대         법         원

제    1    부

판         결

사       건	2025두35623  법인세경정거부처분취소

원고, 상고인	○○○ 주식회사

소송대리인 법무법인(유한) 태평양

담당변호사 이기택 외 2인

피고, 피상고인	남대문세무서장

원 심 판 결	서울고등법원 2025. 10. 24. 선고 2024누71161 판결

판 결 선 고	2026. 4. 16.

주       문

상고를 기각한다.

상고비용은 원고가 부담한다.

이       유

상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다.

1. 사안의 개요

원심이 인용한 제1심판결 이유와 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

가. 원고는 지류의 제조, 가공 및 판매업 등을 영위하는 법인으로 2017. 3. 2. △△△ 주식회사(이하 ‘피합병법인’이라 한다)를 흡수합병하면서 피합병법인의 이월결손금 86,327,141,488원을 승계하였다.

나. 원고는 2018 사업연도 및 2019 사업연도에 대한 법인세를 신고하면서 피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한 2018 사업연도 소득 16,248,656,914원의 70%를, 피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한 2019 사업연도 소득 17,405,890,286원의 60%를 각 공제한도로 하여 이월결손금을 공제하는 내용의 신고를 하였다.

다. 원고는 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되고 2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 단서에서, 내국법인의 해당 각 사업연도 소득금액의 일정 비율(2018년 70%, 2019년 60%)로 이월결손금 공제한도를 정하고 있으므로, ‘피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 포함한 원고 전체의 소득금액’에 위 공제한도 비율을 적용한 금액이 공제한도로 적용되어야 하고 나아가 이를 전제로 구 법인세법 제45조 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 각 사업연도 소득금액을 초과하지 않는 범위 내에서 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금이 공제되어야 한다는 내용으로, 2022. 8. 18. 경정청구를 하였다.

라. 이에 대하여 피고는 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금은 ‘피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액’의 70%(2018년) 또는 60%(2019년)를 초과하지 않는 범위 내에서 공제되어야 하므로, 당초의 신고 내용이 적법하다는 이유로 2022. 10. 4. 위 각 경정청구에 대한 거부처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원심은, 판시와 같은 이유로 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액뿐만 아니라 합병법인인 원고 고유의 사업에서 발생한 소득까지 포함한 전체의 소득금액에다가 이 사건 단서 조항이 정한 공제한도 비율을 적용한 금액을 이월결손금의 공제한도로 삼아야 한다는 원고 주장을 배척한 후, 이 사건 처분을 적법하다고 판단하였다.

2. 제1, 2 상고이유에 대한 판단

가. 관련 규정과 법리

1) 구 법인세법 제13조 본문 및 제1호 전문은, 내국법인의 법인세 과세표준을 계산할 때 각 사업연도의 소득의 범위에서 ‘각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액’을 이월결손금으로서 공제하도록 규정하면서, 같은 조 단서(이하 ‘이 사건 단서 조항’이라 한다)에서 조세특례제한법 제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 위 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 60(2018년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 개시하는 사업연도는 100분의 70을 말한다)으로 한다고 규정하고 있다.

한편 구 법인세법 제44조의3 제2항은, 적격합병의 요건을 충족하여 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받은 경우, 과세상 기업으로서의 계속성을 인정한다는 취지에서, ① 피합병법인의 합병등기일 현재의 제13조 제1호의 결손금, ② 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액, ③ 그 밖의 자산ㆍ부채 및 제59조에 따른 감면ㆍ세액공제 등을 합병법인이 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다고 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 제45조는, 합병법인의 합병등기일 현재 제13조 제1호의 결손금은 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액(제113조 제3항 단서에 해당되어 회계를 구분하여 기록하지 아니한 경우에는 그 소득금액을 대통령령으로 정하는 자산가액 비율로 안분계산한 금액)의 범위에서는 공제하지 아니한다고 규정하는 한편(제1항), 구 법인세법 제44조의3 제2항에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 ‘피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액’의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다고 규정하고 있다(제2항). 구 법인세법 제45조 제5항은 위 제2항의 규정에 따른 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하는 결손금의 계산, 양도받은 자산의 처분손실 손금산입, 승계받은 사업에서 발생하는 소득금액에 해당하는 법인세액의 계산 등에 필요한 사항을 대통령령으로 정하도록 규정하고 있다.

