대         법         원

제    2    부

판         결

사       건	2025두35546  양도소득세부과처분취소

원고, 상고인	원고 1 외 3인

원고들 소송대리인 법무법인(유한) 세종

담당변호사 백제흠 외 4인

피고, 피상고인	강남세무서장 외 1인

환송전 원심판결	서울고등법원 2021. 7. 2. 선고 2020누47962 판결

환 송 판 결	대법원 2024. 7. 11. 선고 2021두46445 판결

원 심 판 결	서울고등법원 2025. 10. 2. 선고 2024누52016 판결

판 결 선 고	2026. 6. 5.

주       문

상고를 모두 기각한다.

상고비용은 원고들이 부담한다.

이       유

상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 다음에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위에서)를 판단한다.

1. 제1 상고이유에 관하여
가. 관련 규정 및 법리

1) 법은 불특정 다수인에 대하여 동일한 구속력이 있는 사회의 보편타당한 규범이므로 이를 해석함에 있어서는, 가능한 한 법률에 규정된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하는 것을 원칙으로 하면서, 법률의 입법 취지와 목적, 그 제ㆍ개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적ㆍ논리적 해석방법을 추가적으로 동원함으로써, 법해석의 요청에 부응하는 타당한 해석을 하여야 한다(대법원 2013. 1. 17. 선고 2011다83431 전원합의체 판결, 대법원 2022. 10. 27. 선고 2022두44354 판결 등 참조).

2) 회사분할에 대한 과세이연 규정은 1998. 12. 28. 법인세법 전부 개정으로 합병ㆍ분할 등 기업조직재편 세제를 도입할 때 마련된 것으로서, 회사가 기존 사업의 일부를 별도의 회사로 분리하는 조직형태의 변화가 있었으나 지분 관계를 비롯하여 기업의 실질적인 이해관계에는 변동이 없는 때에는, 이를 과세의 계기로 삼지 않음으로써 회사분할을 통한 기업구조조정을 지원하기 위한 취지이다(대법원 2018. 10. 25. 선고 2018두42184 판결 등 참조).

회사분할에 대한 과세이연의 일환으로 구 법인세법(2009. 12. 31. 법률 제9898호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조 제1항은, 다음 각 호의 요건을 갖춘 인적분할의 경우로서 분할로 설립되는 법인(이하 ‘분할신설법인’이라 한다)이 분할되는 법인(이하 ‘분할법인’이라 한다)의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산의 가액 중 해당 자산에 대한 분할평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 분할등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다고 하면서, 제1호에서 ‘분할등기일 현재 5년 이상 계속하여 사업을 영위한 내국법인이 대통령령이 정하는 바에 따라 분할하는 것일 것’을, 제2호에서 ‘분할법인의 주주가 분할신설법인으로부터 받은 분할대가의 전액이 주식이고 그 주식이 분할법인의 주주가 소유하던 주식의 비율에 따라 배정될 것’을 각 규정하고 있다. 위 제1호의 위임을 받은 구 법인세법 시행령(2010. 6. 8. 대통령령 제22184호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제82조 제3항은, 제1호에서 ‘분리하여 사업이 가능한 독립된 사업부문을 분할하는 것일 것’, 제2호에서 ‘분할하는 사업부문의 자산 및 부채가 포괄적으로 승계될 것’, 제3호에서 ‘분할법인만의 출자에 의하여 분할하는 것일 것’ 등의 요건을 규정하고 있다.

