2025구합56220 종합소득세부과처분취소

1) 쟁점

실체법적 쟁점

• 농업회사법인의 수입 농산물 유통·판매 소득이 구 조세특례제한법 시행령 제65조 제3항, 제2항 제3호 소정 '농어업경영체법 제19조 제1항에 따른 농산물 유통·가공·판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득'에 해당하여 배당소득 분리과세 특례 대상인지 여부
• 이 사건 특례 규정의 '농산물'이 국산 농산물에 한정되는지 여부

소송법적 쟁점

• 2024. 2. 29. 개정 시행령의 단서규정(수입 농산물 유통·판매 소득 제외)이 기존 특례 범위를 명확히 한 확인적 규정인지, 아니면 특례 대상을 축소하는 창설적 규정인지 여부 및 소급적용 가부

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2) 사실관계

• 이 사건 법인(주식회사 농업회사법인 D)은 농어업경영체법 제19조 제1항에 따라 2014년 설립된 농업회사법인으로, 국산·수입 농산물을 혼용하여 유통·판매함
• 원고들(A 37.27%, B 42.73%, C 20%)은 이 사건 법인의 주주로서, 2021~2022년 귀속 배당소득 중 수입 농산물 유통·판매 소득에서 발생한 부분을 구 조세특례제한법 시행령 제65조 제3항, 제2항 제3호에 따른 분리과세 특례 대상으로 보아 종합소득과세표준에 합산하지 않고 분리과세로 소득세를 신고함
• 서울지방국세청장은 2024. 6. 5. ~ 2024. 8. 17. 원고 C에 대한 2020~2022년 귀속 개인통합세무조사 실시 후, '수입 농산물의 유통·판매 소득은 분리과세 특례 적용대상에 포함되지 않으므로 종합소득세 합산과세 대상'이라 통지함
• 피고(삼성세무서장)는 위 조사 취지에 따라 수입 농산물 유통·판매 소득 해당 배당소득을 합산과세하여 원고 A에게 2021년 귀속 35,636,410원 및 2022년 귀속 70,536,830원, 원고 B에게 2021년 귀속 73,014,530원 및 2022년 귀속 91,992,930원, 원고 C에게 2021년 귀속 44,090,350원 및 2022년 귀속 50,273,120원을 각 경정·고지함(이 사건 처분)
• 원고들은 2025. 3. 18. 조세심판청구를 하였으나 조세심판원은 2025. 9. 4. 기각하였고, 그 심판결정문이 2025. 9. 8.경 원고들에게 송달됨

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3) 적용법령 및 판례요지

적용법령

조문	요지
구 조세특례제한법(개정 전) 제68조 제4항	농업회사법인 출자 거주자의 배당소득 중 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에서 발생한 배당소득은 종합소득과세표준에 합산하지 아니함
구 조세특례제한법 시행령(2024. 2. 29. 개정 전) 제65조 제2항 제3호	농어업경영체법 제19조 제1항에 따른 농산물 유통·가공·판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득을 법인세 감경 특례 대상으로 규정 (원산지 요건 없음)
구 조세특례제한법 시행령(2024. 2. 29. 개정 전) 제65조 제3항	제2항 각 호의 소득 및 식량작물재배업 외의 작물재배업 소득을 배당소득 분리과세 특례 대상 소득으로 규정
조세특례제한법 시행령(2024. 2. 29. 개정) 제65조 제2항 제3호 단서	수입 농산물의 유통 및 판매에서 발생하는 소득을 특례 대상에서 명시적으로 제외
농어업경영체법 제19조 제1항	농산물의 유통·가공·판매를 기업적으로 하려는 자 등이 농업회사법인을 설립할 수 있음
농업·농촌 및 식품산업 기본법 제3조, 제23조, 제60조	농산물의 정의에 원산지 제한 없음; 수입 농산물 포함을 전제로 한 정책 규정 존재
소득세법 제14조 제2항	종합소득과세표준 합산 규정

