2024구합59329 종합소득세부과처분취소

1) 쟁점

실체법적 쟁점

• 이 사건 법인과 E 사이의 부동산 매매계약이 실제로 성립하였는지 여부
• 매매계약이 허위·부존재인 경우 법인세법상 익금 산입 및 사외유출을 인정할 수 있는지 여부
• 대표자에 대한 인정상여 처분의 전제 요건(익금 산입 금액의 사외유출) 충족 여부

소송법적 쟁점

• 처분 이후 선고·확정된 관련 민사·형사사건 판결이 행정처분의 위법 여부 판단 자료로 사용될 수 있는지 여부
• 확정된 관련 사건 판결에서 인정된 사실의 증거적 효력 범위

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2) 사실관계

• 원고는 농업회사법인 B(이하 '이 사건 법인')의 대표자로 재직함 (2014년경 ~ 2018년경)
• 이 사건 각 토지(천안시 동남구 C)는 D 소유였으나, 2018. 2. 20. '증여'를 원인으로 이 사건 법인 명의로 소유권이전등기 완료; 지상 건물 4개동(이 사건 각 건물)에 관하여도 2018. 2. 28. 이 사건 법인 명의 소유권보존등기 완료
• 이 사건 각 부동산에 관하여 2018. 2. 28. J 명의 소유권이전청구권가등기 마쳐진 후, 2018. 10. 31. 농업회사법인 E 명의로 소유권이전등기 완료 (이 사건 매매: 매매대금 20억 원)
• 이 사건 법인은 2018 사업연도 법인세 신고를 하지 않음
• 피고(동대문세무서장)는 법인세 과세표준 결정 시 이 사건 근저당권(F협동조합, 피담보채무 4억 8,000만 원) 피담보채무를 법인이 인수한 것으로 보고, 매매대금 20억 원에서 4억 8,000만 원을 공제한 15억 2,000만 원을 익금 산입한 후 귀속 불분명을 이유로 원고에게 상여처분 → 2021. 12. 9. 소득금액변동통지
• 피고는 2023. 5. 5. 원고에게 2018년 귀속 종합소득세 702,634,459원을 경정·고지함 (이 사건 처분)
• 원고는 2023. 8. 3. 심판청구 → 2023. 12. 19. 기각

관련 민사사건

• 이 사건 법인이 E을 상대로 서울북부지방법원에 매매대금 청구 소송 제기 (2021가합*****)
• 법원은 2025. 8. 21. 청구기각 판결: H과 I이 공동 개발 사업 진행 과정에서 대출 편의를 위해 이 사건 법인 명의로 소유권이전등기를 마쳤을 뿐, 실제 매매계약이 체결되었다고 인정할 수 없다고 판단 → 법인이 항소 포기하여 2025. 9. 12.경 확정

관련 형사사건

• H이 I을 사문서위조·위조사문서행사·사기미수 등으로 고소 → 공소 제기
• 대전지방법원 천안지원은 2025. 4. 8. I에 대하여 무죄 선고 (2023고단****, 2024고단****(병합)): H과 I이 공동으로 이 사건 각 토지 개발 사업을 진행하였음을 인정하고 이 사건 매매계약에 따른 매매대금 채권의 존재를 인정할 수 없다고 판단
• 검사 항소 → 대전지방법원 항소기각 (2025노****) → 상고 미제기로 2026. 2. 13.경 확정

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3) 적용법령 및 판례요지

적용법령

조문	요지
법인세법 제15조	익금은 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인해 발생하는 수익의 금액
법인세법 시행령 제11조 제2호	자산의 양도금액은 수익(익금)에 포함
법인세법 제66조	미신고 법인에 대한 과세표준·세액 결정 권한
법인세법 제67조	익금 산입 금액에 대한 소득처분(상여·배당·기타사외유출 등)
법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서	사외유출 금액의 귀속자가 불분명한 경우 대표자에게 귀속된 것으로 보아 인정상여 처분

