2025구합55941 정부지원사업참여제한 등 처분 취소

1) 쟁점

실체법적 쟁점

• 허위 세금계산서 3건 수취 사실의 인정 여부 (형사판결 사실인정의 행정재판 기속력)
• 이 사건 각 조치가 이 사건 각 협약·신의성실의 원칙·권리남용금지 원칙에 반하여 무효인지 여부
• 중소기업창업 지원사업 통합관리지침 제65조 제6항의 '창업기업등의 범죄행위' 범위가 '정부지원사업비의 고의횡령·편취'에 국한되는지 여부

소송법적 쟁점

• 이 사건 각 조치(참여제한 3년, 사업비 전액 환수)가 항고소송의 대상이 되는 행정처분인지, 아니면 공법상 계약에 기한 대등 당사자의 의사표시인지 여부 (처분성)
• 처분성이 부정되는 경우 재량권 일탈·남용 주장의 수용 가능성

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2) 사실관계

• 원고(주식회사 A, 변경 전 상호 주식회사 B)는 화학물질·화학제품 관련 연구·기술개발업 등을 목적으로 설립된 주식회사
• 원고의 대표 사내이사 C는 피고(중소벤처기업진흥공단)가 시행하는 창업성공패키지(청년창업사관학교) 사업에 원고의 과제가 선정되어, 피고와 두 차례 '창업성공패키지(청년창업사관학교) 사업화지원 표준협약' 체결(이하 '이 사건 각 협약')
• 이 사건 각 협약에서 준수 의무가 부과된 '창업성공패키지 사업 운영지침'은 별표 제2호에서 "부정한 방법으로 지원금을 교부받은 경우" 참여제한 3년, 지원금 전액 환수를 규정
• 원고·C는 이 사건 각 창업지원사업 진행 중 사업비로 집행하였다며 피고에게 제출한 5건의 세금계산서와 관련하여 허위 세금계산서 수수 등의 공소사실로 인천지방법원에 기소(비식별 사건번호)
• 관련 형사판결 확정 결과: 3건 (51,600,000원, 60,200,000원, 12,900,000원, 주식회사 D로부터 재화·용역을 공급받지 않았음에도 허위 발급받은 것) → 유죄 확정; 2건 (30,100,000원, 10,750,000원) → 허위라고 인정할 증거 부족으로 무죄
• 피고는 2025. 9. 18. 사업비 부정수급을 이유로 대상자 "(주) A C 대표이사"를 기재하여 창업성공패키지 사업 운영지침 제40조·제41조에 따라 정부지원사업 참여제한 3년 및 사업비 전액 환수 통지(이하 '이 사건 각 조치')
• 피고의 환수채권 주장액: 207,423,723원 (원금 159,700,000원 + 이자 47,723,723원)

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3) 적용법령 및 판례요지

적용법령

조문	요지
중소기업진흥에 관한 법률 제68조	중소벤처기업진흥공단의 설립 근거; 민법 재단법인 규정 준용
중소기업창업 지원법 제10조	중소벤처기업부장관의 창업 활성화 지원사업 추진 권한
중소기업창업 지원법 제61조	중소벤처기업부장관의 권한 위임·위탁 범위 (창업진흥원 등); 피고에 대한 참여제한·환수 권한 위임·위탁 근거 없음
중소기업창업 지원법 제63조 제1항 제1호	중앙행정기관·지방자치단체의 장이 부정 방법으로 지원금을 교부받은 경우 7년 범위 참여제한 및 지원금 환수 가능
중소기업창업 지원법 시행령 제38조	권한 위임·위탁 세부 내용; 피고에 대한 참여제한·환수 권한 위탁 근거 미확인
창업성공패키지 사업 운영지침 별표 제2호	부정한 방법으로 지원금을 교부받은 경우 참여제한 3년, 전액 환수
창업성공패키지 사업 운영지침 제40조·제41조	정부지원금 회수 관리 및 기타 제재조치 근거
중소기업창업 지원사업 통합관리지침 제65조 제5항·제6항	고의횡령·편취 시 수사의뢰·고소·고발 의무; 범죄행위 확정 시 집행 상대 기업·대표자에 대한 전 사업 참여제한 의무