구 법인세법 제45조 제5항의 위임에 근거하여 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조 제2항은, 구 법인세법 제45조 제2항에 따라 합병법인이 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 승계하여 공제하는 결손금은 합병등기일 현재의 피합병법인의 구 법인세법 제13조 제1호에 따른 결손금(합병등기일을 사업연도의 개시일로 보아 계산한 금액)으로 한다고 정하고 있다. 한편 구 법인세법 제113조 제3항 본문은, 다른 내국법인을 합병하는 법인은 다음 각 호의 구분에 따른 기간 동안 자산ㆍ부채 및 손익을 피합병법인으로부터 승계받은 사업에 속하는 것과 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다고 규정하면서, 제1호에서 ‘합병등기일 현재 제13조 제1호의 결손금이 있는 경우 또는 제45조 제2항에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우: 그 결손금 또는 이월결손금을 공제받는 기간’으로 정하고 있다.

2) 이 사건 단서 조항 및 앞서 본 관련 규정의 문언과 체계, 취지 등을 종합적으로 고려하면, 적격합병의 요건을 충족하는 경우 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금은 ‘피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액’에 대하여 이 사건 단서 조항이 정한 공제한도 비율을 곱한 한도 내에서 공제할 수 있는 것이지, 합병법인과 피합병법인의 소득을 구분하지 않고 ‘합병법인 전체의 소득금액’에 이 사건 단서 조항의 공제한도 비율을 곱한 액수가 공제한도가 된다고 볼 수 없다. 구체적인 이유는 다음과 같다.

가) 조세법률주의의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장ㆍ축소해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않는다. 다만 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우, 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측 가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것이 허용된다(대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결 등 참조).

나) 이 사건 단서 조항은 결손금의 공제한도를 정함으로써 과거에 발생한 결손으로 인해 대규모의 이월결손금이 생긴 법인이라도 해당 사업연도에 이익이 발생하였다면 최소한의 법인세를 부담하도록 하기 위해 마련된 규정으로서, 그 문언 자체로 각 사업연도 소득의 100분의 60을 한도로 이월결손금을 공제할 수 있다고 정하고 있을 뿐, ‘각 사업연도 소득’의 의미나 범위에 대해서는 따로 정하고 있지 아니하다. 이는 합병법인 고유의 사업에서 발생한 소득과 합병법인이 피합병법인으로부터 승계한 사업에서 발생한 소득이 존재하는 경우에 관해서도 마찬가지이다. 이에 따라 합병법인이 피합병법인으로부터 이월결손금을 승계받은 경우 이 사건 단서 조항에서의 ‘각 사업연도의 소득’은, 내국법인의 법인세 과세표준 및 계산에 관한 통칙인 구 법인세법 제13조뿐만 아니라, 합병 및 분할 등에 관한 특례로서 이월결손금 등 공제 제한과 관련된 구 법인세법 제45조 등의 내용까지 유기적으로 해석하여 그 의미를 체계조화적으로 도출함이 타당하다.

다) 특히 구 법인세법 제45조는 앞서 본 바와 같이 합병법인의 각 사업연도의 과세표준에 관한 사항을 상세히 정하고 있는바, 해당 사업연도의 손금이 익금을 초과하여 소득금액이 0에 미달하는 이른바 ‘결손법인’이 같은 사업연도의 익금이 손금을 초과하는 이른바 ‘흑자법인’을 합병하는 경우에 관해서는 제1항에서 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서는 합병법인의 결손금을 공제하지 아니하도록 규정하고, 반대로 흑자법인이 결손법인을 합병하는 경우에 적용될 제2항에서는 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 공제하도록 명시하고 있다. 이는 합병 여부에 관계없이 각각의 결손금이 공제 가능한 범위를 동일하게 설정함으로써 과세형평을 달성함과 동시에, 합병을 빌미로 조세회피가 시도되는 것을 미연에 방지하기 위해서이다.

이러한 구 법인세법 제45조의 내용 및 취지는 이 사건 단서 조항을 해석ㆍ적용할 때에도 중시되어야 하므로, 이 사건 단서 조항에서의 ‘각 사업연도의 소득’은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액으로 한정된다고 보아야 한다. 이와 달리 이 사건 단서 조항에서의 ‘각 사업연도의 소득’이 ‘합병법인 전체의 소득금액’을 의미한다고 보게 되면, 가령 흑자법인이 결손법인을 합병하는 경우 피합병법인 겸 결손법인의 소득금액에다가 합병법인 겸 흑자법인의 소득금액을 합산한 바를 토대로 이월결손금 공제한도가 정해지게 되어, 이 사건 단서 조항에 따른 위 두 법인의 이월결손금 공제한도가 합병 전후로 다르게 산출될 수 있기 때문이다.

