2025구합56355 농어촌특별세 납부지연가산세 취소

1) 쟁점

실체법적 쟁점

• 이 사건 농어촌특별세의 납세의무 성립시기 및 신고·납부기한: 경정청구 인용결정 시점인지, 아니면 최초 부동산 취득시기인지
• 구 지방세기본법 제60조 및 구 국세기본법 제51조의 유추적용 가부: 과다납부한 취득세(지방세) 기납부세액을 농어촌특별세(국세)에 충당할 수 있는지
• 이 사건 농어촌특별세 신고·납부 의무 해태에 정당한 사유가 있는지 여부 (국세기본법 제48조 제1항)

소송법적 쟁점

• 청구취지를 이의신청 기각결정 취소에서 이 사건 처분 취소로 변경한 경우 제소기간 준수 여부 (소장 제출 시 기준)

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2) 사실관계

• 원고는 B 한국지점으로부터 상법상 법인으로 전환 과정에서 2018. 1. 2. 서울 중구 C타워 D호 외 30호(이 사건 부동산)를 현물출자로 취득함
• 취득 당시 과밀억제권역 내 법인 설립에 따른 중과세율 적용하여 취득세 등 합계 약 28,759,932,810원을 신고·납부하고, 2018. 3. 29. 수정신고로 70,522,290원 추가 납부함(이 사건 최초 취득세 신고·납부)
• 원고는 2017. 3. 3. 서울특별시 세제과에 이 사건 현물출자에 구 지방세특례제한법 제57조의2 제3항 제3호(이 사건 감면규정)가 적용되는지 질의하였으나, 적용대상이 아니라는 구두회신을 받아 감면규정 미적용 전제로 신고·납부함
• 이후 기획재정부(2021. 1. 27. 법인세제과-51) 및 국세청(2021. 2. 17. 서면-2020법령해석법인-0660) 유권해석을 토대로 행정안전부가 2021. 8. 30. 이 사건 현물출자가 적격현물출자에 해당하여 이 사건 감면규정에 따른 취득세 면제대상이라고 판단함(지방세특례제도과-1962)
• 원고는 2022. 10. 31. 위 유권해석을 근거로 취득세 등 85% 감경 적용을 이유로 경정청구함(이 사건 경정청구)
• 피고는 2022. 12. 14. 경정청구 인용하여 취득세 등 합계 약 28,317,174,930원(환급가산금 포함)을 2022. 12. 16. 환급하고, 이 사건 농어촌특별세 4,019,232,510원 및 납부지연가산세 1,862,428,000원(이 사건 처분)을 부과·고지함
• 원고의 이의신청(2023. 3. 14.) 및 심판청구(2023. 7. 31.)가 각 기각됨

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3) 적용법령 및 판례요지

적용법령

조문	요지
구 지방세특례제한법 제57조의2 제3항 제3호	적격현물출자로 취득하는 재산에 대한 취득세 면제
구 지방세특례제한법 제177조의2 제1항	취득세 면제 시 100분의 85 감면율 적용
구 농어촌특별세법 제3조 제1호	취득세 감면을 받는 자에게 농어촌특별세 납부의무 부여
구 농어촌특별세법 제5조 제1항 제1호	취득세 감면세액의 100분의 20을 농어촌특별세 세액으로 산정
구 농어촌특별세법 제7조 제1항	농어촌특별세(제1호 유형)의 신고·납부기한은 해당 본세인 취득세를 신고·납부하는 때
구 국세기본법 제21조 제1항 제10의4호	농어촌특별세 납세의무 성립시기: 본세의 납세의무가 성립하는 때
구 지방세기본법 제34조 제1항 제1호	취득세 납세의무 성립시기: 과세물건 취득시
구 지방세법 제20조 제1항·제4항	취득세 신고·납부기한: 취득일로부터 60일 이내 또는 소유권이전등기 접수일까지
구 국세기본법 제48조 제1항	납세자에게 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 때 가산세 부과 불가
구 지방세기본법 제60조, 구 국세기본법 제51조	지방세환급금·국세환급금의 체납액 충당 규정

