2026두30111 의료기관 개설자격이 없는 비의료인이 의료법인 명의를 빌려 의료기관을 실질적으로 개설·운영한 경우 해당 의료기관에서 제공된 의료보건 용역에 대한 부가가치세 면제 여부 등이 문제 된 사건

1) 쟁점

실체법적 쟁점

• 비의료인이 의료법인 명의를 빌려 사무장병원을 실질 운영한 경우, 해당 의료기관에서 제공된 의료보건 용역이 구 부가가치세법상 면제 대상에 해당하는지 여부
• 국민건강보험공단의 부당이득징수처분이 이루어진 요양급여비용을 부가가치세 과세표준에서 제외할 수 있는지 여부
• 실질과세 원칙에 따라 법인세·부가가치세 과세대상이 실질 운영자(소외인)에게 귀속된 것으로 볼 수 있는지 여부

소송법적 쟁점

• 부가가치세 부과처분에 적용되는 부과제척기간(5년·7년·10년)의 구별 — 원고의 행위가 '사기나 그 밖의 부정한 행위'에 해당하는지 여부

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2) 사실관계

• 원고(의료법인 ○○의료재단)는 충남 소재 △△요양병원(이하 '이 사건 요양병원')을 개설·운영하는 의료법인임.
• 비의료인 소외인은 2008. 6. 초순경 이 사건 요양병원 운영권 일체를 포괄 양수하여, 원고 이사장 또는 처남을 이사장으로 내세우는 방식으로 2017. 11.경까지 실질 운영함.
• 소외인은 의사를 고용하여 환자를 진료하게 하였고, 국민건강보험공단으로부터 2008. 8. 26.부터 2017. 11. 2.까지 113회에 걸쳐 요양급여비 합계 13,650,224,150원을 지급받음.
• 국민건강보험공단은 2018. 12. 10. 구 의료법 제33조 제2항 위반(무자격자 의료기관 개설)을 이유로 원고에 대해 부당이득징수처분을 하였고, 이후 재량준칙 개정에 따라 2024. 1. 16. 원고 부담액을 6,652,157,840원으로 감경함(소외인 분은 6,845,927,060원).
• 대전지방국세청은 2011~2019 사업연도 법인세통합조사를 실시하여, 원고가 부가가치세 면제를 적용하여 부가가치세 3,292,233,564원을 포탈하고 소외인이 변칙 회계처리로 법인세 776,338,378원을 포탈하였다고 피고에게 통보함.
• 피고(대전세무서장)는 2021. 7. 22.~2021. 9. 6. 원고에 대해 법인세 및 부가가치세(각 가산세 포함)를 결정·고지함(이후 법인세 667,343,261원은 직권 감액).
• 원심(대전고등법원 2025. 12. 9. 선고 2024누12151 판결): 부가가치세 부분 중 7년 부과제척기간 경과 후 이루어진 처분 취소, 나머지 처분은 적법 판단.
• 원고·피고 각 일부 불복하여 상고.

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3) 적용법령 및 판례요지

적용법령

조문	요지
구 부가가치세법 제26조 제1항 제5호	의료보건 용역(대통령령으로 정하는 것)을 부가가치세 면제 대상으로 규정
구 부가가치세법 시행령 제35조 제1호	면제 대상 의료보건 용역 = 의료법에 따른 의사 등이 제공하는 용역 (의료기관을 개설한 자가 제공하는 것 포함)
구 의료법 제33조 제2항, 제87조	의료기관 개설자격을 의사·의료법인 등으로 한정, 무자격자 개설 엄격 금지
구 국민건강보험법 제57조 제1항	부당한 방법으로 보험급여비용을 받은 요양기관에 대해 전부 또는 일부 징수 가능 (재량행위)
국세기본법 제14조 제1항	실질과세의 원칙 — 귀속명의와 달리 실질 귀속자가 있으면 실질 귀속자를 납세의무자로 삼음
구 국세기본법 제26조의2 제1항	부과제척기간: 원칙 5년, 무신고 7년, 사기 기타 부정한 행위 10년

판례요지

① 부가가치세 면제 대상 의료보건 용역의 범위

• 면제 대상 의료보건 용역은 '의료법에 따른 의사 등이 공급의 주체가 되어 의료법의 규정에 따라 제공하는 의료보건 용역'을 의미함(대법원 2013. 5. 9. 선고 2011두5834 판결 참조).
• 의료법에 따른 의사 등이 아닌 사람이 의사 등을 고용하여 제공하는 의료보건 용역은 면제 대상에 해당하지 않음.

