대         법         원

제    3    부

판         결

사       건	2025두35727  양도소득세부과처분취소

원고, 상고인	원고

소송대리인 법무법인(유한) 광장 담당변호사 임형섭 외 2인

피고, 피상고인	용산세무서장

원 심 판 결	서울고등법원 2025. 10. 31. 선고 2024누68417 판결

판 결 선 고	2026. 6. 24.

주       문

상고를 기각한다.

상고비용은 원고가 부담한다.

이       유

상고이유(상고이유서 제출기간이 지난 후에 제출된 상고이유보충서의 기재는 상고이유를 보충하는 범위 내에서)를 판단한다.

1. 사안의 개요

원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 의하면, 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

가. 원고는 1991. 8. 31. 부천시 (이하 생략) 소재 이 사건 토지를 취득하고, 그 지상에 철골조 슬래브지붕 3층 제1, 2종 근린생활시설을 신축한 후 1996. 8. 29. 소유권보존등기를 마쳤으며(이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 토지 및 건물을 통틀어 ‘이 사건 각 부동산’이라 한다), 1996. 9. 15.경부터 이 사건 건물에서 부동산 임대업을 영위하였다(이하 ‘이 사건 사업’ 또는 ‘이 사건 사업장’이라 한다).

나. 원고는 이 사건 각 부동산을 공동담보로 2차례에 걸쳐 합계 10억 원을 차용하면서(이하 ‘이 사건 부채’라 한다), 이 사건 각 부동산에 관하여 2017. 2. 13. 근저당권자 주식회사 ○○은행(이하 ‘소외 은행’이라 한다), 채무자 원고, 채권최고액 6억 원의 근저당권설정등기를, 2017. 5. 17. 근저당권자 소외 은행, 채무자 원고, 채권최고액 6억 원의 근저당권설정등기를 마쳤다(이하 ‘이 사건 각 근저당권’이라 한다).

다. 원고는 2018. 9. 30. 주식회사 △△△(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)과 사이에, 이 사건 사업에 관한 권리ㆍ의무 일체를 자산 합계 5,046,745,870원(이 사건 각 부동산의 감정평가액 포함), 부채 합계 1,232,965,870원(이 사건 부채 가액 포함), 순자산가액 3,813,780,000원(= 5,046,745,870원 – 1,232,965,870원)으로 평가하여 원고가 이를 이 사건 법인에 포괄적으로 현물출자하고(기준일 2018. 9. 30.), 이 사건 법인으로부터 위 순자산가액에 상응하는 이 사건 법인의 보통주식 381,378주(1주당 금액 10,000원)를 교부받기로 하는 중소기업통합계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 현물출자’라 한다).

라. 원고는 2018. 12. 11. 상법 제422조에 따라 서울동부지방법원으로부터 이 사건 현물출자에 관하여 감정인의 감정보고서를 인가받았고, 이 사건 법인은 같은 달 14. 이 사건 현물출자계약에서 정한 원고의 주식을 포함하여 보통주식 389,878주(1주당 금액 10,000원)를 발행하고 그 등기를 마쳤다.

마. 이 사건 각 부동산에 관하여, 2019. 1. 28. 이 사건 법인 앞으로 2018. 9. 30. 현물출자를 원인으로 소유권이전등기가 마쳐졌고, 2019. 2. 19. 이 사건 각 근저당권이 모두 말소되었으며, 2019. 4. 12. 근저당권자 주식회사 □□은행, 채무자 이 사건 법인, 채권최고액 12억 원의 근저당권설정등기가 마쳐졌다.

바. 원고는 2019. 4. 1. 성북세무서장에게 이 사건 각 부동산에 관하여 양도소득을 신고하면서 조세특례제한법 제31조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2025. 12. 30. 대통령령 제35947호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제28조 제1항에 따른 중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세 이월과세를 적용받았다.

사. 피고는 2021. 10. 4.경부터 같은 해 11. 18.경까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, 이 사건 부채 10억 원은 이 사건 사업과 관계없는 채무로서 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액에서 공제할 수 없으므로 이 사건 현물출자로 원고가 취득하는 주식가액 3,813,780,000원이 통합으로 인하여 소멸하는 이 사건 사업장의 순자산가액 4,813,780,000원보다 크지 않다고 보아, 2022. 3. 2. 원고에 대하여 2018년 귀속 양도소득세 2,028,977,350원(가산세 포함)을 결정ㆍ고지하였다.

