2025구합55020 종합부동산세등부과처분취소

1) 쟁점

실체법적 쟁점

• 구 임대주택법에 따른 '매입임대주택'이 2020. 8. 18. 개정 민간임대주택법 제6조 제5항의 '종전의 단기민간임대주택'에 해당하여 기존 임대사업자 등록이 말소되는지 여부
• 기존 임대사업자 등록이 말소된 후 2021. 12. 3. 새로이 '장기일반민간임대주택'으로 등록한 이 사건 임대사업자 등록이 '2020. 6. 17. 이후 신청'에 해당하여 합산배제 임대주택에서 제외되는지 여부

소송법적 쟁점

• 강북구청장의 착오에 의한 임대사업자 등록증 발급 및 피고의 이전 과세 처분이 과세관청의 공적 견해 표명에 해당하는지, 신뢰보호원칙 위반 여부

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2) 사실관계

• 원고(주식회사 A)는 건축물 매매 및 임대업 영위 회사로, 서울 중랑구 소재 C 7개 호실(이 사건 임대주택)을 소유함
• 원고는 2006. 10. 30. 구 임대주택법 제6조에 따라 임대사업자 등록을 하고, 2006. 11. 20. 이 사건 임대주택을 '매입임대주택'으로 추가 등록함(기존 임대사업자 등록)
• 이 사건 임대주택이 위치한 서울 중랑구는 2017. 9. 6. 조정대상지역으로 지정됨
• 2020. 8. 18. 신설된 민간임대주택법 부칙 제3조 제3항 제3호에 따라 이 사건 임대주택은 '단기임대주택'으로 간주되었고, 같은 날 개정된 부칙 제5조 제5항에 따라 '단기민간임대주택'으로 간주됨
• 같은 날 개정된 민간임대주택법 제6조 제5항 및 부칙 제7조에 따라 임의무기간이 이미 경과된 것으로 인정되어, 기존 임대사업자 등록이 2020. 8. 18. 말소됨
• 원고는 2021. 12. 3. 민간임대주택법 제5조에 따라 '장기일반민간임대주택'으로 이 사건 임대사업자 등록을 함
• 강북구청장은 기존 임대사업자 등록이 말소되지 않았음을 전제로 2021. 9. 3. 임대사업자 등록증을 발급함
• 피고는 2021. 11. 19. 및 2022. 11. 20. 합산배제 임대주택에서 제외된다는 전제 아래 2021년·2022년 귀속 종합부동산세를 부과한 바 있음
• 피고는 2025. 1. 16. 이 사건 임대주택이 조정대상지역에 있는 장기일반민간임대주택으로서 2020. 6. 17. 이후 임대사업자 등록 신청이 이루어져 합산배제 임대주택에서 제외된다는 이유로, 2021년 귀속 종합부동산세 41,784,390원(농어촌특별세 포함), 2022년 귀속 종합부동산세 20,693,580원(농어촌특별세 포함)을 각 결정·고지함(이 사건 처분)

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3) 적용법령 및 판례요지

적용법령

조문	요지
종합부동산세법 제8조 제2항 제1호	민간임대주택법상 민간임대주택 중 대통령령으로 정하는 주택은 과세표준 합산 대상 제외
종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제8호 나목 2)	법인이 조정대상지역 공고일(기지정지역은 2020. 6. 17.) 이후 사업자등록 신청한 조정대상지역 장기일반민간임대주택은 합산배제 임대주택에서 제외
민간임대주택법 제6조 제5항 (2020. 8. 18. 개정)	단기민간임대주택은 임대의무기간 종료 시 등록 말소
민간임대주택법 부칙 <법률 제17482호> 제7조	시행일 당시 임대의무기간이 경과된 단기민간임대주택은 시행일에 등록 말소된 것으로 봄
민간임대주택법 부칙 <법률 제13499호> 제3조 제3항 제3호 (2020. 8. 18. 신설)	구 임대주택법상 매입임대주택은 민간임대주택법의 단기임대주택으로 봄
민간임대주택법 부칙 <법률 제15356호> 제5조 제5항 (2020. 8. 18. 개정)	단기임대주택(부칙 제3조 제3항 제3호에 따라 단기임대주택으로 보는 주택 포함)은 단기민간임대주택으로 봄
국세기본법 제18조 제3항	비과세관행은 불특정 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여진 경우에만 적용

