. 법률 제17069호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제33조 제2항을 위반하여 요양급여비용을 부당하게 받았다‘는 이유로, 원고에게 17,415,801,080원의, 소외인에게 9,779,895,810원의 각 부당이득징수처분을 하였다. 그 후 국민건강보험공단은 개정된 내부 재량준칙에 따라 2024. 1. 16. 원고에 대한 부당이득징수금을 6,652,157,840원으로, 소외인에 대한 부당이득징수금을 6,845,927,060원으로 각 감경하는 처분을 하였다.

마. 대전지방국세청장은 원고에 대하여 2021. 3. 9.부터 2021. 7. 23.까지 2011~2019 사업연도에 대한 법인세통합조사를 실시한 결과 원고는 국민건강보험공단을 기망하여 속칭 ’사무장병원‘을 운영하였음에도 적법한 의료기관인 것처럼 부가가치세 면제를 적용하여 2011년 제1기부터 2018년 제1기까지의 부가가치세 3,292,233,564원을 포탈하였고, 소외인은 변칙 회계처리를 통해 원고의 자금을 부당하게 유출하여 2011~2019 사업연도 법인세 776,338,378원을 포탈하였다는 과세자료를 피고에게 통보하였다.

이에 따라 피고는 원고에 대하여 2021. 9. 6. 법인세(가산세 포함)를, 2021. 7. 22. 및 2021. 9. 6. 부가가치세(가산세 포함)를 각 결정․고지하였다. 이후 대전지방국세청장은 2022. 2.경 2011~2018 사업연도 법인세 667,343,261원을 직권으로 감액하였다(이하 위 법인세 부과처분 중 위와 같이 감액되고 남은 부분과 위 부가가치세 부과처분을 통틀어 ’이 사건 처분‘이라 한다).

2. 원고가 제공한 의료보건 용역이 부가가치세 면제 대상에 해당하는지 여부(원고의 제1, 2, 3 상고이유 관련)

가. 관련 규정 및 법리

1) 구 부가가치세법(2018. 12. 31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조 제1항 제5호는 부가가치세 면제 대상의 하나로 ’의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것‘을 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제35조는 “법 제26조 제1항 제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(의료법 또는 수의사법에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.”라고 규정하면서 제1호에서 ’의료법에 따른 의사, 치과의사, 한의사, 조산사 또는 간호사(이하 의료법에 따라 의료기관을 개설한 자까지 포함하여 ‘의사 등’이라 한다)가 제공하는 용역‘을 들고 있다. 한편 구 의료법 제33조 제2항 및 제87조에 의하면 의료기관 개설자격은 의사나 의료법인 등으로 한정되고, 의료기관의 개설자격이 없는 자가 의료기관을 개설하는 것은 엄격히 금지된다.

2) 이러한 규정들의 문언 내용과 취지 및 체계 등에 비추어 보면, 구 부가가치세법 제26조 제1항 제5호, 구 부가가치세법 시행령 제35조 제1호의 규정에 따라 부가가치세가 면제되는 의료보건 용역은 의료법에 따른 의사 등이 공급의 주체가 되어 의료법의 규정에 따라 제공하는 의료보건 용역을 의미한다고 봄이 타당하다(대법원 2013. 5. 9. 선고 2011두5834 판결 참조). 따라서 의료법에 따른 의사 등이 아닌 사람이 의료법에 따른 의사 등을 고용하여 제공하는 의료보건 용역은 구 부가가치세법 제26조 제1항 제5호, 구 부가가치세법 시행령 제35조 제1호가 규정한 부가가치세 면제 대상인 ‘의료법에 따른 의사 등이 제공하는 용역’에 해당하지 아니한다.

나. 판단

원심은 판시와 같은 이유로, 의료법인인 원고 명의로 개설된 의료기관이 실질적으로 비의료인인 소외인에 의해 개설․운영되었으므로 해당 의료기관에서 제공된 의료보건 용역은 구 부가가치세법 제26조 제1항 제5호, 구 부가가치세법 시행령 제35조 제1호에서 부가가치세 면제 대상으로 정하고 있는 ‘의료법에 따른 의사 등이 제공하는 용역’에 해당하지 않는다고 판단하였다.

원심판결 이유를 앞서 본 규정 및 법리에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 부가가치세 면제 대상인 의료보건 용역의 범위, 요양급여비용 지급결정의 공정력 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

3. 원고가 지급받은 요양급여비용 중 국민건강보험공단에 의해 부당이득징수처분이 이루어진 부분은 부가가치세의 과세표준에서 제외되어야 하는지 여부(원고의 제1 상고이유 중 부당이득징수처분이 이루어진 요양급여비용에 대한 부분 관련)

가. 관련 규정 및 법리

1) 구 국민건강보험법(2020. 12. 29. 법률 제17772호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제57조 제1항은 “공단은 속임수나 그 밖의 부당한 방법으로 보험급여를 받은 사람이나 보험급여 비용을 받은 요양기관에 대하여 그 보험급여나 보험급여비용에 상당하는 금액의 전부 또는 일부를 징수한다.”라고 규정하여 그 문언상 일부 징수가 가능함을 명시하고 있다. 위 조항은 요양기관이 부당한 방법으로 급여비용을 지급청구하는 것을 방지함으로써 바람직한 급여체계의 유지를 통한 건강보험 및 의료급여 재정의 건전성을 확보하려는 데 입법 취지가 있으나, 요양기관으로서는 부당이득징수로 인하여 이미 실시한 요양급여에 대하여 그 비용을 상환받지 못하는 결과가 되어 그 침익적 성격이 큰 점 등을 고려하면, 구 국민건강보험법 제57조 제1항에 따른 부당이득징수처분은 재량행위에 해당한다고 봄이 타당하다(대법원 2020. 6. 4. 선고 2015두39996 판결, 대법원 2020. 7. 9. 선고 2018두44838 판결 등 참조).

