대         법         원

제    3    부

판         결

사       건	2026두30542  부가가치세부과처분 무효 확인 등 청구의 소

원고, 상고인	원고

소송대리인 법무법인(유한) 율촌

담당변호사 염용표 외 4인

피고, 피상고인	부평세무서장

원 심 판 결	서울고등법원 2026. 2. 10. 선고 (인천)2025누10225 판결

판 결 선 고	2026. 8. 13.

주       문

상고를 기각한다.

상고비용은 원고가 부담한다.

이       유

상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서는 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다.

1. 이 사건 처분이 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 당초 처분의 절차적 하자를 시정ㆍ보완한 것인지 여부(제1, 2, 3상고이유 관련)

가. 관련 규정 및 법리

1) 국세기본법 제81조의15 제2항 제1호는 “제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ’과세전적부심사‘라 한다)를 청구할 수 있다.”라고 규정하고 있고, 제4항은 “과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다.”라고 규정하고 있으며, 제9항은 “과세전적부심사의 신청, 방법, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”라고 규정하고 있다. 이러한 국세기본법 제81조의15 제9항의 위임에 따라 국세기본법 시행령 제63조의15 제4항은 “과세전적부심사 청구를 받은 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대하여 법 제81조의15 제4항에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하여야 한다. 다만, 법 제81조의15 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 또는 같은 조 제8항에 따른 신청이 있는 경우에는 그러하지 아니하다.”라고 규정하고 있다.

사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 도입된 경위와 취지 등을 고려하면, 특별한 사정이 없는 한 세무조사 결과에 대한 서면통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 이루어진 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효이다(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결, 대법원 2020. 10. 29. 선고 2017두51174 판결 등 참조).

그런데 과세전적부심사 제도 자체는 과세처분 전 단계에서 납세자의 주장을 반영함으로써 권리구제의 실효성을 높이기 위해 마련된 중요한 사전구제절차이기는 하지만, 과세관청은 부과제척기간 내에서 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있고 종전 결정 등에 오류나 누락이 있음이 발견된 경우에는 다시 경정할 수 있는 것이므로, 당초 처분에 과세전적부심사의 기회를 제대로 부여하지 않은 절차상 하자가 있는 경우에도 부과제척기간의 도과로 인해 과세권의 행사가 불가능하지 않은 이상, 당초 처분을 취소한 후 그 절차적 하자를 보완하여 종전과 동일한 내용의 재처분을 하는 것은 원칙적으로 허용된다고 보아야 한다. 위와 같은 경우에 과세관청이 절차적 하자를 보완하여 재처분을 하는 것이 일률적으로 불가능하다고 보게 되면, 납세자의 절차적 권리를 보장하고자 하는 본래의 취지를 넘어서서 다른 납세자와의 형평에 맞지 아니하는 등 공평과세원칙 및 조세정의에 반하는 부당한 결과가 야기될 수 있다.

2) 한편 국세기본법 제81조의12 제1항은 본문에서 “세무공무원은 세무조사를 마쳤을 때에는 그 조사를 마친 날부터 20일(제11조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 40일) 이내에 세무조사 내용, 결정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항이 포함된 조사결과를 납세자에게 설명하고, 이를 서면으로 통지하여야 한다.”라고 규정하고 있다. 여기서 ‘그 밖에 대통령령으로 정하는 사항’에 대하여는, 국세기본법 시행령 제63조의13 제1항 각 호에서 ‘세무조사 대상 세목 및 과세기간’(제1호), ‘과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하는 경우 그 사유(근거 법령 및 조항, 과세표준 및 세액 계산의 기초가 되는 구체적 사실관계 등을 포함한다)’(제2호), ‘가산세의 종류, 금액 및 그 산출근거’(제2호의2), ‘관할세무서장이 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 법 제45조에 따른 수정신고가 가능하다는 사실’(제3호), ‘법 제81조의15에 따른 과세전적부심사를 청구할 수 있다는 사실’(제4호)을 들고 있다. 그리고 세무조사 결과통지의 예외사유와 관련하여 국세기본법 제81조의12 제1항 각 호 외의 부분 단서의 위임에 따라, 국세기본법 시행령 제63조의13 제2항 각 호에서는 세무조사 결과를 통지하지 않아도 되는 경우를 규정하고 있다.

