2025두35546 분할법인의 주주가 해당 법인의 인적분할로 취득한 분할신설법인의 주식을 양도한 경우, 양도소득세 과세표준인 양도차익을 산정함에 있어 취득가액을 기준시가에 의할 때 그 기준시가의 산정방법이 문제 된 사건

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1) 쟁점

실체법적 쟁점

• 구 법인세법 제46조 제1항 제1호·제2호의 요건을 갖춘 인적분할로 취득한 분할신설법인 주식을 양도할 때, 양도차익을 기준시가로 계산하는 경우 취득가액 산정 기준시 어느 시점의 어느 법인 기준시가를 적용해야 하는지 (분할신설법인 주식 취득 당시 기준시가 vs. 분할법인 주식 취득 당시 기준시가)
• 의제배당 과세 없이 과세이연된 부분에 대한 과세공백 발생 방지를 위한 취득가액 산정방법

소송법적 쟁점

• 양도가액(비상장법인 기준시가)과 취득가액(상장법인 기준시가) 산정방법이 서로 다른 경우, 구 소득세법 제100조 제1항의 위반 여부
• 분할신설법인을 '사업개시 후 1년 미만의 법인'으로 인정하는 것과 취득가액 산정방식의 모순 여부
• 환송판결의 기속력 위반 여부

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2) 사실관계

• 주식회사 ○○(소외 1 회사, 분할법인)가 인적분할 방식으로 주식회사 △△△(소외 2 회사, 분할신설법인)를 분할신설함. 분할기일은 2008. 10. 6.
• 소외 1 회사의 주주인 원고들(4인)은 위 인적분할로 소외 2 회사 주식(이하 '이 사건 2차 주식')을 취득하였고, 이후 이를 양도함
• 위 인적분할은 구 법인세법 제46조 제1항 제1호·제2호의 요건을 갖춘 분할에 해당
• 이에 따라 원고들은 분할신설법인 주식 취득 단계에서 의제배당 과세 없이 과세이연됨
• 피고(강남세무서장 외 1인)는 이 사건 2차 주식의 양도차익을 산정하면서 취득가액을 소외 1 회사 주식의 취득 당시 기준시가를 기준으로 산정하여 양도소득세를 부과함
• 원고들이 이에 불복하여 소 제기
• 환송 전 원심: 서울고등법원 2021. 7. 2. 선고 2020누47962 판결
• 환송판결: 대법원 2024. 7. 11. 선고 2021두46445 판결
• 파기환송 후 원심: 서울고등법원 2025. 10. 2. 선고 2024누52016 판결(원고 패소)
• 원고들 상고

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3) 적용법령 및 판례요지

적용법령

조문	요지
구 법인세법(2009. 12. 31. 개정 전) 제46조 제1항 제1호·제2호	일정 요건 갖춘 인적분할 시 분할평가차익을 손금 산입 가능(과세이연)
구 소득세법(2009. 12. 31. 개정 전) 제17조 제2항 제6호	분할대가가 분할법인 주식 취득금액 초과 시 초과분을 의제배당으로 과세
구 소득세법 시행령(2010. 2. 18. 개정 전) 제27조 제1항 제1호 (나)목	요건 갖춘 인적분할 시 분할신설법인 주식 가액은 시가 아닌 액면가액 등으로 계산
구 소득세법 제95조 제1항, 제96조 제1항, 제97조 제1항	양도소득금액 = 양도가액 - 필요경비; 원칙적으로 실지거래가액 적용
구 소득세법 제114조 제7항, 시행령 제176조의2 제3항	실지거래가액 불명 시 기준시가 등에 의한 추계결정 허용
구 소득세법 제99조 제1항 제5호, 시행령 제165조 제4항	비상장주식 기준시가 산정 기준; 사업개시 후 1년 미만 법인은 1주당 순자산가치로 산정
구 소득세법 제100조 제1항	양도가액을 기준시가로 할 때 취득가액도 기준시가에 의함

판례요지

• 법리 일반론(법 해석 원칙): 법은 문언의 통상적 의미에 충실한 해석을 원칙으로 하되, 입법 취지·목적·제개정 연혁·법질서 전체와의 조화·다른 법령과의 관계를 고려하는 체계적·논리적 해석방법을 추가 동원해야 함(대법원 2013. 1. 17. 선고 2011다83431 전원합의체 판결 등 참조)

• 핵심 판례요지: 분할법인의 주주가 구 법인세법 제46조 제1항 제1호·제2호의 요건을 갖춘 인적분할로 취득한 분할신설법인 주식을 양도하여 발생한 양도차익을 기준시가에 의해 계산함에 있어, 위 분할신설법인 주식의 취득에 관하여 의제배당으로 과세가 이루어지지 않은 경우, 그 취득가액은 특별한 사정이 없는 한 분할법인의 주식을 취득하였을 당시 해당 분할법인 주식의 기준시가로 봄이 상당함

  • 근거 ①(양도소득세 본질): 양도소득세는 보유기간 중 자산가치 상승에 따른 자본이득에 과세하는 것을 본질적 기능으로 함. 요건 갖춘 인적분할의 경우 의제배당 과세가 이루어지지 않더라도 이는 신주식 양도 시까지 과세가 이연되는 것일 뿐, 자본이득 자체를 종국적으로 과세대상에서 제외하려는 것이 아님