판례요지

• 형사판결 사실인정의 행정재판에서의 지위: 행정재판에서 형사재판의 사실인정에 구속받지 않으나, 동일한 사실관계에 관하여 확정된 형사판결이 유죄로 인정한 사실은 유력한 증거자료가 되므로, 행정재판에서 제출된 다른 증거들에 비추어 형사재판의 사실 판단을 채용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정이 없는 한 이와 반대되는 사실을 인정할 수 없음 (대법원 2012. 5. 24. 선고 2011두28240 판결)
• 행정처분 해당 여부 판단 기준: 행정청이 법률관계를 일방적 의사표시로 종료시켰다 하더라도 곧바로 행정처분이라 단정할 수 없고, 관계 법령이 상대방의 법률관계에 관하여 구체적으로 어떻게 규정하고 있는지에 따라 항고소송 대상인 행정처분인지, 공법상 계약관계 일방 당사자로서 대등한 지위에서 하는 의사표시인지를 개별적으로 판단하여야 함 (대법원 2015. 8. 27. 선고 2015두41449 판결)
• 행정처분의 주체 요건: 행정소송의 대상이 되는 행정처분은 행정청 또는 법령에 의하여 행정권한의 위임·위탁을 받은 공공기관이 공권력을 발동하여 행하는 공법상 행위여야 하며, 권한을 위임받지 않은 공공기관의 행위는 행정처분이 아님 (대법원 2010. 11. 26.자 2010무137 결정)

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4) 적용 및 결론

쟁점 ① 허위 세금계산서 수취 사실 인정 및 이 사건 각 조치의 무효 여부

법리 확정된 형사판결의 유죄 사실은 행정재판에서 유력한 증거자료가 되고, 반대 사실을 인정하기 위해서는 형사재판의 사실 판단을 채용하기 어렵다는 특별한 사정이 있어야 함.

포섭

• 관련 형사판결에서 C 및 원고가 D로부터 재화·용역을 공급받은 사실이 없음에도 3건의 허위 세금계산서를 발급받았다는 범죄사실이 유죄로 확정됨
• 원고는 피고가 유죄 3건 세금계산서 관련 사업비를 D에 지급하고 원고가 부가가치세 상당액을 D에 송금한 증거(갑 제9 내지 11호증)를 제출하였으나, 무죄로 판단된 2건에 대해서는 각 견적서가 제출된 반면 유죄 3건에 대해서는 견적서가 제출되지 않았음
• C는 수사기관에서 D와의 세금계산서 대부분은 가공거래에 따라 허위로 발급된 것이고 일부만 실물거래라고 진술하였으며, 유죄로 판단된 비식별 일자 세금계산서에 관하여 관련 형사판결 단계에서 실물거래임을 주장하거나 사실관계를 다투었다는 자료가 없음
• 비식별 일자 세금계산서의 경우 공급가액 12,900,000원과 피고의 실제 지급액 9,594,910원의 차액 3,305,090원을 원고가 D에 지급하였다는 자료도 없고, 나머지 2건의 부가가치세 상당 금액(6,020,000원, 1,290,000원)을 원고가 D에 송금하였다는 자료도 없음
• 원고가 D에 대한 37,539,000원 채권을 자동채권으로 부가가치세 채무와 상계처리하였다는 주장에 관하여, 상계 의사표시 또는 이에 관한 논의를 하였다는 자료가 없음
• 유죄 3건과 내용이 상당히 유사한 비식별 일자 허위 세금계산서도 관련 형사판결에서 추가로 인정된 바 있음

