대         법         원

제    3    부

판         결

사       건	2025두35293  취득세등부과처분취소

원고, 상고인 겸 피상고인

○○○ 주식회사

소송대리인 변호사 황치오

피고, 피상고인 겸 상고인

인천광역시 연수구청장

원 심 판 결	서울고등법원 2025. 9. 25. 선고 2025누4090 판결

판 결 선 고	2026. 4. 9.

주       문

원심판결 중 취득세의 과소신고가산세 부과처분에 관한 부분을 파기하고, 이 부분 사건을 서울고등법원에 환송한다.

원고의 상고와 피고의 나머지 상고를 모두 기각한다.

이       유

각 상고이유를 판단한다.

1. 사안의 개요

원심판결 이유와 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거 등에 따르면, 다음 사실을 알 수 있다.

가. 원고는 2021. 6. 18. 인천항만공사와 사이에 국가(해양수산부) 소유인 인천 연수구 △△동 (지번 1 생략), (지번 2 생략), (지번 3 생략), (지번 4 생략) 토지(이하 ‘이 사건 부지’라 한다)에 관하여 사용목적을 수출입 화물처리를 위한 복합물류 및 제조시설로, 임대차기간을 2021. 5. 21.부터 30년까지로 한 임대차계약을 체결하였다.

나. 원고는 이 사건 부지 지상에 건축물을 신축하여 2022. 7. 12. 사용승인을 받았다(이하 ‘이 사건 건축물’이라 한다).

다. 원고는 2022. 7. 22. 피고에게 이 사건 건축물이 구 지방세특례제한법(2023. 3. 14. 법률 제19232호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제71조 제2항, 구 지방세특례제한법 시행령(2025. 12. 31. 법률 제36044호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제33조 제2항에서 정한 ‘물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 물류사업에 직접 사용하기 위해 취득하는 물류시설용 부동산’에 해당한다고 신고하여, 취득세의 100분의 50을 감면받았다.

라. 피고는 ‘이 사건 건축물이 위치한 지역이 구 지방세특례제한법 제71조 제1항, 제2항에서 규정하는 ｢물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률｣(이하 ’물류시설법‘이라 한다) 제22조 제1항의 물류단지에 해당하지 않는다’는 사유로, 2023. 1. 16. 원고에 대하여 취득세 424,768,010원(과소신고가산세 37,673,430원 및 납부지연가산세 10,360,190원 포함), 지방교육세 22,119,680원(납부지연가산세 592,010원 포함)을 부과ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 원고의 상고이유에 대하여

가. 제3상고이유에 관한 판단(처분사유 추가가 위법한지 여부)

1) 행정처분의 취소를 구하는 항고소송에 있어 처분청은 당초 처분의 근거로 삼은 사유와 기본적 사실관계의 동일성이 인정되는 한도 내에서는 다른 사유를 추가하거나 변경할 수도 있으나 기본적 사실관계가 동일하다는 것은 처분사유를 법률적으로 평가하기 이전의 구체적인 사실관계에 착안하여 그 기초인 사회적 사실관계가 기본적인 점에서 동일한 것을 말하며, 처분청이 처분 당시에 적시한 구체적인 사실을 변경하지 아니하는 범위 내에서 단지 그 처분의 근거법령만을 추가ㆍ변경하거나 당초의 처분사유를 구체적으로 표시하는 것에 불과한 경우에는 새로운 처분사유를 추가하거나 변경하는 것이라고 볼 수 없다(대법원 2026. 1. 29. 선고 2025두35061 판결 등 참조).