3) 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 제2항 제6호는, 분할법인의 주주가 분할신설법인으로부터 분할로 인하여 취득하는 주식의 가액과 금전 기타 재산가액의 합계액(이하 ‘분할대가’라 한다)이 그 분할법인의 주식(분할법인이 존속하는 경우에는 소각 등에 의하여 감소된 주식에 한한다)을 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 경우, 분할법인의 배당가능이익이 분할을 계기로 주주에게 분배된다고 보아 위 초과하는 금액을 의제배당으로 규정하고 있다. 그런데 같은 조 제5항에 따라 주식 및 출자지분의 가액 평가 등에 관하여 필요한 사항에 관한 위임을 받은 구 소득세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조 제1항은, 구 법인세법 제46조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 인적분할의 경우 분할법인의 주주가 분할신설법인으로부터 분할로 인하여 취득하는 주식의 가액은 그 시가가 액면가액 또는 출자금액보다 큰 경우에는 액면가액 또는 출자금액으로 한다고 규정하면서[제1호 (나)목], 기타의 경우에는 이를 취득 당시의 시가로 한다고 정하고 있다(제2호).

이에 따르면 구 법인세법 제46조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 인적분할의 경우 분할법인의 주주가 분할대가의 전액으로 취득하는 분할신설법인의 주식의 가액은 시가가 아니라 그 액면가액 등에 의하여 계산되는바, 그 결과 분할대가가 분할법인의 주식을 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하지 않아 분할법인의 주주가 분할신설법인의 주식을 취득하는 단계에서 의제배당소득으로서 과세되지 아니할 경우, 해당 주주가 추후 분할신설법인의 주식을 양도하는 것을 계기로만 소득세를 과세할 수 있게 된다.

한편 2010. 6. 8. 대통령령 제22185호로 개정된 소득세법 시행령 제27조 제1항 제1호 (나)목 본문은 ‘법인세법 제46조 제2항 제1호 및 제2호(주식 등의 보유와 관련된 부분은 제외한다)의 요건을 갖춘 경우 분할법인의 주주가 분할신설법인으로부터 분할로 인하여 취득하는 주식의 가액은 분할법인의 주식의 취득가액으로 한다’고 정함으로써, 이러한 인적분할의 경우 분할대가와 분할법인의 주식을 취득하기 위하여 소요된 금액 간 차액이 생기지 않고, 그에 따라 과세이연의 효과가 나타난다는 것을 보다 명확히 규정하였다. 위와 같은 요건이 갖추어진 경우 분할법인의 주주에 대하여 분할로 소각된 구주식의 가치증가액에 대한 과세가 분할로 취득한 신주식을 처분할 때까지 이연되는 제도는 현행 소득세법령에까지 그대로 유지되고 있다.

4) 양도소득금액은 양도가액에서 필요경비 등을 공제한 금액으로 하는데(구 소득세법 제95조 제1항), 자산의 양도가액은 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 ‘실지거래가액’이라 한다)에 따르는 것이 원칙이고(구 소득세법 제96조 제1항), 양도가액에서 공제할 필요경비 중 하나인 취득가액 역시 원칙적으로 자산의 취득에 소요된 실지거래가액으로 한다[구 소득세법 제97조 제1항 제1호 (가)목]. 다만 구 소득세법 제114조 제7항은 양도소득세 과세표준과 세액을 결정할 때 해당 자산의 양도 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액 또는 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정할 수 있다고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제176조의2 제3항 본문은 ‘양도가액 또는 취득가액을 추계결정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다.’고 규정하면서, 제4호에서 ‘기준시가’를 정하고 있다.

구 소득세법 제99조 제1항 제5호는 비상장주식의 기준시가는 ‘｢상속세 및 증여세법｣ 제63조 제1항 제1호 (다)목의 규정을 준용하되, 평가기준시기 및 평가액은 대통령령이 정하는 바에 의한다.’고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호 (나)목, 제3호 (나)목, 제4호는 ‘사업개시 후 1년 미만의 법인’의 경우 1주당 순자산가치(양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 해당 법인의 장부가액 ÷ 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재의 발행주식총수)에 의하여 기준시가를 산정하도록 규정하고 있다.