판례요지

• 농어촌특별세 납세의무 성립시기 및 신고·납부기한: 이 사건 농어촌특별세의 납세의무는 본세인 취득세의 납세의무가 성립하는 시기, 즉 원고의 부동산 취득시에 성립하고 신고·납부기한 역시 취득일로부터 60일 내 소유권이전등기 접수일까지임. 경정청구 인용결정 시점이 아니라는 원고 주장은 이유 없음.
  • 근거: 구 국세기본법 제21조 제1항 제10의4호, 구 농어촌특별세법 제7조 제1항, 구 지방세기본법 제34조 제1항 제1호, 구 지방세법 제20조 제1항·제4항
• 유추적용 불가: 조세법률주의상 조세법규는 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장·유추해석 금지. 취득세(지방세)와 농어촌특별세(국세)는 과세 및 귀속주체가 달라 명문 규정 없이 구 지방세기본법 제60조 및 구 국세기본법 제51조를 유추적용하여 지방세 환급금을 국세에 충당할 수 없음.
  • 근거: 대법원 1983. 6. 28. 선고 82누142 판결, 대법원 2014. 2. 13. 선고 2012두20540 판결
• 가산세 면제 정당한 사유: 세법해석상 견해 대립이 있는 등으로 납세의무자가 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 의무 이행을 기대하는 것이 무리라고 할 사정이 있을 때 가산세 부과 불가. 정당한 사유의 존부는 개별 세법에 따른 신고·납부기한을 기준으로 판단.
  • 근거: 대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결, 대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두44711 판결, 대법원 2022. 1. 14. 선고 2017두41108 판결

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4) 적용 및 결론

쟁점 1: 농어촌특별세 납세의무 성립시기 및 신고·납부기한

• 법리: 농어촌특별세 납세의무는 본세 납세의무 성립시에 성립하고, 그 신고·납부기한은 본세(취득세)를 신고·납부하는 때임
• 포섭: 원고가 경정청구를 통해 취득세 감면액을 환급받는 것으로 경정결정이 이루어졌다 하더라도, 이 사건 농어촌특별세의 납세의무는 원고의 부동산 취득시(2018. 1. 2.)에 성립하였고 신고·납부기한은 취득일로부터 60일 내 소유권이전등기 접수일까지임. 경정청구 인용결정으로 납세의무 성립시기나 신고·납부기한이 달라지지 않음
• 결론: 원고 주장 기각

쟁점 2: 구 지방세기본법 제60조·구 국세기본법 제51조 유추적용

• 법리: 조세법률주의상 명문 규정 없이 유추적용 금지
• 포섭: 취득세는 지방세로서 지방자치단체에 귀속되고 농어촌특별세는 국세로서 국가에 귀속되어 과세 및 귀속주체가 상이함. 농어촌특별세가 취득세의 부가세 성격을 가진다 하더라도 명문 규정 없이 지방세 환급금을 국세에 충당하는 구 지방세기본법 제60조·구 국세기본법 제51조를 유추적용할 수 없음
• 결론: 원고 주장 기각

쟁점 3: 가산세 면제 정당한 사유

• 법리: 세법해석상 의의로 납세의무자가 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 의무 이행을 기대하는 것이 무리라고 할 사정이 있을 때 가산세 부과 불가
• 포섭:
  • ① 원고는 2017. 3. 3. 서울특별시 세제과에 이 사건 감면규정 적용 여부를 질의하였으나 적용대상이 아니라는 구두회신을 받아 이를 신뢰하여 감면규정 미적용 전제로 최초 취득세를 신고·납부함. 이는 단순 법률의 부지·오해가 아니라 세법 해석의 어려움에서 비롯된 것임
  • ② 농어촌특별세는 취득세 감면세액을 과세표준으로 하는 유형(구 농어촌특별세법 제3조 제1호, 제5조 제1항 제1호)과 취득세액을 과세표준으로 하는 유형(제3조 제5호, 제5조 제1항 제6호)이 구분됨. 원고가 감면규정 미적용 전제로 취득세 신고·납부를 하면서 동시에 감면규정 적용을 전제로 취득세 감면세액을 과세표준으로 하는 이 사건 농어촌특별세를 납부하는 것은 상호 모순적 행위로 납세의무 이행을 기대하는 것이 무리임
  • ③ 원고가 최초 신고 시 과다 납부한 취득세 등은 약 26,193,151,760원인 반면 이 사건 농어촌특별세는 4,019,232,510원임. 원고가 감면규정 적용을 알면서 의도적으로 감면신청을 하지 않았다고 보기 어려우며, 서울특별시 세제과 구두회신이 없었다면 이 사건 최초 취득세 신고·납부에 이르렀을 것으로 보이지 않음. 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세 납부의무 위반에 비난가능성 없음
  • ④ 피고가 최초 신고 이후 이루어진 관계 행정청 유권해석(행정안전부 2021. 8. 30.자 지방세특례제도과-1962)을 토대로 경정청구를 인용하여 농어촌특별세를 부과하면서 가산세까지 부과하는 것은 지나치게 가혹함
• 증거: 갑 제7호증(행정안전부 유권해석), 갑 제1 내지 6호증, 변론 전체의 취지
• 결론: 원고에게 이 사건 최초 취득세 신고·납부 당시 이 사건 농어촌특별세 신고·납부 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유 인정. 이 사건 처분(납부지연가산세 1,862,428,000원 부과처분) 위법, 취소

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참조: 서울행정법원 2026. 7. 8. 선고 2025구합56355 판결