2) 나아가 앞서 본 구 국민건강보험법 제57조 제1항에 따른 부당이득징수처분의 입법 취지와 법적 성격 등에 비추어 보면, 의료법에 따른 의사 등이 아닌 사람이 의료법에 따른 의사 등을 고용하여 제공한 의료보건 용역에 관하여 국민건강보험공단으로부터 이미 지급받은 요양급여비용에 대해 부당이득징수처분이 이루어지더라도 특별한 사정이 없는 한 해당 요양급여비용을 부가가치세 과세표준에서 제외할 수 없다고 보아야 하고, 이는 해당 부당이득징수금이 실제로 납부되었다고 하더라도 마찬가지이다. 구 국민건강보험법 제57조 제1항에 따른 부당이득징수처분은 당초의 의료보건 용역 공급 거래 이후에 별도로 이루어지는 제재처분으로서 국민건강보험공단의 재량에 의해 그 징수금액이 결정될 뿐 아니라, 위 처분 자체는 물론이고 그에 따른 부당이득징수금의 납부로 인하여 부가가치세 과세대상인 ‘의료보건 용역 공급 거래’의 효력이 소급적으로 상실되거나 그 공급가액이 감축된다고 평가할 수는 없기 때문이다.

나. 판단

원심은, 원고가 국민건강보험공단으로부터 부당이득징수처분을 받았을지라도 해당 부당이득징수금을 납부하지 않아 이에 대한 경제적 이익을 향수하고 있는 이상, 해당 금액이 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 한다고 볼 수 없다고 판단하였다.

원심판결 이유를 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원심의 이유 설시에 일부 부적절한 부분이 있으나 원심이 국민건강보험공단으로부터 지급된 요양급여비용 중 부당이득징수처분이 이루어진 부분 역시 부가가치세 과세표준에 포함되어야 한다고 본 것은 결론에 있어 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 부가가치세의 과세대상에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

4. 실질과세의 원칙 위반 여부(원고의 제4 상고이유 관련)

국세기본법 제14조 제1항에서 규정하는 실질과세의 원칙은 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관하여 그 귀속명의와 달리 실질적으로 귀속되는 사람이 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 그 귀속명의자를 납세의무자로 삼지 아니하고 실질적으로 귀속되는 사람을 납세의무자로 삼겠다는 것이다. 따라서 재산의 귀속명의자는 이를 지배․관리할 능력이 없고, 그 명의자에 대한 지배권 등을 통하여 실질적으로 이를 지배․관리하는 사람이 따로 있으며, 그와 같은 명의와 실질의 괴리가 조세를 회피할 목적에서 비롯된 경우에는, 그 재산에 관한 소득은 그 재산을 실질적으로 지배․관리하는 사람에게 귀속된 것으로 보아 그를 납세의무자로 삼아야 한다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결, 대법원 2018. 11. 9. 선고 2014도9026 판결 등 참조).

원심은 판시와 같은 이유로, 소외인이 상당한 기간 동안 원고의 운영수익 등을 부당하게 유출하였다는 사정만으로는 이 사건 처분에 관한 원고의 소득, 수익, 재산, 거래 등 법인세와 부가가치세의 과세대상이 소외인에게 실질적으로 귀속되었다고 볼 수 없다고 판단하였다.

원심판결 이유를 앞서 본 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 실질과세의 원칙에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

5. 이 사건 처분 중 부가가치세 부분에 대하여 적용되는 부과제척기간(피고의 상고이유 관련)

구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항의 입법 취지는 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에 과세관청으로서는 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기가 어려우므로 당해 국세에 대한 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있다. 따라서 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 않는다(대법원 2013. 12. 12. 선고 2013두7667 판결 참조).

원심은, 원고가 적법하게 개설된 의료기관에서 의료보건 용역을 공급한 것처럼 하여 부가가치세를 신고하지 않았을 뿐 그 부가가치세 면제를 위하여 회계장부를 조작하는 등의 적극적 행위를 한 것으로는 볼 수 없다는 등의 판시와 같은 이유로, 이 사건 처분 중 부가가치세 부분에 대하여 10년의 부과제척기간이 적용되어야 한다는 피고의 주장을 배척하고, 이 사건 처분 중 무신고에 따른 7년의 부과제척기간이 경과한 후 이루어진 부가가치세 부분은 위법하므로 취소되어야 한다고 판단하였다.

원심판결 이유를 앞서 본 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

6. 결론

상고를 모두 기각하고 상고비용 중 원고의 상고로 인한 부분은 원고가, 피고의 상고로 인한 부분은 피고가 각 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

재판장 대법관	신숙희

주 심 대법관	천대엽

대법관	서경환

대법관	마용주