5) 위와 같은 관계 법령의 내용과 취지를 종합하면, 분할법인의 주주가 구 법인세법 제46조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 인적분할로 취득한 분할신설법인 주식을 양도하여 발생한 양도차익을 기준시가에 의해 계산함에 있어, 위 분할신설법인 주식의 취득에 관하여 의제배당으로 과세가 이루어지지 않은 경우, 그 취득가액은 특별한 사정이 없는 한 분할법인의 주식을 취득하였을 당시 해당 분할법인 주식의 기준시가로 봄이 상당하다. 구체적인 이유는 다음과 같다.

가) 양도소득세는 자본적 성격을 지닌 자산을 양도함으로써 발생하는 자본이득, 즉 보유기간 동안 자산가치가 상승하여 얻는 이익에 과세하는 것을 그 본질적 기능으로 한다. 구 법인세법 제46조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 인적분할의 경우 앞서 본 바와 같이 분할법인의 주주가 분할대가로서 분할신설법인의 주식을 취득하는 단계에서 의제배당소득으로서 과세가 이루어지지 않더라도, 이는 해당 주주가 추후 신주를 양도하는 시점에 이르러 양도소득세로 과세될 때까지 과세가 이연되는 것일 뿐, 주주가 분할로 얻은 자본이득 자체를 소득세 과세대상에서 종국적으로 제외하고자 하려는 것으로는 볼 수 없다.

나) 그런데 분할법인의 주주가 구 법인세법 제46조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 인적분할로 취득한 분할신설법인 주식의 양도차익을 기준시가에 의해 계산함에 있어, 만일 그 취득가액을 분할신설법인 주식을 취득할 당시의 기준시가로 보게 되면, 분할법인의 주식 취득 시점부터 분할신설법인의 주식 취득 시점까지 발생한 자본이득에 대해서는 인적분할 당시 의제배당소득으로서 과세하지 못하고, 인적분할 이후 분할신설법인 주식의 양도소득으로서도 과세하지 못하는 예기치 못한 과세공백이 생길 우려가 있다. 따라서 구 법인세법 제46조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 인적분할의 경우 분할법인의 주주가 분할로 얻은 자본이득으로서 과세이연된 부분에 관하여는 분할신설법인 주식을 양도하는 시점에 과세가 이루어져야 할 것인바, 앞서 본 구 소득세법 시행령 제27조 제1항 제1호 (나)목 등의 문언 및 취지로부터 분할법인의 주주가 취득한 분할신설법인 주식의 취득가액은 분할법인의 주식을 취득하였을 당시 해당 분할법인 주식의 기준시가에 의해 산정해야 한다는 해석을 체계조화적으로 도출할 수 있다.

다) 이와 정반대의 상황으로서 구 법인세법 제46조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖추지 못한 인적분할의 경우에는 분할법인의 주주가 분할신설법인의 주식을 취득할 당시 이미 의제배당소득에 대한 과세가 이루어지므로, 해당 주주가 나중에 분할신설법인의 주식을 양도하는 국면의 양도소득세에 있어서는 분할법인 주식의 취득 시점부터 분할신설법인 주식의 취득 시점까지의 자본이득에 대해 이중과세가 이루어지는 것을 방지하기 위해, 그 취득가액을 분할신설법인의 주식을 취득하였을 당시 해당 분할신설법인 주식의 기준시가로 산정하여야 한다.

라) 　　실지거래가액에 관한 규정으로서 이 사건에 적용되는 조항은 아니지만 2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정된 소득세법 시행령 제163조 제1항 제5호는, 분할법인의 주주가 분할로 취득하는 분할신설법인 주식의 1주당 취득원가를 산정함에 있어 분할 당시 해당 주주가 보유하던 분할법인 주식을 취득하는 데 소요된 총금액에 의제배당액을 더한 뒤 이를 분할로 인하여 취득하는 주식 수로 나누어 계산하도록 정하고 있기도 하다. 이와 같이 분할신설법인 주식에 대한 양도소득세가 문제되는 국면에서 취득가액을 산정할 때 의제배당에 대한 과세가 이루어졌는지 여부 및 과세이연 제도의 취지를 고려하여야 한다는 점은, 이 사건과 같이 실지거래가액이 아닌 기준시가에 의해 양도차익을 계산하는 경우에도 마찬가지라고 보아야 한다.

