대         법         원

제    2    부

판         결

사       건	2026두30500  경정거부처분취소의소

원고, 상고인	○○○ 주식회사

소송대리인 법무법인(유) 화우

담당변호사 정재웅 외 3인

피고, 피상고인	창원세무서장

원 심 판 결	부산고등법원 2026. 1. 23. 선고 (창원)2025누10102 판결

판 결 선 고	2026. 8. 12.

주       문

원심판결 중 각 가산세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 부산고등법원에 환송한다.

나머지 상고를 기각한다.

이       유

상고이유를 판단한다.

1. 사안의 개요

원심판결 이유와 기록에 의하면 다음 사실을 알 수 있다.

가. 원고는 2010. 1.경 오만 이슬람 왕국의 (외국회사명 생략)으로부터 ‘(공사명 1 생략)’를 수급하여, 그 중 기계ㆍ배관설치공사를 △△△ 주식회사(이하 ‘소외 회사’라고 한다)에 영세율로 하도급하였다. 이후 원고는 2017. 4.경 다시 소외 회사에 위 기계ㆍ배관설치공사에 관한 추가공사를 하도급하였다(이하 ‘이 사건 오만 계약’이라 한다).

나. 원고는 2015. 1.경 카타르로부터 ‘(공사명 2 생략)’를 수급하여, 그 중 기계ㆍ배관설치공사를 소외 회사에 2017. 12. 7. 공사대금 외에 부가가치세 상당액을 추가로 지급하는 조건으로 하도급하였다가 2019. 8. 26. 같은 조건으로 당초의 공사대금을 증액하였고, 나아가 소외 회사에 2020. 5. 18. 2차 추가공사를, 2020. 8. 31. 3차 추가공사를 각 같은 조건으로 하도급하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 카타르 계약’이라 한다).

다. 소외 회사는 이 사건 오만 및 카타르 계약에 따른 기계ㆍ배관설치공사용역(이하 ‘이 사건 용역’이라 한다)의 공급이 부가가치세 과세대상임을 전제로 2017. 4.경부터 2020. 10.경까지 부가가치세 합계 2,428,667,043원(이하 ‘이 사건 부가가치세’라 한다)의 세금계산서(이하 ‘이 사건 당초 세금계산서’라 한다)를 발급하였고, 원고로부터 이 사건 부가가치세 상당액을 지급받았다.

라. 소외 회사는 역삼세무서장에게 이 사건 당초 세금계산서에 따라 이 사건 용역에 관한 부가가치세(2017년 제1기부터 2020년 제2기까지)를 신고하면서 이 사건 부가가치세 상당액을 매출세액에 산입하였다. 그런데 소외 회사는 이 사건 부가가치세 상당액 중 2017년 제1기부터 2018년 제2기까지의 부가가치세 부분은 납부하였으나, 2019년 제1기부터 2020년 제2기까지의 부가가치세 부분은 체납하였다.

마. 소외 회사는 2021. 7. 7. 이 사건 용역이 영세율 적용대상이라는 이유로 부가가치세를 영세율로 수정한 세금계산서(이하 ‘이 사건 수정세금계산서’라 한다)를 발급한 후, 역삼세무서장에게 이 사건 부가가치세에 대하여 경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였다. 역삼세무서장은 2021. 8. 18. 이 사건 경정청구를 받아들여 소정의 금액을 국세환급금으로 결정하고 체납세액에 충당한 뒤 남은 금액을 소외 회사에 지급하였다.

바. 한편, 원고는 역삼세무서장에게 이 사건 당초 세금계산서에 따라 이 사건 용역에 관한 부가가치세(2017년 제1기부터 2020년 제2기까지)를 신고하면서 이 사건 부가가치세 상당액을 매입세액에 산입하였다. 그런데 피고는 2021. 8. 13. 원고가 매입세액으로 공제받은 이 사건 부가가치세 상당액은 매입세액 공제의 대상이 아니라는 점을 들어 원고에게 부가가치세 수정신고를 요청하였다. 이에 따라 원고는 2021. 8. 30. 피고에게 2017년 제1기부터 2020년 제2기까지의 부가가치세에 대하여 수정신고(이하 ‘이 사건 수정신고’라 한다)를 하면서 매입세액으로 공제받았던 이 사건 부가가치세 상당액 및 과소신고와 납부불성실(납부지연)에 따른 가산세 631,939,311원을 납부하였다.

사. 원고는 2021. 10. 14. 피고에게 이 사건 수정신고를 취소하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2021. 12. 15. 원고의 경정청구를 거부하였다.

