대         법         원

제    2    부

판         결

사       건	2026두30340  법인세경정거부처분취소

원고, 상고인	주식회사 ○○○

소송대리인 법무법인(유한) 율촌 담당변호사 양건호 외 2인

피고, 피상고인	영등포세무서장

원 심 판 결	서울고등법원 2026. 1. 16. 선고 2025누5939 판결

판 결 선 고	2026. 6. 25.

주       문

상고를 기각한다.

상고비용은 원고가 부담한다.

이       유

1. 사안의 개요

원심판결 이유와 기록에 의하면, 다음 사실을 알 수 있다.

가. 원고는 미국, 중국 등 2개 이상의 국가에 국외사업장을 둔 내국법인이다.

나. 원고는 2018 사업연도 법인세액에서 공제할 외국법인세액을 계산하는 과정에서, 미국에서 발생한 결손금을 우리나라, 중국 등의 총 소득금액에 대한 국가별 소득금액 비율에 따라 안분하여 국가별 국외원천소득에서 차감하고, 이와 같이 계산한 국외원천소득을 기준으로 국가별 외국납부세액 공제한도를 계산하였다.

다. 그 후 원고는, 외국납부세액 공제한도를 계산할 때 특정 국가에서 발생한 결손금은 다른 국가의 국외원천소득에서 차감하지 않는 방식으로 외국납부세액 공제한도를 계산하여야 한다는 이유로, 피고에게 2018 사업연도 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 피고는 당초의 계산이 타당하다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

2. 제1, 2 상고이유에 대하여

가. 관련 규정 및 법리

1) 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제57조 제1항 제1호는, 내국법인의 각 사업연도의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있고 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우, 해당 사업연도의 법인세액에 국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액을 한도로 외국법인세액을 해당 사업연도의 법인세액에서 공제할 수 있도록 규정하고 있다.

구 법인세법 제57조 제7항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제7항은 ‘법 제57조 제1항 제1호의 규정에 의한 공제한도를 계산함에 있어서 국외사업장이 2 이상의 국가에 있는 경우에는 국가별로 구분하여 이를 계산한다.’고 규정하고 있고, 같은 조 제15항 전문은 ‘법 제57조 제1항의 규정이 적용되는 국외원천소득은 국외에서 발생한 소득으로서 내국법인의 각 사업연도 소득의 계산에 관한 규정을 준용하여 산출한다’고 규정하고 있다.

2) 구 법인세법 제57조 제1항 제1호 및 구 법인세법 시행령 제94조 제7항 등 관련 규정의 문언과 체계, 취지를 종합적으로 고려하면, 2개 이상의 국외사업장을 가진 내국법인의 외국납부세액 공제한도를 정할 때, 어느 국가의 소득금액이 결손인 경우 구 법인세법 제57조 제1항 제1호에 따른 ‘국외원천소득’은 그 결손금액을 총 소득금액에 대한 국가별 소득금액 비율에 따라 안분하여 국가별 소득금액에서 차감하는 방식으로 계산하여야 한다고 봄이 타당하다. 구체적인 이유는 다음과 같다.

가) 구 법인세법 제57조 제1항 제1호는, 내국법인의 각 사업연도의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우 국외원천소득이 위 과세표준에서 차지하는 비율과 법인세액을 곱한 금액으로 공제한도를 계산하도록 정하고 있을 뿐, 어느 국가의 소득금액이 결손일 때에 위 비율 산정에 적용되는 국외원천소득의 구체적인 계산방법에 대해서는 따로 정하고 있지 아니하다. 구 법인세법 시행령 제94조 제7항 역시 국가별로 외국납부세액 공제한도를 계산하도록 정하면서, 결손금을 국가별 국외원천소득의 계산 과정에서 어떻게 취급하여야 할지에 대해 별도의 내용을 두지 않고 있다. 따라서 2개 이상의 국외사업장을 가진 내국법인의 외국납부세액 공제한도를 구 법인세법 제57조 제1항 제1호에 따라 정할 때 어느 외국의 소득금액이 결손인 경우의 ‘국외원천소득’은, 외국납부세액 공제제도 및 공제한도가 마련된 목적 및 취지를 토대로 체계조화적으로 그 결론을 도출함이 타당하다.