나. 판단

원심은 판시와 같은 이유로, 주식회사 ○○(이하 ‘소외 1 회사’라 한다)가 인적분할 방식의 회사분할을 통해 주식회사 △△△(이하 ‘소외 2 회사’라 한다)를 분할신설한 것은 구 법인세법 제46조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 분할에 해당하므로, 소외 1 회사의 주주인 원고들이 위 분할로 취득한 소외 2 회사 주식에 대한 양도소득세 과세표준인 양도차익을 산정함에 있어 소외 1 회사 주식의 취득 당시 기준시가를 기준으로 그 취득가액을 정하여야 한다고 판단하였다.

원심판결 이유를 앞서 본 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 조세법률주의 원칙, 양도소득세의 과세표준 산정 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

2. 제2 상고이유에 관하여

원심은 소외 1 회사 주식의 취득 당시 기준시가를 토대로 이 사건 2차 주식의 취득가액을 산정함에 있어 2008. 10. 6. 자로 시행된 인적분할에서의 분할비율을 곱하는 방식을 적용하여 판단하였다.

원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 기준시가에 관한 법리를 오해하거나 대법원 판례를 위반한 잘못이 없다.

3. 제3 상고이유에 관하여

구 소득세법 제100조 제1항은 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가액에 의하고 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의하도록 정하고 있다.

원심은, 이 사건 2차 주식의 양도가액은 비상장법인(소외 2 회사)의 기준시가 산정방법에 따라 산정하면서도 그 취득가액은 상장법인(소외 1 회사)의 기준시가 산정방법에 따라 산정하는 것이 그 자체로 양도차익을 왜곡시켜 허용되어서는 아니 된다는 원고들 주장에 대해, 구 소득세법 제100조 제1항은 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다고 정하고 있을 뿐 양도가액 및 취득가액 관련 구체적인 기준시가의 산정방법까지 완전히 동일할 것을 요구하고 있지 않다는 등의 판시와 같은 이유로 이를 배척하였다.

원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 구 소득세법 제100조 제1항의 취지 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다. 구 소득세법 시행령 제165조 제5항 및 제6항을 토대로 양도가액과 취득가액의 구체적인 기준시가 산정방법이 일치되어야 한다는 취지의 원고들 주장은 이 사건에 적용되지 아니하는 조항들에 기초한 것으로서 더 나아가 살필 필요 없이 받아들일 수 없다.

4. 제4 상고이유에 관하여

원심은 판시와 같은 이유로, 인적분할로 신설된 법인인 소외 2 회사를 ‘법인설립 후 사업개시일’을 기준으로 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제3호 (나)목에서 정한 ‘사업개시 후 1년 미만의 법인’에 해당한다고 인정하는 것과, 소외 2 회사 주식인 이 사건 2차 주식의 취득가액을 소외 1 회사 주식의 취득 당시 기준시가를 토대로 산정하는 것은 서로 다른 차원의 논의로서 위 두 가지는 서로 모순되지 않는다는 취지로 판단하였다.

원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 환송판결의 기속력 등에 관한 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다. 원고들이 상고이유에서 들고 있는 구 소득세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24356호로 개정되고 2018. 2. 13. 대통령령 제28637호로 개정되기 전의 것) 제157조 제8항은 이 사건과는 무관한 조항으로서 이에 근거한 주장 역시 받아들일 수 없다.

5. 결론

상고를 모두 기각하고 상고비용은 패소자들이 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

재판장 대법관	박영재

대법관	오경미

주 심 대법관	권영준

대법관	엄상필