② 부당이득징수처분을 받은 요양급여비용의 과세표준 제외 여부

• 구 국민건강보험법 제57조 제1항에 따른 부당이득징수처분은 당초 의료보건 용역 공급 거래 이후에 별도로 이루어지는 제재처분임.
• 징수금액은 공단의 재량에 의해 결정되고, 해당 처분 및 그에 따른 납부로 인하여 부가가치세 과세대상인 '의료보건 용역 공급 거래'의 효력이 소급하여 상실되거나 공급가액이 감축된다고 평가할 수 없음.
• 따라서 부당이득징수처분이 이루어지더라도, 부당이득징수금이 실제로 납부되었더라도, 특별한 사정이 없는 한 해당 요양급여비용을 부가가치세 과세표준에서 제외할 수 없음.

③ 실질과세의 원칙

• 귀속명의자가 지배·관리 능력이 없고, 명의자에 대한 지배권 등을 통해 실질적으로 지배·관리하는 자가 따로 있으며, 명의와 실질의 괴리가 조세 회피 목적에서 비롯된 경우에 한하여 실질 귀속자를 납세의무자로 삼음(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 참조).

④ '사기나 그 밖의 부정한 행위'와 부과제척기간

• '사기나 그 밖의 부정한 행위'는 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적 행위를 의미함.
• 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상 신고를 하지 않거나 허위 신고에 그치는 것은 이에 해당하지 않음(대법원 2013. 12. 12. 선고 2013두7667 판결 참조).

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4) 적용 및 결론

쟁점 ① 의료보건 용역의 부가가치세 면제 대상 해당 여부

• 법리: 면제 대상 의료보건 용역은 의사 등이 공급 주체가 되어 의료법에 따라 제공하는 용역이어야 함.
• 포섭: 이 사건 요양병원은 의료법인인 원고 명의로 개설되었으나, 비의료인인 소외인이 실질적으로 개설·운영하고 의사를 고용하여 진료하게 함 → 공급 주체가 '의료법에 따른 의사 등'이 아님 → 면제 대상에 해당하지 않음.
• 증거: 소외인이 2008. 6. 초순경 운영권 일체를 포괄 양수하고 이사장을 내세워 실질 운영한 사실, 의사 고용 후 요양급여비 수령 사실(원심이 적법하게 채택·조사한 증거에 의해 인정).
• 결론: 원고의 상고이유(요양급여비용 지급결정의 공정력 포함) 배척, 원심 판단 유지.

쟁점 ② 부당이득징수처분 대상 요양급여비용의 과세표준 제외 여부

• 법리: 부당이득징수처분은 별도의 제재처분으로 공급 거래 효력을 소급 소멸시키거나 공급가액을 감축시키지 않음 → 과세표준 제외 불가.
• 포섭: 원고가 국민건강보험공단으로부터 부당이득징수처분을 받았으나, 원고가 해당 부당이득징수금을 납부하지 않아 경제적 이익을 향수하고 있으므로 과세표준에서 제외할 수 없음. 나아가 납부 여부와 무관하게 과세표준 제외 불가.
• 증거: 원고가 부당이득징수금을 납부하지 않은 사실(기록상 인정).
• 결론: 원심의 결론 정당(이유 설시 일부 부적절하나 결론 유지).

쟁점 ③ 실질과세 원칙 위반 여부

• 법리: 귀속명의자와 실질 지배·관리자가 다르고, 그 괴리가 조세 회피 목적에서 비롯된 경우에 한해 실질 귀속자를 납세의무자로 삼음.
• 포섭: 소외인이 상당 기간 원고의 운영수익 등을 부당하게 유출한 사정만으로는, 법인세·부가가치세 과세대상(원고의 소득·수익·재산·거래)이 소외인에게 실질적으로 귀속되었다고 볼 수 없음.
• 결론: 원고의 실질과세 원칙 위반 주장 배척.

쟁점 ④ 부가가치세 부과제척기간 (피고 상고이유)

• 법리: '사기나 그 밖의 부정한 행위'는 단순 무신고·허위신고를 넘어 조세 부과·징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위이어야 함 → 10년 제척기간 적용.
• 포섭: 원고는 적법하게 개설된 의료기관인 것처럼 부가가치세를 신고하지 않았을 뿐, 부가가치세 면제를 위해 회계장부를 조작하는 등 적극적 행위를 하였다고 볼 수 없음 → 10년 제척기간 적용 불가.
• 결론: 이 사건 처분 중 7년 부과제척기간(무신고) 경과 후 이루어진 부가가치세 부분 위법, 취소. 피고의 상고이유 배척.

최종 결론: 원고·피고의 상고 모두 기각.

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참조: 대법원 2026. 7. 16. 선고 2026두30111 판결