아. 원고는 위 부과처분에 불복하여 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2023. 8. 23. 원고가 양도소득세의 확정신고기한 내에 과세표준을 신고하였음을 이유로 무신고가산세의 일부를 감면하는 것으로 세액을 경정하도록 하고, 나머지 심판청구는 기각하였다(이하 피고의 당초 양도소득세 부과처분 중 위 경정결정을 통하여 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 관련 규정 및 법리

가. 법은 불특정 다수인에 대하여 동일한 구속력이 있는 사회의 보편타당한 규범이므로 이를 해석함에 있어서는, 가능한 한 법률에 규정된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하는 것을 원칙으로 하면서, 법률의 입법 취지와 목적, 그 제ㆍ개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적ㆍ논리적 해석방법을 추가적으로 동원함으로써, 법해석의 요청에 부응하는 타당한 해석을 하여야 한다(대법원 2013. 1. 17. 선고 2011다83431 전원합의체 판결, 대법원 2022. 10. 27. 선고 2022두44354 판결 등 참조).

나. 조세특례제한법 제31조 제1항은 “대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 ‘사업용고정자산’이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 ‘통합법인’이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.”라고 규정하고 있다. 조세특례제한법 제31조 제2항의 위임에 따라 같은 조 제1항의 적용대상이 되는 중소기업 간 통합의 범위 및 요건에 관하여, 구 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항은 “법 제31조 제1항에서 ‘대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합’이란 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(중소기업기본법에 의한 중소기업자를 말한다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성을 유지되는 것으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 것을 말한다.”라고 정하면서, 제2호(이하 ‘이 사건 이월 조항’이라 한다)에서는 “통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다) 이상일 것”을 이월과세의 요건 중 하나로 규정하고 있다. 그리고 구 조세특례제한법 시행령 제28조 제2항은 “법 제31조 제1항에서 ‘대통령령으로 정하는 사업용고정자산’이란 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산을 말한다.”라고 규정하고 있다.

한편 조세특례제한법 제2조 제1항 제6호는 “이월과세란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용고정자산(이하 ‘종전사업용고정자산 등’이라 한다)을 현물출자 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 소득세법 제94조에 따른 양도소득에 대한 소득세를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용 고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산 등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 같은 법 제104조에 따른 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다.”라고 규정하고 있다.

다. 이러한 관련 규정의 문언, 체계 및 아래에서 보는 이 사건 이월 조항의 취지 등을 종합하여 보면, 이 사건 이월 조항 중 괄호 부분의 ‘충당금을 포함한 부채의 합계액’은 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 사업과 직접 관련된 부채로 한정된다고 보아야 한다.

1) 조세특례제한법 제31조 제1항에서 정한 중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세 이월과세의 취지는, 개인이 권리ㆍ의무의 주체가 되어 경영하던 기업을 개인 기업주와 독립된 기업이 권리ㆍ의무의 주체가 되어 경영하도록 기업의 조직 형태를 변경하는 경우, 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영 형태만 바꾸는 것에 불과하다는 점을 고려하여, 개인이 중소기업 간의 통합을 위하여 사업용 고정자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 과세시기를 통합법인이 이를 양도하는 시점으로 늦추고, 아울러 그 납세의무자도 개인이 아닌 통합법인으로 변경함으로써 중소기업 간의 원활한 구조조정을 지원하고자 함에 있다(대법원 2014. 12. 24. 선고 2014두40661 판결 등 참조). 일반적으로 개인기업에 비하여 법인기업이 기업의 영속성과 발전성이 강하고, 중소기업 간의 통합에 의하여 기업의 대외신용도를 높일 수 있으며, 자본조달의 원활화ㆍ다양화가 가능함과 동시에 회계가 투명하여 세수 증대를 기대할 수 있기 때문이다. 나아가 이 사건 이월 조항에서 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액을 ‘통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액’에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액으로 규정한 취지는, 법인의 출자금을 계산함에 있어 소멸하는 사업장의 순자산가액을 시가로 평가하게 함으로써 통합법인의 자본충실을 기하려는 데 있다. 또한 이 사건 이월 조항의 전신인 구 조세감면규제법 시행령(1997. 12. 31. 대통령령 제15562호로 개정되기 전의 것) 제28조 제2항 제2호에서 ‘통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액은 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 1년간 평균 순자산가액(통합일이 속하는 월의 직전 월 말일부터 소급하여 1년간 매월 말일 현재의 사업용자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액의 합계액을 12로 나눈 금액을 말한다) 이상일 것’을 이월과세의 요건으로 규정함에 따라, 소멸하는 사업장의 순자산가액의 시가와 장부가액의 차액 상당액이 당사자 사이에 현금 등으로 수수됨으로써 유상양도의 속성을 지닌 경우에 대해서까지 양도소득세를 과세하지 못하고 이월과세의 혜택을 부여하게 된다는 문제점이 제기되었다. 이를 해소하기 위해 이 사건 이월 조항에서는 소멸하는 사업장의 순자산가액을 장부가액으로 평가하던 것을 시가로 평가하도록 한 것이다.