이와 같이 세무조사 절차에서 납세자의 권익을 보호하기 위하여 세무조사 결과의 통지기한과 통지의 예외사유를 명시적으로 정하여 규율하고 있는 것은, 세무조사가 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성에 막대한 영향을 주고, 세무조사 결과통지의 기한이 준수되지 아니할 경우 과세관청이 우회적으로 세무조사 기간을 연장하는 부작용이 생길 수 있음을 감안하여, 세무조사가 종료될 경우 과세관청으로 하여금 신속히 결론을 내리도록 의무를 지우는 한편 납세자가 방어권을 제대로 행사할 수 있도록 절차적 보장을 하기 위함이다. 이러한 세무조사 결과통지 제도의 취지 등을 고려하면, 국세기본법 제81조의12 제1항 각 호 외의 부분 단서 및 국세기본법 시행령 제63조의13 제2항 각 호에 명시된 통지의 예외사유에 해당하지 아니함에도 과세관청이 국세기본법 제81조의12 제1항이 규정한 세무조사 결과 통지기한 이후에 그 조사결과를 통지하였다면, 달리 이를 용인할 만한 특별한 사정이 없는 한 납세자의 절차적 권리를 침해한 것으로서 이러한 세무조사에 기하여 이루어진 과세처분은 위법하다고 봄이 타당하다.

나. 구체적 판단

1) 원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 의하면, 다음 사실을 알 수 있다.

가) 원고는 2016. 4. 22. 부가가치세 면세사업자(주택신축판매업) 사업자등록을 하고, 인천 ○○구 ○○동 (지번 생략)에 지하 1층 지상 14층 규모의 오피스텔 52호(이하 ‘이 사건 오피스텔’이라 한다)를 신축하고 분양을 마친 후 2016. 12. 31. 폐업하였으며, 2016년 제1기 및 제2기 과세기간 부가가치세를 신고하지 아니하였다.

나) 인천지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2022. 5. 9.부터 같은 달 28.까지 원고에 대한 개인통합조사(조사대상기간 2016. 1. 1.부터 같은 해 12. 31.까지)를 실시하여(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다), 이 사건 오피스텔 공급이 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에서 규정한 부가가치세가 면제되는 국민주택의 공급에 해당하지 아니함에도 원고가 이 사건 오피스텔 매출에 대한 부가가치세를 무신고하였다고 보아 2016년 제2기 부가가치세 등에 대한 이 사건 세무조사 결과를 통지하였다.

다) 피고는 과세전적부심사 청구의 기회를 부여하지 않고 2022. 5. 27. 원고에게 2016년 제2기 부가가치세 1,015,717,780원을 결정하였다(이하 ‘당초 처분’이라 한다).

라) 원고는 2022. 12. 20. 조사청에 당초 처분에 대하여 이의신청을 하였고, 조사청은 2023. 3. 8. 과세전적부심사 청구의 기회를 부여하지 않고 한 당초 처분은 그 하자가 중대하고 명백하다는 이유로 원고의 이의신청을 인용하였으며, 그 인용결정에 따라 당초 처분은 취소되었다.

마) 조사청은 2023. 10. 16. 원고에게 이 사건 세무조사 결과를 재통지하였고(이하 ‘이 사건 세무조사 결과통지’라 한다), 원고는 2023. 11. 10. 과세전적부심사 청구를 하였으나, 2023. 12. 20. 불채택으로 결정되었다.

바) 피고는 2024. 1. 8. 원고에게 2016년 제2기 부가가치세 1,015,717,780원(가산세 포함)을 결정･고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2) 앞서 본 법리에 따라 위의 사실관계를 살펴보면, 조사청이 원고에게 한 이 사건 세무조사 결과통지는 이 사건 세무조사를 마친 날부터 국세기본법 제81조의12 제1항 소정의 세무조사 결과의 통지기한이 지난 뒤에 이루어져, 그 자체는 위 규정을 준수한 것으로 볼 수 없기는 하다.