  • 근거 ②(과세공백 방지): 만일 취득가액을 분할신설법인 주식 취득 당시 기준시가로 보게 되면, 분할법인 주식 취득 시점부터 분할신설법인 주식 취득 시점까지 발생한 자본이득에 대해 의제배당으로도, 양도소득으로도 과세하지 못하는 예기치 못한 과세공백이 생길 우려가 있음. 따라서 구 소득세법 시행령 제27조 제1항 제1호 (나)목 등의 문언 및 취지로부터 분할신설법인 주식의 취득가액은 분할법인 주식 취득 당시 해당 분할법인 주식의 기준시가에 의해 산정해야 한다는 해석을 체계조화적으로 도출할 수 있음

  • 근거 ③(대비: 요건 미충족 인적분할): 구 법인세법 제46조 제1항 제1호·제2호의 요건을 갖추지 못한 인적분할의 경우에는 분할신설법인 주식 취득 당시 이미 의제배당 과세가 이루어지므로, 이후 분할신설법인 주식 양도 시 이중과세 방지를 위해 취득가액을 분할신설법인 주식 취득 당시 기준시가로 산정해야 함. 이처럼 의제배당 과세 여부에 따라 취득가액 산정 기준이 달라짐

  • 근거 ④(시행령 개정 취지 참조): 2020. 2. 11. 개정 소득세법 시행령 제163조 제1항 제5호는 분할신설법인 주식의 취득원가를 분할 당시 보유하던 분할법인 주식 취득 총금액에 의제배당액을 더한 금액을 기준으로 산정하도록 명시함. 양도소득세에서 취득가액 산정 시 의제배당 과세 여부 및 과세이연 취지를 고려해야 한다는 점은 기준시가에 의한 경우에도 동일하게 적용됨

• 구 소득세법 제100조 제1항 관련: 동 조항은 양도가액과 취득가액 모두 기준시가에 의할 것을 요구할 뿐, 양도가액·취득가액 각각의 구체적인 기준시가 산정방법까지 완전히 동일할 것을 요구하지 않음

• '사업개시 후 1년 미만의 법인' 해당 여부 관련: 인적분할로 신설된 법인인 소외 2 회사를 '법인설립 후 사업개시일'을 기준으로 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제3호 (나)목의 '사업개시 후 1년 미만의 법인'으로 인정하는 것과, 그 취득가액을 소외 1 회사(분할법인) 주식의 취득 당시 기준시가를 토대로 산정하는 것은 서로 다른 차원의 논의로서 상호 모순되지 않음

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4) 적용 및 결론

쟁점 ① 취득가액의 기준시가 산정방법

• 법리: 요건 갖춘 인적분할로 의제배당 과세 없이 과세이연된 경우, 분할신설법인 주식의 취득가액은 분할법인 주식 취득 당시 해당 분할법인 주식의 기준시가로 산정함이 상당함

• 포섭: 소외 1 회사의 인적분할이 구 법인세법 제46조 제1항 제1호·제2호의 요건을 갖춘 분할에 해당하고, 원고들이 분할신설법인(소외 2 회사) 주식을 취득하는 단계에서 의제배당 과세가 이루어지지 않아 과세이연이 적용됨. 분할법인 주식 취득 시점부터 분할신설법인 주식 취득 시점까지의 자본이득에 대한 과세공백 방지를 위해, 이 사건 2차 주식의 취득가액은 소외 1 회사 주식 취득 당시 기준시가를 기준으로 산정해야 함. 취득가액 산정 시 분할비율을 곱하는 방식을 적용한 원심 판단 역시 타당함

• 증거: 소외 1 회사의 인적분할이 구 법인세법 제46조 제1항 요건을 갖춘 분할에 해당한다는 사실은 원심에서 인정됨(본문에 구체적 증거 명시 없음)

• 결론: 상고이유 제1·제2 상고이유 모두 이유 없음

쟁점 ② 양도가액·취득가액의 기준시가 산정방법 동일성 요부 (제3 상고이유)

• 법리: 구 소득세법 제100조 제1항은 양도가액을 기준시가로 할 때 취득가액도 기준시가에 의한다고 정할 뿐, 양도가액·취득가액 각각의 구체적인 기준시가 산정방법이 동일할 것을 요구하지 않음

• 포섭: 이 사건 2차 주식(소외 2 회사, 비상장)의 양도가액은 비상장법인 기준시가 산정방법으로, 그 취득가액은 상장법인(소외 1 회사)의 기준시가 산정방법으로 각각 산정하더라도 구 소득세법 제100조 제1항에 반하지 않음. 원고들이 주장하는 구 소득세법 시행령 제165조 제5항·제6항은 이 사건에 적용되지 않는 조항에 기초한 것임

• 결론: 제3 상고이유 이유 없음

쟁점 ③ '사업개시 후 1년 미만의 법인' 인정과 취득가액 산정방식의 모순 여부 및 환송판결 기속력 (제4 상고이유)

• 법리: 분할신설법인에 대한 기준시가 산정 시 '사업개시 후 1년 미만의 법인' 해당 여부의 판단과 분할신설법인 주식의 취득가액 산정(분할법인 주식 취득 당시 기준시가 기준)은 서로 다른 차원의 논의임

• 포섭: 소외 2 회사를 '사업개시 후 1년 미만의 법인'으로 인정하는 것이 취득가액을 소외 1 회사 기준시가로 산정하는 것과 모순된다는 원고들 주장을 원심이 배척한 것은 타당함. 구 소득세법 시행령(2013. 2. 15. 개정 후 2018. 2. 13. 개정 전) 제157조 제8항은 이 사건과 무관한 조항임

• 결론: 제4 상고이유 이유 없음

최종 결론

• 상고를 모두 기각하고, 상고비용은 원고들 부담

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참조: 대법원 2026. 6. 5. 선고 2025두35546 판결