판례요지

• 인정상여 제도의 취지: 대표자에 대한 인정상여는 그 대표자에게 실제로 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라, 법인에 의한 세법상 부당행위 방지를 위해 일정 사실에 대해 실질에 관계없이 무조건 대표자 상여로 간주하는 제도임 (대법원 1992. 7. 14. 선고 92누3120 판결 참조). 다만 인정상여 처분은 '익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 경우'를 전제 요건으로 함
• 확정 판결의 증거력: 행정사건의 재판에 있어서는 다른 민사·형사·행정사건의 판결에서 인정된 사실에 구속받지 않으나, 확정된 관련 사건 판결에서 인정된 사실은 특별한 사정이 없는 한 유력한 증거가 됨; 합리적 이유설시 없이 이를 배척할 수 없음 (대법원 2014. 10. 27. 선고 2013두14771 판결 참조)
• 처분 후 판결의 증거 사용 가능성: 항고소송에서 행정처분의 위법 여부는 처분 당시의 법령과 사실 상태를 기준으로 판단하나, 이는 처분 후 생긴 법령 개폐나 사실 상태 변동에 영향받지 않는다는 의미이지, 처분 당시 존재하였던 자료만으로 판단한다는 의미가 아님; 법원은 사실심 변론종결 당시까지 제출된 모든 자료를 종합하여 처분 당시 존재하였던 객관적 사실을 확정하고 이에 기초하여 처분의 위법 여부를 판단할 수 있음 (대법원 2018. 6. 28. 선고 2015두58195 판결 참조)

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4) 적용 및 결론

쟁점 ①: 이 사건 매매계약의 실재 여부 및 익금 산입·사외유출 인정 가부

법리

• 인정상여 처분의 전제: 법인세법 제67조, 시행령 제106조 제1항 제1호 단서에 따라 익금에 산입한 금액이 '사외에 유출된 경우'여야 하므로, 익금 산입 자체가 인정되지 않으면 사외유출도 인정 불가

포섭

• 이 사건 각 부동산은 소유 명의만 이 사건 법인 앞으로 되어 있었을 뿐, H과 I이 공동으로 개발 사업을 추진하면서 대출 편의를 위해 법인 명의로 소유권이전등기를 마친 것으로 봄이 타당함
• 관련 민사사건 확정판결: 매매계약서의 이례적 내용(계약 당일 전액 지급·소유권이전등기), 승계 채무 불특정, 소유권이전등기 후 2년 이상 매매대금 청구 없음, 법인 측의 합리적 설명 부재 등 복수의 사정을 종합하여 실제 매매계약이 체결되었다고 인정할 수 없다고 판단함
• 관련 형사사건 확정판결: H이 I에게 법인인감을 교부한 경위, H과 I의 공동 사업 역할 분담, H의 수사 당시 진술('대출 편의를 위해 이 사건 법인 명의로 소유권이전등기') 등을 근거로 이 사건 매매계약에 따른 매매대금 채권 존재를 인정할 수 없다고 판단함
• 피고가 주장하는 사정 및 제출 증거만으로는 이 사건 매매계약이 실제로 성립하여 이 사건 법인에 매매대금 채권이 귀속된다고 인정하기 어려움

증거

• 인정 근거: 갑 제3 내지 8, 12 내지 14호증, 을 제3 내지 8호증 각 기재, 변론 전체의 취지; 관련 민사사건 확정판결문, 관련 형사사건 확정판결문(제1심 및 항소심), H의 수사기관·법정 진술
• 배척 근거: 피고 제출 증거 및 피고 주장 사정만으로는 매매계약 실재 인정 불충분

쟁점 ②: 처분 이후 확정된 관련 판결의 증거 사용 가능성

법리

• 항고소송에서 처분의 위법 여부 판단 시 변론종결 당시까지 제출된 모든 자료를 사용하여 처분 당시 존재하였던 객관적 사실 확정 가능 (대법원 2015두58195 참조)

포섭

• 피고는 관련 형사·민사판결이 이 사건 처분 이후 선고·확정되었으므로 처분에 영향을 미칠 수 없다고 주장하나, 위 확정판결문은 변론종결 시까지 제출된 자료로서 처분 당시 존재하였던 객관적 사실 확정을 위한 자료에 해당함
• 처분 기준 시점 원칙은 처분 후 법령 개폐·사실 변동의 소급효 차단을 의미하는 것일 뿐, 사실 확정을 위한 증거 자료의 기준 시점을 처분 당시로 제한하는 것이 아님

결론

• 이 사건 법인에 2018 사업연도에 이 사건 매매와 관련된 수익이 귀속되었다고 볼 수 없어 익금 산입 금액이 인정되지 않고, 그 금액의 사외유출 역시 인정될 수 없음
• 원고의 제1주장 이유 있음; 제2주장(근저당권 피담보채무 추가 공제)에 관하여는 판단하지 않음
• 피고가 2023. 5. 5. 원고에 대하여 한 종합소득세 702,634,459원의 부과처분(이 사건 처분) 취소

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참조: 서울행정법원 2026. 6. 19. 선고 2024구합59329 판결