2) 원심은 판시와 같은 이유로, 이 사건 처분 중 본세의 당초 처분사유에 해당하는 ‘이 사건 건축물이 위치한 지역이 물류시설법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지에 해당하지 않는다’는 것과, 본세에 관하여 추가된 처분사유인 ‘원고가 물류단지 사업시행자로부터 임차한 이 사건 부지에 이 사건 건축물을 신축한 이상 구 지방세특례제한법 제71조 제2항, 같은 법 시행령 제33조 제2항의 대상인 물류시설용 부동산에 해당하지 않는다’는 것은, 원고가 이 사건 부지를 임차하여 그 지상에 이 사건 건축물을 신축하였다는 하나의 객관적인 사실관계에 관하여 과세요건의 구성과 법적 평가만을 달리할 뿐 과세요건이 되는 기초사실을 달리하는 것이 아니어서, 피고가 처분의 동일성이 유지되는 범위를 벗어나 처분사유를 추가한 것으로 볼 수 없다고 판단하였다.

3) 원심판결 이유를 앞서 본 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고 거기에 상고이유 주장과 같이 처분사유의 추가에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

나. 제1상고이유에 관한 판단(이 사건 건축물이 이 사건 경감규정의 적용대상인지 여부)

1) 관련 규정 및 법리

물류시설법은, 물류시설을 합리적으로 배치ㆍ운영하고 물류시설 용지를 원활히 공급하여 물류산업의 발전을 촉진함으로써 국가경쟁력을 강화하고 국토의 균형 있는 발전과 국민경제의 발전에 이바지함을 목적으로 한다고 규정하면서(제1조), 물류시설법에서 사용되는 ‘물류단지’라는 용어에 대해 물류단지시설과 지원시설을 집단적으로 설치운영하기 위하여 제22조 등에 따라 지정ㆍ개발하는 일단(一團)의 토지 및 시설로서 도시첨단물류단지와 일반물류단지를 말한다고 정하고 있고(제2조 제6호), ‘일반물류단지시설’에 대해서는 화물의 운송ㆍ집화ㆍ하역ㆍ분류ㆍ포장ㆍ가공ㆍ조립ㆍ통관ㆍ보관ㆍ판매ㆍ정보처리 등을 위하여 일반물류단지 안에 설치되는 각 시설을 말한다고 규정하고 있다(제2조 제7호). 이러한 물류시설법에 따라 물류단지개발사업의 시행자는 그 사업에 따라 개발한 토지ㆍ시설 등을 분양 또는 임대할 수 있는바(제50조 제1항), 물류단지에 입주하거나 입주하려는 물류시설의 운영자인 입주기업체의 경우에는 물류단지개발사업의 시행자와 분양계약을 체결한 날(물류단지개발사업의 준공 전에 분양계약을 체결한 경우에는 준공일을 말하고, 물류단지개발사업의 준공인가 전 사용허가를 받은 경우에는 사용허가일을 말한다)부터 국토해양부령으로 정하는 기간 안에 그 물류단지시설의 건설공사에 착수하거나 토지ㆍ시설 등을 처분하여야 한다(제50조의2 제1항 본문).

한편 물류시설법 제58조는, 국가 또는 지방자치단체는 물류단지의 원활한 개발 및 입주기업체의 유치를 위하여 지방세특례제한법 등으로 정하는 바에 따라 지방세 등을 감면할 수 있다고 규정하고 있고, 구 지방세특례제한법 제71조 제1항은 ‘물류시설법 제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자가 같은 법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산’에 대하여 취득세와 재산세를 경감한다고 규정하는 한편, 제71조 제2항은 ‘물류단지에서 대통령령으로 정하는 물류산업을 직접 하려는 자가 물류산업에 직접 사용하기 위해 취득하는 대통령령으로 정하는 물류시설용 부동산에 대하여 취득세 및 재산세를 경감한다.’라고 규정하고 있다. 이에 따라 구 지방세 특례제한법 시행령 제33조 제2항은, ‘구 지방세특례제한법 제71조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 물류시설용 부동산”이란 물류시설법 제2조 제7호에 따른 일반물류단지시설(유통산업발전법 제2조 제3호에 따른 대규모점포는 제외한다)을 설치하기 위해 물류시설법 제27조에 따른 물류단지개발사업의 시행자로부터 취득하는 토지와 그 토지 취득일부터 5년 이내에 해당 토지에 신축하거나 증축하여 취득하는 건축물(토지 취득일 전에 신축하거나 증축한 건축물을 포함한다)을 말한다.‘라고 규정하고 있다.