나) 구 법인세법 제57조 제1항 제1호는 국제적인 이중과세를 조정하기 위하여 외국법인세액을 해당 사업연도의 법인세액에서 공제할 수 있도록 하고 있다. 다만 그 공제한도를 ‘해당 사업연도의 법인세액에 국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 산출한 금액’으로 정함으로써, 국외원천소득에 대하여 우리나라에 납부하여야 할 법인세액의 범위 내에서만 외국법인세액의 공제를 허용하고 있다. 이는 국외원천소득이 발생한 원천지국에서 우리나라보다 높은 법인세율을 규정하고 있는 경우 그에 따른 외국법인세액을 전부 공제할 수 있도록 허용하게 되면 국내원천소득에 대하여 납부하여야 할 법인세의 일부로 외국법인세액을 납부하도록 하는 결과가 되므로 이를 막기 위함이다(대법원 2015. 3. 26. 선고 2014두5613 판결 참조). 따라서 구 법인세법 제57조 제7항의 위임에 따라 국외사업장이 2 이상의 국가에 있는 경우에 관하여 정하고 있는 구 법인세법 시행령 제94조 제7항이 적용될 때에도, 위와 같이 우리나라가 국내원천소득에 대하여 전면적 과세권을 행사하면서 국외원천소득에 대하여는 보충적 과세권을 행사하고, 나아가 국제적 이중과세의 조정과 더불어 외국납부세액 공제로 인하여 국내원천소득에 대한 과세권이 잠식되지 않아야 한다는 이 제도의 기본 전제는 일관되게 유지ㆍ관철될 필요가 있다.

다) 그런데 만일 내국법인의 어느 국외사업장에서 발생한 결손금이 다른 외국의 국외사업장에서 생긴 소득금액에서 전혀 차감되지 않는다고 보게 되면, 해당 결손금이 실질적으로 내국법인의 국내원천소득에서만 차감되고, 나아가 국내 법인세액 중 국내원천소득의 기여로 생긴 부분까지 외국납부세액 공제의 대상이 되는 셈이 되어, 국내원천소득에 대한 과세권이 잠식되는 결과를 낳는다. 따라서 구 법인세법 제57조 제1항 제1호의 입법목적이 저해되지 않도록 하기 위해서는, 국가별 소득이 국내 법인세액 산출에 기여한 정도에 비례하여 결손금을 안분하여 차감하는 방식을 취하는 것이 타당하고 또한 합리적이다.

라) 결국 구 법인세법 제57조 제1항 제1호 중 ‘국외원천소득이 해당 사업연도의 과세표준에서 차지하는 비율’의 의미를 합목적적으로 해석하여 보면, 국외원천소득의 해당 사업연도의 과세표준에 대한 비중이 100%를 초과할 수는 없으므로, 내국법인의 어느 국외사업장에 결손금이 발생하여 위 비율의 분모에 해당하는 해당 사업연도의 과세표준이 줄어든다면, 그 분자에 해당하는 ‘국외원천소득’ 역시 조정ㆍ감축될 것이 당연히 예정되어 있다고 볼 수 있다. 그러므로 국외사업장이 2 이상의 국가에 있고 어느 국가의 소득금액이 결손인 경우, 구 법인세법 제57조 제1항 제1호에 따른 ‘국외원천소득’을 계산할 때에 그 결손금액을 총 소득금액에 대한 국가별 소득금액 비율로 안분하여 국가별 소득금액에서 차감하여 계산하는 방식의 타당성을 인정할 수 있다.

나. 판단

원심은 판시와 같은 이유로, 원고의 미국 사업장에서 발생한 결손금을 우리나라, 중국 등의 총 소득금액에 대한 국가별 소득금액 비율에 따라 안분하여 차감하는 방식으로 국가별 국외원천소득을 계산함이 타당하다고 보아 피고가 구 법인세법 제57조 제1항 제1호 등에 근거하여 이 사건 처분을 한 것은 적법하다고 판단하였다.