라) 앞서 본 구 법인세법 제113조 제3항 본문 및 제1호 역시 합병법인의 기존 사업과 피합병법인으로부터 승계받은 사업 간의 구분경리를 통하여 각각의 이월결손금이 해당 각 사업에서의 소득별로 공제될 것을 기본 전제로 하는 규정이다. 따라서 이를 그대로 관철시키기 위해서는 이 사건 단서 조항이 정하는 이월결손금의 공제한도 역시 합병법인과 피합병법인의 소득마다 각기 별도로 산정되어야 한다. 합병등기일 현재 구 법인세법 제13조 제1호의 결손금이 있는 경우 또는 제45조 제2항에 따라 피합병법인의 이월결손금을 공제받으려는 경우, 해당 합병법인에 대해 그 결손금 또는 이월결손금을 공제받는 기간 동안 구분경리를 할 의무를 부과하면서, 정작 이 사건 단서 조항의 적용 국면에서는 이월결손금의 공제한도를 합병법인과 피합병법인의 소득별로 구분하지 아니한 채 이를 합산한 총액을 기초로 산정하는 것은 논리일관성이 흠결된 것일뿐더러, 사업부문별로 정확한 소득을 산정하고 과세형평을 달성하기 위해 구분경리를 하도록 한 취지를 사실상 몰각시키기 때문이다.

나. 판단

원심판결 이유를 앞서 본 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원고가 피합병법인으로부터 승계한 이월결손금은 위 법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 토대로 이 사건 단서 조항이 정한 공제한도 내에서만 공제할 수 있다고 봄이 타당하다.

원심이 같은 취지에서, 합병법인 전체의 소득금액을 기준으로 이월결손금 공제한도를 정해야 한다는 원고 주장을 배척한 것은 정당하다. 거기에 상고이유 주장과 같이 이 사건 단서 조항에서 정한 ‘각 사업연도의 소득’의 의미, 이 사건 단서 조항과 구 법인세법 제45조의 관계 등에 관한 법리를 오해하고 필요한 심리를 다하지 않는 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

3. 제3 상고이유에 대한 판단

이 부분 상고이유는, 원심이 판단의 논거로서 2019. 12. 31. 법률 제16833호로 개정된 법인세법 제45조 제5항(이하 ‘이 사건 신설 조항’이라 한다)을 들면서 이를 확인적 규정으로 본 것은 잘못이라는 취지이다.

이 사건 신설 조항은, 위 법인세법 제45조 제1항과 제2항에 따른 합병법인의 합병등기일 현재 결손금과 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금에 대한 공제는 제13조 제1항 각 호 외의 부분 단서에도 불구하고 다음 각 호의 구분에 따른 소득금액의 100분의 60을 한도로 한다고 규정하면서, 제1호에서 ‘합병법인의 합병등기일 현재 결손금의 경우: 합병법인의 소득금액에서 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액을 차감한 금액’을, 제2호에서 ‘합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금의 경우: 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액’을 각 규정하고 있다. 이 사건 단서 조항 등의 해석ㆍ적용에 관하여 앞서 살핀 바에 의하면, 이 사건 신설 조항은 합병 전 합병법인과 피합병법인의 소득을 구분하지 않고 합병 후 합병법인의 전체 소득에 대하여 공제한도비율이 적용되어야 한다는 오해의 소지를 불식시키고, 적격합병의 경우 이월결손금의 공제가 합병 여부 및 그 형태와 무관하게 합병법인과 피합병법인의 각 소득금액을 기준으로 동일한 한도 내에서만 이루어질 수 있음을 명확히 하기 위한 확인적 규정으로 보아야 한다. 나아가 원고가 이 사건 신설 조항이 창설적 규정이라는 주장의 논거로 들고 있는 2020. 12. 22. 법률 제17652호로 개정된 법인세법 제45조 제6항 및 제7항은, 이 사건 신설 조항과는 전혀 별개의 조항이므로 그 법적 성격 여하에 따라 이 사건 신설 조항이 확인적 규정임이 달라진다고 볼 수는 없다.

원심이 같은 취지에서, 이 사건 신설 조항이 확인적 규정에 해당한다는 점을 판단의 논거로 삼은 것은 정당하다. 거기에 상고이유 주장과 같이 이 사건 신설 조항의 법적 성격에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 없다.

4. 결론

상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

재판장 대법관	마용주

대법관	천대엽

주 심 대법관	서경환

대법관	신숙희