중소기업 간 통합으로 소멸되는 중소기업의 사업용고정자산 양도에 대해 이월과세 적용을 구하는 사건[대법원 2026. 6. 24. 선고 중요판결]
AI 요약
2025두35727 중소기업 간 통합으로 소멸되는 중소기업의 사업용고정자산 양도에 대해 이월과세 적용을 구하는 사건
1) 쟁점
실체법적 쟁점
- 구 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호(이 사건 이월 조항)의 '충당금을 포함한 부채의 합계액'에, 통합으로 소멸하는 사업장의 사업과 직접 관련되지 않은 부채가 포함되는지 여부
- 이 사건 부채(합계 10억 원)가 이 사건 사업장과 직접 관련하여 발생한 부채인지 여부
소송법적 쟁점
- 원심의 판단에 법리 오해 또는 판단 누락의 잘못이 있는지 여부
2) 사실관계
- 원고는 1991. 8. 31. 이 사건 토지를 취득하고 이 사건 건물을 신축한 후 1996. 9. 15.경부터 이 사건 건물에서 부동산 임대업(이 사건 사업)을 영위함
- 원고는 이 사건 각 부동산을 공동담보로 2차례에 걸쳐 합계 10억 원을 차용하고(이 사건 부채), 소외 은행 앞으로 각 채권최고액 6억 원의 근저당권설정등기를 마침(2017. 2. 13., 2017. 5. 17.)
- 원고는 2018. 9. 30. 이 사건 법인(주식회사 △△△)과 사이에, 이 사건 사업에 관한 권리·의무 일체를 자산 합계 5,046,745,870원, 부채 합계 1,232,965,870원(이 사건 부채 포함), 순자산가액 3,813,780,000원으로 평가하여 이 사건 법인에 포괄적으로 현물출자(이 사건 현물출자)하고, 이 사건 법인 보통주식 381,378주를 교부받기로 하는 중소기업통합계약을 체결함
- 이 사건 각 부동산에 관하여 2019. 1. 28. 이 사건 법인 앞으로 소유권이전등기가 마쳐지고, 2019. 2. 19. 이 사건 각 근저당권이 말소됨
- 원고는 2019. 4. 1. 양도소득을 신고하면서 조세특례제한법 제31조 제1항 등에 따른 이월과세를 적용받음
- 피고(용산세무서장)는 세무조사 결과 이 사건 부채 10억 원이 이 사건 사업과 관계없는 채무라 하여 순자산가액 산정 시 공제 불가로 보고, 2022. 3. 2. 원고에게 2018년 귀속 양도소득세 2,028,977,350원(가산세 포함)을 결정·고지함
- 조세심판원은 2023. 8. 23. 무신고가산세 일부 감면으로 세액을 경정하고 나머지 심판청구는 기각함(이 사건 처분)
3) 적용법령 및 판례요지
적용법령
| 조문 | 요지 |
|---|---|
| 조세특례제한법 제31조 제1항 | 중소기업 간 통합으로 소멸되는 중소기업이 사업용고정자산을 통합법인에 양도하는 경우 이월과세 적용 가능 |
| 조세특례제한법 제2조 제1항 제6호 | 이월과세의 정의: 사업용고정자산을 현물출자로 법인에 양도 시 개인에게 양도소득세 과세하지 않고, 법인이 해당 자산 양도 시 법인세로 납부 |
| 구 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호(이 사건 이월 조항) | 이월과세 요건: 소멸하는 사업장의 중소기업자가 취득하는 주식·지분가액이 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재 시가 평가 자산 합계 – 충당금 포함 부채 합계) 이상일 것 |
| 구 조세특례제한법 시행령 제28조 제2항 | 사업용고정자산: 해당 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산 |
판례요지
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법해석 원칙: 법률의 문언의 통상적 의미에 충실하게 해석하되, 입법 취지·목적·제개정 연혁·법질서와의 조화·다른 법령과의 관계를 고려하는 체계적·논리적 해석방법을 추가적으로 동원하여야 함(대법원 2013. 1. 17. 선고 2011다83431 전원합의체 판결 등 참조)
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이 사건 이월 조항의 핵심 해석: 이 사건 이월 조항 괄호 부분의 '충당금을 포함한 부채의 합계액'은, 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 사업과 직접 관련된 부채로 한정됨