위와 같은 규정들의 문언 및 내용과 체계 등을 종합하면, 구 지방세특례제한법 제71조 제1항, 제2항 및 구 지방세특례제한법 시행령 제33조 제2항은, 물류단지개발사업의 시행자가 물류단지를 개발하여 분양하는 과정에서의 취득세 및 재산세와, 물류사업을 직접 하려는 자가 시행자로부터 토지를 분양받아 설치하는 일반물류단지시설에 대한 취득세 및 재산세를 각 경감함으로써, 물류단지의 원활한 개발 및 입주기업체의 유치를 통한 물류산업의 발전을 촉진하려는 데 그 취지가 있다. 아울러 구 지방세특례제한법 시행령 제33조 제2항은, 구 지방세특례제한법 제71조 제2항의 위임에 따라 물류단지개발사업의 시행자로부터 취득하는 토지와, 그 토지에 신축 또는 증축하여 취득하게 되는 건축물을 취득세 및 재산세의 감면대상으로 정한 것임이 문언 자체로 분명하다. 그러므로 위 규정들에 기해 감면혜택이 부여되기 위해서는 토지 취득이 전제로 되어야 하고 ’토지 취득일 전에 신축하거나 증축한 건축물을 포함한다‘는 내용의 위 제33조 제2항의 괄호 부분에 대해서도 그 전제는 동일하게 적용된다고 보아야 한다. 위 괄호 부분은 앞서 본 바와 같이 물류시설법 제50조의2 제1항의 괄호 부분에서 물류단지개발사업의 준공 전 분양계약 체결 또는 준공인가 전 사용허가를 허용하고 있는 것을 염두에 두고서 그러한 경우 역시 감면대상에 해당할 수 있음을 명확히 하기 위한 것으로 볼 수 있기 때문이다.

2) 판단

원심은 판시와 같은 이유로, 원고가 이 사건 부지에 이 사건 건축물을 신축하였더라도 애초에 원고는 이 사건 부지를 물류단지 사업시행자로부터 ’임차‘하였을 뿐 ’취득‘한 것이 아니어서, 이 사건 건축물은 구 지방세특례제한법 제71조 제2항 및 구 지방세 특례제한법 시행령 제33조 제2항이 정한 요건이 충족되지 않아 취득세 감면대상인 ’물류시설용 부동산‘으로 볼 수 없다고 판단하였다.

원심판결 이유를 앞서 본 규정 및 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고 거기에 상고이유 주장과 같이 구 지방세특례제한법 제71조 제2항 등에서의 ’물류시설용 부동산‘에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

다. 제2상고이유에 관한 판단(신의성실 원칙의 위반 여부)

원심은 판시와 같은 이유로 이 사건 처분은 신의성실의 원칙에 위배되지 않는다고 판단하였다.

원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 판단은 정당하고 거기에 상고이유 주장과 같이 신의성실의 원칙에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

3. 피고의 상고이유에 대하여

가. 원심의 판단

원심은, 취득세 납세의무자가 과세표준에 세율을 곱한 산출세액 자체를 과세관청에 정당하게 신고한 이상 설령 지방세특례제한법에 근거한 감면세액에 관한 판단을 그르쳐 최종적으로 납부할 세액을 잘못 신고하였더라도 취득세의 과소신고가산세를 부과할 수 없다고 보아 이 사건 처분 중 취득세의 과소신고가산세 부과처분 부분을 위법하다고 판단하였다. 나아가 원심은, 판시와 같은 이유로 원고가 취득세 및 지방교육세의 납부를 지연한 것에는 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 존재한다고 보아 이 사건 처분 중 각 납부지연가산세 부과처분 부분 역시 위법하다고 판단하였다.