아. 원고가 위 경정청구 거부처분에 대해 조세심판을 청구하자, 조세심판원은 2023. 8. 23. ‘이 사건 당초 세금계산서 중 2017년 제1기부터 2018년 제2기까지의 과세기간에 발급된 세금계산서는 소외 회사가 과세표준과 납부세액을 신고ㆍ납부하는 등 조세탈루 사실이 없어 세금계산서의 본질적 기능을 침해할 만한 사실과 다른 내용이 기재되어 있지 않으므로, 영세율 적용대상 여부에 착오가 있더라도 수정세금계산서를 발급할 수 없고, 그 세금계산서상 매입세액은 원고의 매입세액으로 공제하는 것이 타당하다’는 이유로 해당 과세기간에 관한 경정청구 거부처분을 취소하였고, ‘이 사건 당초 세금계산서 중 2019년 제1기부터 2020년 제2기까지의 과세기간에 발급된 세금계산서는 영세율 적용대상 여부에 착오가 있는 경우로서 수정세금계산서를 발급할 수 있다’는 이유로 해당 과세기간에 관한 경정청구 거부처분 취소청구를 기각하는 심판결정을 하였다(이하 피고의 위 2021. 12. 15. 자 경정청구 거부처분 중 심판청구가 기각된 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 이 사건 처분 중 본세 부분의 적법 여부(제1, 2 상고이유 관련)

가. 부가가치세법 제9조 제1항은 “재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.”라고 규정하고 있고, 같은 법 제32조는 제1항에서 “사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액, 작성 연월일, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 적은 세금계산서를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.”라고 규정하고 있다.

한편 부가가치세법 제32조 제7항은 “세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정세금계산서를 발급할 수 있다.”라고 규정하고, 그 위임에 따른 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제9호는 ‘세율을 잘못 적용하여 발급한 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다)’를 수정세금계산서 발급사유 중 하나로 들고 있으며, 위 괄호 안의 수정세금계산서 발급 제외사유로서 같은 항 제5호 각 목은 ‘세무조사의 통지를 받은 경우’(가목), ‘세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우’(나목), ‘세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우’(다목), ‘그 밖에 가목부터 다목까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우’(라목)를 들고 있다.

나. 원심은, 이 사건 용역은 국외에서 공급하는 용역으로서 부가가치세법 제22조에 따라 영세율이 적용됨에도, 소외 회사가 이 사건 용역에 관한 세율을 일반세율(10%)로 적용하여 원고에게 이 사건 당초 세금계산서를 발급한 것은 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제9호의 ‘세율을 잘못 적용하여 발급한 경우’에 해당하고, 따라서 소외 회사가 위 세율을 영세율로 바로잡기 위해 이 사건 수정세금계산서를 발급한 것은 위 규정에 근거한 것으로서 적법하다는 취지로 판단하였다. 나아가 원심은 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제5호 각 목 소정의 사유와 관련하여 이 사건 수정세금계산서는 애초에 발급되어서는 아니 되었다는 원고의 주장을 판시와 같은 이유로 배척하였다.

다. 원심판결 이유를 앞서 본 규정 및 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단에 상고이유 주장과 같이 부가가치세 납세의무자의 영세율 선택 가부, 수정세금계산서 발급 및 제한 요건의 해석 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

3. 이 사건 처분 중 가산세 부분의 적법 여부(제3 상고이유 관련)

가. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반하였을 때 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당하다고 볼 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다(대법원 2022. 1. 14. 선고 2017두41108 판결, 대법원 2025. 6. 12. 선고 2024두66181 판결 등 참조).

나. 원심은 가산세를 면할 정당한 사유가 있다는 원고의 주장에 대하여, 원고와 소외 회사가 취급하는 업무 및 상호 간의 관계, 이 사건 오만 및 카타르 계약과 이 사건 용역의 규모 및 내용 등에 비추어 볼 때, 원고가 영세율이 아닌 일반세율을 적용한 이 사건 당초 세금계산서에 기초하여 매입세액을 공제하고 부가가치세를 과소 납부한 것은 부가가치세법 제22조에 따른 영세율 적용을 알지 못한 단순한 법률의 부지나 오해에서 비롯된 것이었다는 등의 판시와 같은 이유로 이를 받아들이지 않았다.

다. 그러나 이러한 원심의 판단은 수긍하기 어렵다.

