2022두38199 비영리내국법인의 수입배당금액 익금불산입 특례 적용 여부가 문제 된 사건

1) 쟁점

실체법적 쟁점

• 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 일부라도 손금산입한 경우, 손금산입되지 않은 나머지 수입배당금액에 대해 구 법인세법 제18조의3의 수입배당금액 익금불산입 특례를 적용할 수 있는지 여부
• 고유목적사업준비금 손금산입 여부를 판단하는 기준 — 실제 손금산입 여부 vs. 손금산입 가능성

소송법적 쟁점

• 결산조정사항인 고유목적사업준비금을 손금산입한 뒤 이를 소급 철회하고 경정청구를 할 수 있는지 여부
• 원고의 제4 상고이유(지정기부금 추가 손금산입 주장)의 적법한 상고이유 해당 여부

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2) 사실관계

• 원고(한국광해광업공단)는 「광산피해의 방지 및 복구에 관한 법률」에 따라 설립된 비영리내국법인으로, 주권상장법인인 주식회사 ○○○의 주식 36%를 소유
• 원고는 2011 사업연도에 74,728,800,000원, 2012 사업연도에 70,106,400,000원을 배당받음
• 원고는 수입배당금 중 2011 사업연도 31,605,298,469원, 2012 사업연도 42,551,097,128원을 고유목적사업에 직접 지출한 뒤 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금산입하고 법인세를 신고·납부함
• 원고는 2016. 12. 30. 및 2017. 10. 13. 피고에게 '손금산입하지 않은 나머지 수입배당금액에는 구 법인세법 제18조의3이 적용되어야 한다'는 이유로 2011 사업연도 8,220,168,000원, 2012 사업연도 7,061,124,563원의 환급을 구하는 경정청구를 함
• 피고는 2011 사업연도 경정청구에 대해 경정청구일로부터 2개월이 경과할 때까지 아무런 통지를 하지 않았고, 2012 사업연도 경정청구에 대해서는 2018. 3. 29. '수입배당금의 일부라도 고유목적사업준비금을 설정한 비영리내국법인은 익금불산입 규정을 적용할 수 없다'는 이유로 거부함(이 사건 처분)
• 원심은 ① 실제 손금산입한 경우 익금불산입 특례 배제(피고 주장 인용), ② 원고가 고유목적사업준비금 손금산입 비영리내국법인에 해당함(원고 주장 배척), ③ 그럼에도 불구하고 경정청구 허용(피고 패소) 부분 등을 판단함

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3) 적용법령 및 판례요지

적용법령

조문	요지
구 법인세법 제18조의3 제1항	내국법인이 받은 수입배당금액 일부를 익금불산입하는 특례; 비영리내국법인은 제외
구 법인세법 제29조 제1항	비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우 일정 금액 범위에서 손금산입
구 법인세법 제29조 제2항	고유목적사업준비금을 고유목적사업 등에 지출 시 먼저 계상한 사업연도 준비금부터 차례로 상계
구 법인세법 제29조 제4항 제4호	5년 이내 미사용 준비금 잔액은 익금에 산입
구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항	익금불산입 특례 제외 비영리내국법인의 범위를 '구 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인'으로 한정
구 국세기본법 제45조의2 제1항	경정청구 사유 및 요건 규정

판례요지

• 익금불산입 특례 적용 기준 — 비영리내국법인이 고유목적사업준비금을 실제로 손금에 산입하지 않은 경우에는 수입배당금액 익금불산입 특례를 적용받을 수 있음. '손금에 산입하는'의 의미는 실제로 손금에 산입하기에 이르렀을 때를 의미하며, '손금에 산입할 수 있는'으로 확장해석하는 것은 허용되지 않음

  • 근거 ①: 조세법률주의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 하고, 합리적 이유 없이 확장해석·유추해석하는 것은 허용되지 않음. 특히 명백히 특혜규정인 감면요건 규정은 엄격 해석이 조세공평의 원칙에도 부합함(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 참조)
  • 근거 ②: 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항은 '고유목적사업준비금의 손금산입'과 '수입배당금액의 익금불산입' 중 어느 것을 적용받을지 납세자가 자율적으로 선택할 수 있음을 전제로, 두 감면의 중첩 적용으로 조세감면 혜택이 과도하게 부여되는 것을 방지하기 위한 규정임. '손금에 산입할 수 있는'으로 해석하면 비영리내국법인에 대해 사실상 익금불산입이 적용될 여지가 없어 이 전제와 모순됨
  • 근거 ③: 익금불산입 및 손금산입 조항들은 중첩적용 배제의 '주체'에 관하여만 정하고 있을 뿐, 손금산입되지 않은 나머지 수입배당금액에 대해 익금불산입이 여전히 적용된다는 규정이나 그 구체적인 금액 범위를 정하는 규정이 없음
  • 근거 ④: 비영리내국법인이 스스로 고유목적사업준비금을 실제 손금산입한 경우 익금불산입 적용을 일률적으로 배제하더라도 이중과세 현상이 충분히 완화되므로 입법형성의 재량 범위를 벗어나지 않음