증거

• 유죄 확정: 관련 형사판결(인천지방법원, 서울고등법원, 대법원 확정)
• 원고 주장 반박: 유죄 3건 견적서 미제출(을 제6호증 등), C의 수사기관 진술(대부분 가공거래 인정), 차액 및 부가가치세 송금 자료 미제출
• 상계 주장 반박: 상계 의사표시 또는 논의에 관한 자료 없음

결론 형사재판의 사실 판단을 채용하기 어렵다고 인정되는 특별한 사정이 없으므로, 원고가 D로부터 재화·용역을 공급받지 않았음에도 3건의 허위 세금계산서를 발급받은 사실 인정. 이를 전제로 한 이 사건 각 조치가 이 사건 각 협약·신의성실의 원칙·권리남용금지의 원칙에 반하여 무효라 할 수 없음 → 원고 주장 배척

쟁점 ② 통합관리지침 제65조 제6항 적용 범위 ('창업기업등의 범죄행위' 의미)

법리 법령 문언 해석상 제65조 제6항의 '창업기업등의 범죄행위'가 같은 조 제5항의 '정부지원사업비의 고의횡령, 편취'에 국한된다고 해석할 근거가 없음.

포섭

• 제65조 제5항은 고의횡령·편취가 있다고 판단될 경우 수사의뢰·고소·고발 등의 조치를 취하여야 한다는 것이고, 제6항의 '창업기업등의 범죄행위'는 제5항이 열거한 특정 범죄(고의횡령·편취)에 국한하여 해석할 문언상·논리상 근거가 없음
• 관련 형사판결은 허위 세금계산서 수수에 관한 것이지만, 이 또한 제6항의 '범죄행위'에 해당함

결론 허위 세금계산서 수수가 제6항 적용 대상에서 제외된다는 원고 주장 배척

쟁점 ③ 이 사건 각 조치의 처분성 및 재량권 일탈·남용 여부

법리 행정처분은 법령에 의하여 행정권한의 위임·위탁을 받은 공공기관이 공권력을 발동하여 행하는 공법상 행위여야 하며, 그렇지 않은 공공기관의 행위는 행정처분이 아님. 처분 여부는 관계 법령이 구체적으로 어떻게 규정하고 있는지를 기준으로 개별적으로 판단.

포섭

• 중소기업창업 지원법 제63조 제1항은 '중앙행정기관의 장 또는 지방자치단체의 장'에게 참여제한·환수 권한을 부여하고 있으나, 피고(중소벤처기업진흥공단)에 대하여 같은 법 또는 시행령이 해당 권한을 위임·위탁하고 있지 않음
• 피고도 이 사건 각 조치의 근거를 중소기업창업 지원법이 아닌 이 사건 각 협약을 통해 준수하기로 한 창업성공패키지 사업 운영지침 제40조·제41조로 삼았음
• 피고가 준정부기관이고 이 사건 각 조치가 행정처분과 같은 형식을 사용하더라도, 공법상 계약관계의 일방 당사자로서 쌍방이 합의한 이 사건 각 협약에 기초하여 대등한 지위에서 행한 의사표시에 불과함

증거

• 법령 검토: 중소기업창업 지원법 제61조·제63조, 시행령 제38조 (피고에 대한 위임·위탁 근거 없음 확인)
• 근거 문서: 창업성공패키지 부정수급 관련 처분통지서(갑 제2호증) — 근거 조항을 사업 운영지침으로 기재

결론 이 사건 각 조치는 행정처분이 아니라 공법상 계약에 기한 대등 당사자의 의사표시. 행정처분임을 전제로 재량권 일탈·남용을 주장하는 원고의 청구 배척.

최종 결론

원고 청구(참여제한 조치 무효확인, 환수채권 부존재확인) 이유 없어 전부 기각. 소송비용은 원고 부담.

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참조: 서울행정법원 2026. 5. 27. 선고 2025구합55941 판결