같은 견지에서 이 사건 이월 조항에서의 ‘통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액’이란 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 시가 자체를 의미한다(대법원 2025. 7. 18. 선고 2022두53204 판결 참조).

2) 이러한 입법 취지 및 법리와 더불어, 구 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 전문에서 이월과세의 요건으로 ‘기업의 사업장별로 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지될 것’을 별도로 명시하면서, 같은 조 제2항에서 조세특례제한법 제31조 제1항의 ’대통령령으로 정하는 사업용고정자산‘을 ’당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산‘으로 규정하고 있는 점 등을 종합하면, 이 사건 이월 조항에서의 ‘통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액’을 산정하는 과정에서 공제 항목으로 되어 있는 ‘충당금을 포함한 부채의 합계액’에 포함되기 위해서는, 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 사업과 직접 관련되어야 한다는 요건이 충족되어야 한다는 해석을 체계조화적으로 도출할 수 있다.

이와 달리 이 사건 이월 조항에서의 ‘충당금을 포함한 부채의 합계액’에 포함되기 위하여 소멸하는 사업장의 사업과 직접 관련될 것을 요하지 않는다고 보게 되면, 이 사건 이월 조항에서의 ‘통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액’을 장부가액이 아닌 시가로 평가하는 것 자체가 무의미해질 수 있다. 개인이 중소기업 간의 통합을 위하여 사업용 고정자산을 양도하기 전까지 임의로 부채를 발생시키는 등의 방법으로, 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액을 좌우할 수 있는데, 특히 이러한 부채가 통모에 기한 허위의 것일 경우 통합의 대가로 교부되는 주식의 가액이 과소하게 책정되어 해당 주식의 진정한 시가와의 차액에 상당하는 현금이 당사자 간의 이면합의에 따라 대외적으로 드러나지 아니한 채 수수될 가능성을 배제할 수 없기에 그러하다. 나아가 위와 같은 부채가 허위가 아니라 하더라도 소멸하는 사업장의 사업과 직접 관련된 것이 아니라면, 부채가 발생하기 전의 시점을 기준으로 존재하였던 해당 사업장의 순자산가액 중 일부가 그 후로 부채를 임의로 발생시켜 이를 승계시키는 수법을 동원함으로써 중소기업 간의 통합과는 무관하게, 소멸하는 사업장의 중소기업자인 개인에게 경제적으로 이전되는 효과가 나타날 수 있다. 이는 실질적으로 양도된 사업용고정자산의 대가 중 일부를 당사자가 따로 현금으로 주고받은 것과 동일한 유상양도의 속성을 지닌 것으로 볼 수 있으므로, 이러한 경우에 대해서까지 양도소득세 이월과세의 혜택을 일률적으로 부여하는 것은, 구 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항이 정한 ‘사업의 동일성’, 즉 통합으로 인해 소멸하는 사업장의 순자산가액이 통합법인에 그대로 승계되어야 한다는 요건을 충족하지 못하므로 허용될 수 없고, 조세특례제한법 제31조 제1항이 정한 중소기업 간 통합에 대한 양도소득세 이월과세의 취지에 부합하지도 않는다.

3. 판단

원심은 판시와 같은 이유로, 구 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호의 순자산가액 산정 시 공제되는 부채는 소멸하는 사업장의 사업과 직접 관련된 것으로 한정된다고 전제한 다음, 이 사건 부채는 이 사건 사업장과 직접 관련하여 발생한 부채로 볼 수 없다고 판단하였다.

원심판결 이유를 앞서 본 관련 규정과 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단에 상고이유 주장과 같이 조세특례제한법 제31조 및 이 사건 이월 조항 등에 관한 법리를 오해하거나 판단을 누락하는 등의 잘못이 없다.

4. 결론

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

재판장 대법관	오석준

대법관	이흥구

대법관	노경필

주 심 대법관	이숙연