나. 대법원의 판단

1) 원심판결 이유를 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심이 이 사건 처분 중 각 납부지연가산세 부과처분 부분을 위법하다고 판단한 것은 정당하다. 그러나 원심이 취득세의 과소신고가산세 부과처분 부분을 위와 같은 이유로 위법하다고 본 것은 그대로 수긍하기 어렵다. 구체적인 이유는 다음과 같다.

가) 2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 지방세법 제120조 제1항은 ’취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날부터 30일 이내에 그 과세표준에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.‘라고 규정하였고, 그 제121조 제1항 제1호는 취득세 납세의무자가 ’제120조의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 그 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세‘를 부과하도록 규정하였다.

대법원은 위 규정들이 적용되는 사안에서 2010. 3. 31. 자 개정 전의 구 지방세법 제121조 제1항 본문은 취득세 신고불성실가산세의 산정기초가 되는 ’산출세액‘을 ’제111조 및 제112조의 규정에 의하여 산출한 세액‘으로 정하고 있을 뿐 당시의 구 지방세법상 제261조 이하에서 별도로 정하고 있는 감면세액을 별도로 고려하도록 정하고 있지 아니한 점 등을 고려하여, 취득세의 납세의무자가 그 과세표준에 세율을 곱한 ’산출세액‘을 정당하게 신고한 이상 감면세액에 관한 판단을 그르쳐 최종적으로 납부하여야 할 세액을 잘못 신고하였다고 하더라도 취득세의 신고불성실가산세를 부과할 수 없다고 판단하였다(대법원 2015. 5. 28. 선고 2014두12505 판결 참조).

나) 그런데 지방세법이 2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되면서 취득세의 신고 및 납부에 관한 조문은 종전의 제120조에서 제20조로 이동하였고, 부족세액의 추징 및 가산세에 관한 조문도 종전의 제121조에서 제21조로 이동하였다. 개정 이후의 제21조 제1항 제1호는 ’취득세 납세의무자가 제20조에 따른 신고의무를 다하지 아니한 경우에는 과세표준에 세율을 적용하여 산출한 세액 또는 그 부족세액에 지방세기본법 제53조부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다.‘라고 규정함으로써 종전 제121조와 달리 지방세기본법의 해당 조문을 인용하는 방식을 채택하였다. 이와 같이 부족세액의 징수 및 가산세와 관련하여 지방세기본법의 조문을 인용하는 방식은, 2010. 3. 31. 자 개정 이후로 지방세법이 여러 차례 개정되면서도 그대로 유지되어 현행 지방세법에까지 이르고 있다.

다) 한편 지방세법이 위와 같이 전부 개정된 시점과 같은 날인 2010. 3. 31. 법률 제10219호로 제정된 지방세기본법 제53조는, 지방자치단체의 장은 ’이 법 또는 지방세관계법에 따른 신고 의무를 이행하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액보다 적을 때에는 지방세법에서 정한 비율에 따른 가산세‘를 ’신고불성실가산세‘로 부과할 수 있다고 규정하였다.

그 후 지방세기본법이 2013. 1. 1. 법률 제11616호로 개정되면서 제53조의3이 신설되어, 그 제1항에서 ’납세의무자가 법정신고기한까지 산출세액을 신고한 경우로서 신고하여야 할 산출세액보다 적게 신고한 경우에는 과소신고분(신고하여야 할 금액에 미달한 금액을 말한다) 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.‘라고 규정하면서 해당 가산세를 종전의 ’신고불성실가산세‘에서 ’과소신고가산세‘로 별도로 명명하게 되었고, 2014. 1. 1. 법률 제12152호로 지방세기본법이 다시 개정되면서 제53조의3 제1항 중 ’과소신고분‘에 관한 괄호 부분이 ’신고하여야 할 산출세액에 미달한 금액을 말한다‘로 개정되었다.