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근거 ①(입법 취지): 조세특례제한법 제31조 제1항의 이월과세 취지는 실질적으로 동일한 사업주가 사업 운영 형태만 바꾸는 경우 과세시기를 늦추고 납세의무자를 통합법인으로 변경함으로써 중소기업 간의 원활한 구조조정을 지원하는 데 있음(대법원 2014. 12. 24. 선고 2014두40661 판결 참조)
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근거 ②(순자산 시가 평가의 취지): 이 사건 이월 조항에서 소멸하는 사업장의 순자산가액을 장부가액이 아닌 시가로 평가하도록 한 것은 통합법인의 자본충실을 기하고, 유상양도의 속성을 지닌 경우에 대해서까지 이월과세 혜택이 부여되는 문제를 해소하기 위함임
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근거 ③(체계적 해석): 구 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 전문에서 '기업의 사업장별로 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지될 것'을 별도로 명시하고, 같은 조 제2항에서 사업용고정자산을 '해당 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산'으로 규정하는 점과의 체계적 조화상, 순자산가액 산정 시 공제되는 부채도 사업과 직접 관련될 것이 요구됨
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근거 ④(이월과세 취지 위반 방지): 사업과 직접 관련 없는 부채도 공제를 허용하면, 통합 전 임의로 부채를 발생시켜 순자산가액을 좌우하거나, 허위 부채·이면합의 등을 통해 주식가액을 과소 책정하고 차액을 현금으로 수수하는 유상양도 속성 행위에 대해서까지 이월과세 혜택이 일률적으로 부여되는 결과가 됨. 이는 '사업의 동일성'(소멸하는 사업장의 순자산가액이 통합법인에 그대로 승계되어야 한다는 요건) 미충족으로 허용 불가
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관련 법리: 이 사건 이월 조항에서의 '취득하는 주식 또는 지분의 가액'이란 해당 통합으로 취득하는 주식 또는 지분의 시가 자체를 의미함(대법원 2025. 7. 18. 선고 2022두53204 판결 참조)
4) 적용 및 결론
쟁점: 이 사건 부채가 순자산가액 산정 시 공제되는 부채에 해당하는지 여부
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법리: 이 사건 이월 조항의 '충당금을 포함한 부채의 합계액'은 소멸하는 사업장의 사업과 직접 관련된 부채로 한정됨
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포섭: 피고는 세무조사를 통해 이 사건 부채 10억 원이 이 사건 사업(부동산 임대업)과 관계없는 채무라 판단함. 원심도 이 사건 부채는 이 사건 사업장과 직접 관련하여 발생한 부채로 볼 수 없다고 판단함. 이에 따라 이 사건 부채를 순자산가액 산정 시 공제하지 않으면, 원고가 취득한 주식가액 3,813,780,000원이 소멸하는 사업장의 순자산가액 4,813,780,000원보다 크지 않게 되어 이 사건 이월 조항의 요건 미충족
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증거: 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거에 의하여 위 사실관계 및 이 사건 부채와 이 사건 사업의 직접 관련성 부재를 인정함
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결론: 상고 기각. 이 사건 이월 조항의 '충당금을 포함한 부채의 합계액'은 소멸하는 사업장의 사업과 직접 관련된 부채로 한정되어야 하므로, 이 사건 부채를 순자산가액에서 공제할 수 없고 이월과세 적용 요건 미충족. 피고의 이 사건 처분 적법. 원심 판단에 법리 오해 또는 판단 누락 없음
참조: 대법원 2026. 6. 24. 선고 2025두35727 판결