그러나 당초 처분이 이의신청 과정에서 취소된 것은 원고에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 것이 위법하다는 취지로서 사전구제절차인 과세전적부심사 제도와 관련하여 원고의 절차적 권리를 보장하기 위한 것이었다. 이를 반영하여 원고에게 과세전적부심사의 기회를 부여하고자 조사청은 이 사건 세무조사 결과통지를 하기에 이른 것이고, 원고는 그 통지를 수령한 후 자발적으로 과세전적부심사를 청구하는 등으로 의견을 개진하고 방어권을 행사할 기회를 실질적으로 보장받았다. 이러한 사정들을 고려하면, 이 사건 세무조사 결과통지가 비록 국세기본법 제81조의12 제1항 소정의 세무조사 결과의 통지기한을 준수하지 못한 것이라 하더라도, 그것이 원고의 절차적 권리행사에 지장을 초래함으로써 재처분절차의 절차적 정당성을 상실하게 만들어 재처분, 즉 이 사건 처분을 또 다시 취소하고 과세관청으로 하여금 새로이 과세예고통지를 하게 하여 과세전적부심사의 기회를 원고에게 다시 부여할 필요가 있다고 평가할 정도는 아니라고 할 것이다. 아울러 위와 같은 사정들은, 국세기본법 제81조의12 제1항이 규정한 세무조사 결과의 통지기한이 지난 후에 그 조사결과가 통지되었더라도 이를 용인할 만한 특별한 사정에 해당한다고 볼 수 있다.

원심이 같은 취지에서, 이 사건에서 당초 처분은 원고의 이의신청에 따라 취소되었고, 이에 따라 과세관청으로서는 동일한 조사결과에 대하여 다시 세무조사 결과를 통지한 다음 재처분을 할 수밖에 없는 절차적 상황에 놓이게 되었으며, 원고 역시 이 사건 세무조사 결과통지를 계기로 과세전적부심사를 청구하는 등 방어권을 행사할 기회를 부여받은 점 등을 종합하여, 이 사건 처분을 위법하다고 볼 수 없다고 판단한 것은 정당하다. 거기에 상고이유 주장과 같이 과세전적부심사 청구의 기회를 누락한 절차적 하자의 치유 및 재처분 가능성, 국세기본법 제81조의12 제1항, 제81조의15 제1항에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

2. 이 사건 처분이 국세기본법 시행령 제63조의15 제4항을 위반하였는지 여부(제4상고이유 관련)

가. 앞서 본 바와 같이 국세기본법 제81조의15 제4항은 “과세전적부심사 청구를 받은 세무서장, 지방국세청장 또는 국세청장은 각각 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하고 그 결과를 청구를 받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 한다.”라고 규정하고 있고, 국세기본법 시행령 제63조의15 제4항은 “과세전적부심사 청구를 받은 세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장은 그 청구부분에 대하여 같은 조 제4항에 따른 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하여야 한다. 다만, 법 제81조의15 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 또는 같은 조 제8항에 따른 신청이 있는 경우에는 그러하지 아니하다.”라고 규정하고 있다.

위와 같이 국세기본법 제81조의15 제4항의 문언 자체에서 과세전적부심사에 관한 ‘결정’과 이러한 결정의 ‘통지’라는 용어를 준별하고 있는 점, 국세기본법 시행령 제63조의15 제4항 역시 위 국세기본법 조항의 문언에 맞추어 단지 과세전적부심사에 관한 ‘결정’이 있을 때까지 과세표준 및 세액의 결정이나 경정결정을 유보하도록 명시하고 있는 점 등을 고려하면, 과세전적부심사가 청구된 경우 과세표준 및 세액의 결정 등이 유보되어야 하는 시한은 과세전적부심사에 관한 ‘결정’ 자체가 이루어진 시점까지일 뿐, ‘결정’이 청구인에게 현실적으로 통지되거나 송달될 때까지라고 볼 수 없다.

나. 원심은, 원고가 과세전적부심사를 청구하여 과세처분 전에 자신의 의견을 진술할 기회를 가졌고, 피고는 국세기본법 시행령 제63조의15 제4항 본문에 따라 과세전적부심사 결정이 있었던 2023. 12. 20.까지 해당 과세처분을 유보하였다가 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분 이후에 과세전적부심사 결과가 원고에게 송달되었다고 하여 이 사건 처분을 위법하다고 볼 수 없다고 판단하였다.

원심판결 이유를 앞서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 국세기본법 시행령 제63조의15에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

3. 결론

상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

재판장 대법관	오석준

주 심 대법관	이흥구

대법관	이숙연