그러다가 2015. 12. 29. 법률 제13635호로 지방세기본법이 개정되면서 그 제53조의3 제1항은 ’납세의무자가 법정신고기한까지 과세표준 신고를 한 경우로서 신고하여야 할 납부세액보다 적게 신고(이하 “과소신고”라 한다)한 경우에는 과소신고분(신고하여야 할 납부세액에 미달한 금액을 말한다) 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다.‘라고 규정하게 되었다. 이로써 위 개정 전까지 과소신고가산세의 산정기초가 ’산출세액‘이었던 것과 달리, 개정 이후로는 ’납부세액‘이 과소신고가산세를 산정하기 위한 기초라는 점이 명시되었다. 이는 종전까지는 지방세를 납부할 의무가 없는 전액 감면대상자라 하더라도 지방세법에 따른 산출세액을 신고하지 아니하거나 과소신고한 경우에는 무신고가산세 또는 과소신고가산세가 부과되었으나, 개정 후에는 신고의무를 불이행하더라도 납부할 세액이 없다면 신고불성실 가산세가 부과되지 아니하도록 하기 위한 취지에 따른 것이었다.

라) 그 후 지방세기본법이 2016. 12. 27. 법률 제14474호로 전부 개정되면서 종전 제53조의3 조문이 제54조로 이동하였으나, 이와 같이 ’납부세액‘을 과소신고가산세의 산정기초로 삼도록 하는 제54조의 기본 내용은 지방세기본법이 여러 차례 개정된 뒤에도 그대로 유지되었다.

마) 위와 같은 개정 경과 및 변경된 법조문의 내용 및 체계 등을 종합하면, 2015. 12. 29. 자 지방세기본법 개정 이후부터는 종전의 ’신고불성실가산세‘에 대응되는 ’과소신고가산세‘의 산정기초가 과세표준에 세율을 곱한 ’산출세액‘에서 ’납부세액‘으로 달라졌고 이로써 취득세의 납세의무자가 ’산출세액‘ 자체는 정당하게 신고하였을지라도 감면세액 등을 잘못 적용하여 신고하여야 할 정당한 납부세액보다 적게 신고하였다면, 취득세의 과소신고가산세를 부과할 요건을 충족한다고 보아야 한다.

바) 원심판결 이유에 의하면, 원고는 2022. 7. 22. 이 사건 건축물에 관한 과세표준에 세율을 곱한 산출세액에다가 구 지방세특례제한법 제70조 제2항 등에 따른 감면세액을 차감한 금액을 실제 납부할 세액으로 취득세 신고를 마친 사실을 알 수 있다. 이러한 사실관계를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고는 적용될 수 없는 감면세액을 산출세액에서 잘못 차감함으로써 납부할 정당세액에 미달하게 취득세 신고를 하였고, 이로써 지방세법 제20조, 제21조 제1항 제1호 및 지방세기본법 제54조 제1항이 정한 과소신고가산세를 부과할 사유가 충족되었다고 보아야 한다.

2) 그런데도 원심은 판시와 같은 이유만으로 과소신고가산세의 산정기초가 ’산출세액‘이라는 잘못된 전제하에 이 사건 처분 중 취득세의 과소신고가산세 부과처분 부분을 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 지방세기본법 54조 제1항 및 과소신고가산세에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있다. 이를 지적하는 이 부분 상고이유 주장은 이유 있다. 원심이 인용한 대법원 2015. 5. 28. 선고 2014두12505 판결은, 2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 구 지방세법 제121조 제1항 본문이 당시의 ’취득세 신고불성실가산세‘의 산정기초를 ’산출세액‘으로 삼도록 규정하였던 시기에 관한 것으로, 이 사건과는 사안이 달라 원용하기에 적절하지 아니하다.

4. 결론

원심판결 중 취득세의 과소신고가산세 부과처분에 관한 부분을 파기하고 이 부분 사건을 다시 심리ㆍ판단하도록 원심법원에 환송하며, 원고의 상고와 피고의 나머지 상고는 이유 없으므로 모두 기각하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

재판장 대법관	노경필

주 심 대법관	이흥구

대법관	오석준

대법관	이숙연