판례요지

• 조세법률주의 원칙상 조세감면요건도 법문대로 엄격 해석하여야 하고, 합리적 이유 없는 확장 또는 유추해석은 허용되지 않음(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결, 대법원 2025. 11. 20. 선고 2025두33911 판결 참조)
• 이 사건 특례 규정은 '농산물'의 원산지 요건을 별도로 규정하지 않으므로, '농산물'을 '국산 농산물'로 한정하는 해석은 축소해석에 해당하여 불허됨
• 2024. 2. 29. 개정으로 신설된 단서(수입 농산물 유통·판매 제외)는 수입 농산물의 ① 유통, ③ 판매만을 제외하고 ② 가공은 제외하지 않았는데, 만일 단서가 확인적 규정이라면 수입 농산물의 유통·가공·판매 전부를 제외하는 것이 합리적임에도 그렇게 하지 않았으므로, 개정 규정은 특례 대상을 축소하는 창설적 규정임
• 창설적 규정인 개정 규정은 부칙에 따라 공포일(2024. 2. 29.)부터 시행되므로, 그 이전 귀속 배당소득(2021년, 2022년)에는 적용 불가
• 기획재정부 보도자료 등이 개정 이유를 '명확화'로 기재하더라도, 특례 규정과 개정 규정의 문언에 비추어 확인적 규정이라 단정할 수 없음
• 농업식품기본법상 '농산물' 정의에도 수입 농산물 배제 근거 없고, 오히려 동법 제23조, 제60조는 수입 농산물 포함을 전제로 함
• 입법자가 국산 농산물 생산과 직접 관련되는 식량작물재배업 및 기타 작물재배업 소득에 더 강한 세제혜택을 부여하고, 농산물 유통·판매 소득에는 낮은 세제혜택을 부여한 체계에서도, '농산물'이 반드시 국산 농산물에 한정된다고 볼 수 없음

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4) 적용 및 결론

쟁점 ① '농산물'의 원산지 제한 여부

• 법리: 조세감면요건도 법문대로 엄격 해석하여야 하며, 합리적 이유 없는 축소해석 불허
• 포섭: 이 사건 특례 규정(구 조세특례제한법 시행령 제65조 제2항 제3호)은 '농산물'의 원산지 요건을 별도로 규정하지 않음. '농어업경영체법 제19조 제1항에 따른'이라는 문구는 소득을 올리는 주체를 농어업경영체법상 설립된 농업회사법인으로 특정한 것일 뿐, 농산물을 국산으로 한정하는 근거가 아님. 농업식품기본법상 '농산물'의 정의에도 원산지 제한 없고, 동법 제23조·제60조는 수입 농산물 포함을 전제로 규정함
• 증거: 관계 법령(구 조세특례제한법 시행령 제65조 제2항 제3호, 농어업경영체법 제19조 제1항, 농업식품기본법 제3조·제23조·제60조)의 문언 및 체계; 농업식품기본법 시행령 제5조 제1항 참조
• 결론: '농산물'을 국산 농산물로 한정하는 해석은 축소해석으로 허용되지 않음. 이 사건 법인의 수입 농산물 유통·판매 소득도 이 사건 특례 규정상 '농산물 유통·가공·판매에서 발생한 소득'에 해당함

쟁점 ② 2024. 2. 29. 개정 단서규정의 성격(확인적 vs. 창설적) 및 소급적용 가부

• 법리: 법령의 개정 규정이 확인적 규정에 불과한지 아니면 특례 대상을 축소하는 창설적 규정인지는 개정 전후 문언의 차이, 법령 체계 등에 비추어 판단하여야 함
• 포섭: 개정 전 이 사건 특례 규정은 농산물 ① 유통, ② 가공, ③ 판매 전부를 특례 대상으로 포함하였는데, 개정 규정은 수입 농산물의 ① 유통, ③ 판매만을 제외하고 ② 가공은 제외하지 않음. 만일 피고 주장과 같이 '농산물'이 종전부터 국산 농산물에 한정되고 개정이 확인적 규정이었다면, 수입 농산물의 유통·가공·판매 전부를 제외하는 것이 합리적이나 그렇게 규정하지 않았으므로, 개정 규정은 수입 농산물 유통·판매 소득을 새롭게 특례 대상에서 제외하는 창설적 규정임. 기획재정부 2023. 7. 27. 세법개정안 보도자료에서도 수입 농산물 유통·판매 소득이 이 사건 특례 규정 대상 소득에 포함된다고 인식하고 '재설계' 대상으로 분류하여 제외하기로 하였음이 나타남. 개정 규정의 개정이유에 '명확화'라고 기재되어 있더라도 문언과 개정 경과에 비추어 확인적 규정으로 단정 불가
• 증거: 기획재정부 2023. 7. 27.자 보도자료 '2023년 세법개정안' 및 '2023년 세법개정안 상세본', 기획재정부 2024. 1. 23.자 보도자료, 2024. 2. 27.자 국무회의 회의록, 개정 규정 개정이유; 조세특례제한법 시행령 부칙(2024. 2. 29. 대통령령 제34263호) 제1조("이 영은 공포한 날부터 시행한다")
• 결론: 개정 규정은 창설적 규정이므로 공포일(2024. 2. 29.) 이전 귀속인 2021년·2022년 배당소득에는 적용 불가. 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 함

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참조: 서울행정법원 2026. 6. 10. 선고 2025구합56220 판결