판례요지

• 제1 주장에 대한 판단: 구 임대주택법상 '매입임대주택'은 2020. 8. 18. 개정 전까지 민간임대주택법 부칙 제5조 제5항의 '단기민간임대주택'으로 간주되는 '단기임대주택'에 해당하지 않았음은 원고 주장과 같음. 그러나 2020. 8. 18. 개정된 부칙 제5조 제5항은 구 임대주택법상 매입임대주택을 '단기임대주택'에 포함하도록 규정하여 등록 말소 대상임을 명확히 함. 부칙 제3조 제2항 삭제(2020. 6. 9.) 및 제3항 신설(2020. 8. 18.)은 임대주택 유형별 법령 적용 혼선 해소 및 제도 미비점 보완을 위한 입법 의도에 기한 것으로 봄. 따라서 기존 임대사업자 등록은 2020. 8. 18. 적법하게 말소되었음
• 제2 주장에 대한 판단: 신의성실원칙·비과세관행은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 특별한 사정이 있는 경우에 한하여 적용되고, 비과세관행이란 불특정 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여진 세법 해석 또는 관행을 말하며, 그 존재에 대한 입증책임은 납세자에게 있음(대법원 2002. 2. 8. 선고 2000두1652 판결, 대법원 2006. 6. 29. 선고 2005두2858 판결 등 참조). 강북구청장의 임대사업자 등록증 발급은 착오에 의한 것으로 과세관청의 공적 견해 표명으로 볼 수 없고, 피고의 이전 과세처분만으로는 신뢰보호원칙 위반으로 평가할 수 없음

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4) 적용 및 결론

쟁점 1: 기존 임대사업자 등록 말소의 적법성(제1 주장)

• 법리: 2020. 8. 18. 개정된 민간임대주택법 부칙 제5조 제5항은 구 임대주택법상 매입임대주택을 단기임대주택에 포함하여 등록 말소 대상임을 명확히 하고, 부칙 제3조 제2항 삭제·제3항 신설은 적용 법령 혼선 해소를 위한 입법 의도에 기한 것임
• 포섭: 이 사건 임대주택은 2006년 구 임대주택법에 따라 '매입임대주택'으로 등록되었으나, 2020. 8. 18. 신설·개정된 부칙 조항에 의해 '단기임대주택' → '단기민간임대주택'으로 순차 간주되어, 임대의무기간이 이미 경과된 상태로 2020. 8. 18. 등록이 말소된 것으로 봄. 원고가 주장하는 바와 같이 2020. 8. 18. 이전 개정 전 부칙 제5조 제5항에 매입임대주택이 포함되지 않았다는 점은 인정되나, 2020. 8. 18. 부칙 개정으로 이를 포함하도록 규정을 명확히 한 이상 기존 임대사업자 등록의 말소는 적법함
• 증거: 갑 제1, 2, 5 내지 7, 9, 10호증, 을 제1, 2호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지
• 결론: 기존 임대사업자 등록은 2020. 8. 18. 적법하게 말소되었고, 그 이후인 2021. 12. 3. 이루어진 이 사건 임대사업자 등록은 조정대상지역에서 2020. 6. 17. 이후 신청된 장기일반민간임대주택 등록에 해당하여 합산배제에서 제외됨. 제1 주장 배척

쟁점 2: 신뢰보호원칙 위반 여부(제2 주장)

• 법리: 신의성실원칙·비과세관행은 합법성 원칙을 희생하면서까지 납세자 신뢰를 보호할 특별한 사정이 있는 경우에만 적용되고, 비과세관행은 불특정 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여진 것이어야 하며, 입증책임은 납세자에게 있음
• 포섭: 강북구청장의 2021. 9. 3.자 임대사업자 등록증 발급은 기존 임대사업자 등록이 말소된 사실을 간과한 착오에 의한 것으로, 종합부동산세가 국세기본법 제2조 제1호 라목의 국세임을 고려할 때 지방자치단체 담당자의 착오를 과세관청의 공적 견해 표명으로 볼 수 없음. 피고의 2021. 11. 19.·2022. 11. 20. 이전 과세 처분 사실만으로는 불특정 일반납세자에게 이의 없이 받아들여진 비과세관행의 존재를 인정할 수 없음
• 증거: 갑 제3호증의 기재(강북구청장의 등록증 발급 사실 인정)를 통해 착오 발급임을 확인하고, 신뢰보호에 필요한 비과세관행의 입증은 원고가 하지 못함
• 결론: 이 사건 처분이 신뢰보호원칙을 위반하였다고 볼 수 없음. 제2 주장 배척

최종 결론: 원고의 청구를 모두 기각함

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참조: 서울행정법원 2026. 6. 17. 선고 2025구합55020 판결