• 익금불산입 특례 적용 범위 — 비영리내국법인이 각 사업연도에 고유목적사업 등에 지출한 금액을 일부라도 구 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금으로 실제 손금산입하였다면, 수입배당금액 중 손금산입되지 않은 나머지 부분이 있더라도 그에 대해 구 법인세법 제18조의3의 익금불산입 특례를 적용받을 수 없음

• 결산조정사항의 소급 철회 및 경정청구 — 고유목적사업준비금은 결산조정사항에 해당함. 비영리내국법인이 고유목적사업준비금의 손금산입을 선택하여 이미 결산에 반영하여 손금으로 계상한 이상, 나중에 번의하여 소급적으로 이를 철회하는 것은 결산조정사항으로 정한 취지에 반하여 법령상 다른 정함이 없는 한 원칙적으로 허용될 수 없음. 이를 내세워 구 국세기본법 제45조의2 제1항에 따른 경정청구를 하는 것도 불가능함

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4) 적용 및 결론

쟁점 1: 수입배당금액 익금불산입 특례의 적용 여부

• 법리: 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항의 '손금에 산입하는'은 실제 손금산입 여부를 기준으로 하며, '손금에 산입할 수 있는'으로 확장해석 불가. 일부라도 실제 손금산입한 비영리내국법인은 수입배당금액 전부에 대해 익금불산입 특례 배제
• 포섭: 원고는 2011, 2012 사업연도에 수입배당금액 중 각 31,605,298,469원 및 42,551,097,128원을 고유목적사업준비금으로 실제 손금계상함. 이로써 원고는 '구 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하는 비영리내국법인'에 해당하게 됨. 고유목적사업준비금으로 손금산입되지 않은 나머지 수입배당금액이 남아 있더라도 이에 대해 구 법인세법 제18조의3을 적용할 수 없음
• 결론: 원고의 익금불산입 특례 적용 주장 배척. 원심이 같은 취지로 판단한 것은 정당하여 원고의 제1, 3 상고이유 기각

쟁점 2: 원고가 구 법인세법 시행령 제17조의3 제4항의 적용대상 비영리내국법인에 해당하는지

• 법리: 구 법인세법 제29조 제1항은 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우 손금산입을 허용하고, 같은 조 제2항은 직접 지출한 금액도 당해 사업연도 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항을 적용함
• 포섭: 원고가 고유목적사업준비금을 설정하지 않은 상태에서 수입배당금액을 고유목적사업 등에 직접 지출한 경우에도 구 법인세법 제29조에 따라 고유목적사업준비금으로서 손금으로 계상할 수 있으므로, 원고는 동 조항의 적용대상 비영리내국법인에 해당함
• 결론: 원고의 '적용대상 비영리내국법인에 해당하지 않는다'는 주장 배척. 원고의 제2 상고이유 기각

쟁점 3: 원고의 제4 상고이유

• 고유목적사업비의 지정기부금 해당 여부에 관한 주장은 상고심에서 처음으로 내세우는 주장으로 적법한 상고이유 해당 불가 — 배척

쟁점 4: 결산조정사항인 고유목적사업준비금의 소급 철회 및 경정청구 가능 여부

• 법리: 결산조정사항은 결산에 반영하여 손금으로 계상하였을 때만 손금으로 인정됨. 이미 손금산입을 선택하여 결산에 반영한 이상 소급 철회는 결산조정사항으로 정한 취지에 반하며, 법령상 다른 정함이 없는 한 원칙적으로 허용 불가. 이를 내세운 경정청구도 불가
• 포섭: 원고는 2011, 2012 사업연도에 고유목적사업준비금을 실제 결산에 반영하여 손금산입한 뒤, 이를 소급 철회하고 수입배당금액의 익금불산입을 적용받겠다는 취지로 경정청구를 함. 이러한 소급적 철회를 내세운 경정청구는 허용 불가
• 결론: 원심이 경정청구를 허용하여 2011 사업연도 법인세 경정거부처분 중 일부를 위법하다고 판단한 것은 구 국세기본법 제45조의2 제1항의 경정청구 사유에 관한 법리를 오해한 잘못이 있음. 피고의 제2 상고이유 인용 → 원심판결 중 피고 패소 부분 파기·환송

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참조: 대법원 2026. 5. 14. 선고 2022두38199 판결