1) 이 사건 용역이 국외공급 용역으로서 앞서 본 바와 같이 영세율 적용 대상인데도 원고와 소외 회사는 일반세율을 적용하여 이 사건 오만 및 카타르 계약에 관한 거래에 임하였다. 즉, 소외 회사가 원고로부터 부가가치세 상당액을 징수하여 국가에 부가가치세를 납부하고 원고는 지급한 부가가치세 상당액을 매입세액 공제받는 것이 거래의 기본 전제였다. 이는 ‘영세율이 적용되는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 부가가치세액(세율 10%)을 별도로 적은 세금계산서를 발급하고 이에 따라 과세표준과 납부세액을 신고․납부하는 등 조세탈루 사실이 없는 경우 해당 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니하므로 공급자는 세금계산서 발급불성실가산세를 적용하지 아니하고, 공급받은 자는 해당 세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제한다’는 내용의 부가가치세 집행기준 60-0-19 규정에 기초한 것이다. 국외공급 용역은 원칙적으로 영세율 적용대상임에도 불구하고 위와 같은 집행기준이 마련된 것은, 해당 거래에서 공급하는 사업자가 공급을 받는 사업자로부터 징수한 부가가치세 상당액을 국가에 제대로 납부하기만 한다면, 국가 입장에서는 영세율과 일반세율 중 어느 것을 적용하든지 세수 확보 측면에서 별다른 차이가 없기 때문이다.

2) 국세청의 기본통칙은 과세관청 내부에서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하여 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니고, 기본통칙을 보완하기 위한 실무지침인 세법집행기준의 경우도 마찬가지이므로, 과세처분이 납세의무 성립 당시의 조세법규에 근거한 이상, 해당 조세법규의 내용이 기본통칙 및 세법집행기준의 규정과 상이하더라도 그 점만으로 과세처분이 위법하다고 볼 수 없다. 다만 이 부분 쟁점은, 앞서 본 부가가치세 집행기준 규정이 법규성을 지닌다거나 소외 회사가 이 사건 수정세금계산서를 발급할 수 있는지 여부가 아니라, 원고가 2019년 제1기부터 2020년 제2기까지의 과세기간 동안 이 사건 당초 세금계산서에 따라 매입세액을 공제받은 것을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있었는지 여부라는 점에 유의할 필요가 있다.

이러한 견지에서 살피건대, 소외 회사가 부가가치세를 납부한 2017년 제1기부터 2018년 제2기까지의 과세기간(조세심판원은 앞서 본 바와 같이 위 과세기간 동안에는 소외 회사가 애초에 수정세금계산서를 발급할 수 없다고 보아, 원고가 매입세액 공제를 받았던 금액 상당의 부가가치세와 이에 대한 가산세에 관하여 원고의 경정청구를 받아들였다)과 마찬가지로, 소외 회사가 부가가치세를 체납한 2019년 제1기부터 2020년 제2기까지의 과세기간에 대해서도, 만일 소외 회사가 해당 부가가치세를 제대로 납부하였더라면, 위 부가가치세 집행기준 규정에 따라 원고가 매입세액을 공제받는 것이 과세관청에 의해 사실상 용인되어, 결과적으로 원고에 대한 이 사건 처분도 이루어지지 아니하였을 것으로 보인다.

그런데 원고가 소외 회사와의 거래에서 일반세율을 적용하여 부가가치세 상당액을 지급하여 주기로 약정하고 그에 따라 소외 회사의 체납이 시작된 2019년 제1기 이후에도 부가가치세 상당액을 소외 회사에 계속 지급한 점 등을 고려하면, 원고는 소외 회사가 2019년 제1기부터 2020년 제2기까지의 과세기간 동안 부가가치세를 체납하리라는 사정을 미처 인식ㆍ예견하지 못하였을 가능성을 배제할 수 없다.

3) 그렇다면, 원심으로서는 가산세를 면할 정당한 사유의 존재 여부를 판단함에 있어서, 소외 회사가 2019년 제1기부터 2020년 제2기까지의 과세기간에 대하여 부가가치세를 체납할 것을 원고가 인식ㆍ예견할 수 있었는지 등을 추가로 심리한 다음, 이를 토대로 원고가 위 과세기간에 대하여 소외 회사에 부가가치세 상당액을 지급하였는데도 스스로 매입세액 공제를 받지 않는 것을 선택할 것을 기대할 수 있었는지 등을 잘 살펴 판단하였어야 한다. 그런데도 원심은 원고가 이 사건 용역에 영세율이 아닌 일반세율을 적용하여 매입세액을 공제받은 것이 단순한 법률의 부지나 오해에서 비롯되었다는 등의 판시와 같은 이유만으로 원고의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하지 않는다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 가산세를 면할 정당한 사유에 관한 법리를 오해한 나머지 필요한 심리를 다하지 아니하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다.

4. 결론

그러므로 원심판결 중 각 가산세 부과처분에 관한 부분을 파기하고 이 부분 사건을 다시 심리ㆍ판단하도록 원심법원에 환송하되 원고의 나머지 상고는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

재판장 대법관	권영준

대법관	오경미

대법관	엄상필

주 심 대법관	박영재