원심판결 이유를 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 판단에 구 법인세법 제57조 제1항 제1호 및 구 법인세법 시행령 제94조 제7항의 해석, 조세법률주의의 원칙 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

3. 제3 상고이유에 대하여

가. 관련 규정 및 법리

1994년 체결된 「대한민국 정부와 중화인민공화국 정부 간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협정」(이하 ‘한ㆍ중 조세조약’이라고 한다)은 제23조 제1항에서 한국 거주자의 이중과세 회피방법에 관한 규정을 두고 있었는데, 2006년 체결된 「대한민국 정부와 중화인민공화국 정부 간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협정의 제2의정서」(이하 ‘한ㆍ중 조세조약 제2의정서’라고 한다) 제4조가 이를 대체하였다. 위 규정에 따르면, ‘한국 외의 국가에서 납부하는 조세에 대하여 한국의 조세로부터 세액공제의 허용에 관한 한국세법의 규정(이 항의 일반적인 원칙에 영향을 미치지 아니한다)에 따를 것’을 조건으로, (가)목에서 ‘중국 내에서의 원천소득에 관하여, 직접적이든 공제에 의하여서든 중국의 법과 협정에 따라 납부하는 중국조세(배당의 경우 배당이 지급되는 이윤에 대하여 납부할 조세를 제외한다)는 동 소득에 관하여 납부하는 한국조세로부터 세액공제를 허용하나, 그 공제세액은 중국 내에서의 원천소득이 한국의 조세납부 대상이 되는 전체소득에서 차지하는 비율에 해당하는 한국의 조세액의 부분을 초과하지 아니한다’고 규정하고 있다.

그리고 구 법인세법 제57조 제1항은 ‘내국법인의 각 사업연도의 과세표준에 국외원천소득이 포함되어 있는 경우 그 국외원천소득에 대하여 대통령령으로 정하는 외국법인세액을 납부하였거나 납부할 것이 있는 경우에는 ① 공제한도의 범위 내에서 외국법인세액을 당해 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법(세액공제 방법)과 ② 외국법인세액을 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하는 방법(손금산입 방법) 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있다’고 규정하고 있다.

이러한 한ㆍ중 조세조약 제2의정서 제4조의 내용과 문맥, 조약의 대상과 목적 등을 종합하면, 위 제4조의 규정만으로 체약국의 의사에 따라 외국납부세액의 구체적인 공제방법이나 공제범위가 명확히 한정되어 있다고 보기 어렵고, 위 의정서 규정은 한국 거주자에 대한 이중과세를 방지하는 방법으로 외국납부세액의 세액공제를 허용하여야 한다는 일반원칙을 정하면서도, 구체적인 공제방법이나 공제범위 등에 관하여는 한국 세법에 따르도록 정한 것으로 보아야 한다(대법원 2024. 1. 11. 선고 2023두44634 판결 참조).

나. 판단

원심은, 한ㆍ중 조세조약 제2의정서 제4조는 외국납부세액 공제방식을 채택하면서도 구체적인 공제한도의 계산방식은 한국법에서 정하도록 유보하고 있고, OECD 모델 조세조약 제23B조도 이중과세 방지의 방법 중 하나로서 세액공제 방법을 제시하고 있을 뿐 특정 국가에서 발생한 결손금을 다른 국가의 국외원천소득을 산정할 때 반영할지 여부에 대하여는 구체적으로 규정하고 있지 않다는 등의 판시와 같은 이유로, 이 사건 처분이 조세조약에 위반된다는 원고의 주장을 배척하였다.

원심판결 이유를 앞서 본 관련 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 판단에 한ㆍ중 조세조약 제2의정서 등 조세조약의 해석에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

4. 결론

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

재판장 대법관	엄상필

주 심 대법관	오경미

대법관	권영준

대법관	박영재