2025구합53566 취득세 등 부과처분 취소청구

1) 쟁점

실체법적 쟁점

• 법인의 법인등기부상 본점 소재지가 실질적 본점으로 인정되는지 여부
• 구로동 사무실이 원고 법인의 실질적 본점에 해당하는지 여부
• 구 지방세법 제13조 제2항 제1호의 대도시 밖에서 대도시로의 본점 전입 해당 여부 및 전입 이후 5년 이내 부동산 취득에 대한 취득세 중과세율 적용 가부

소송법적 쟁점

• 과세요건사실(본점 전입)에 대한 증명책임의 소재 및 상업등기의 추정력
• 납세의무자가 경험의 법칙 적용 배제를 위한 특별한 사정을 증명하였는지 여부

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2) 사실관계

• 원고는 2010. 8. 11. 설립된 금융 자문 및 컨설팅 법인(대표이사 B이 발행주식 총수 소유하는 1인 회사)
• 원고의 법인등기부상 본점 소재지 변경 경위
  • 2010. 8. 1. ~ 2013. 7. 31.: 서울 마포구 C건물 D호 (대도시 내)
  • 2013. 8. 1. ~ 2014. 11. 20.: 서울 구로구 G건물 H호(산업단지, 이하 '구로동 사무실') — 대도시 밖에 해당
  • 2014. 11. 21. ~ 현재: 서울 마포구 (대도시 내)
• 원고는 2018. 12. 11. 서울 동대문구 소재 부동산(이 사건 부동산) 취득 → 일반세율(4.0%) 적용하여 취득세 등 신고·납부
• 피고는 2022. 12. 8. 원고가 구로동 사무실에서 대도시 내로 본점을 전입한 2014. 11. 21.로부터 5년 이내(2018. 12. 11.)에 이 사건 부동산을 취득하였다는 이유로 중과세율(8.0%) 적용, 취득세 1,127,860,960원(가산세 포함) 및 지방교육세 210,126,160원(가산세 포함) 부과(이 사건 처분)
• 원고 주장: 구로동 사무실은 다른 법인의 휴대폰 창고에 불과하여 인적·물적 설비 미비, 실질적 본점은 대표이사 B의 마포구 주소지이므로 대도시 밖에서 대도시로의 전입이 없었다고 주장

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3) 적용법령 및 판례요지

적용법령

조문	요지
구 지방세법 제13조 제2항 제1호	법인 본점을 대도시 밖에서 대도시로 전입 후 취득하는 부동산에 표준세율의 300%에서 중과기준세율 200%를 뺀 중과세율 적용
구 지방세법 제11조 제1항 제7호 나목	농지 외 부동산 취득 시 표준세율 1,000분의 40(4.0%) 적용
구 지방세법 제6조 제19호	중과기준세율은 1,000분의 20으로 정의
구 지방세법 시행령 제27조 제3항	대도시 전입 이후 5년 이내 취득하는 업무용·비업무용 등 모든 부동산 취득을 중과 대상으로 규정

판례요지

• 상업등기에는 원칙적으로 등기된 사항이 진실하다는 사실상의 추정력이 인정됨
• 세금부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있으나, 경험의 법칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀진 경우에는 납세의무자가 경험의 법칙 적용이 부적절하다거나 특별한 사정이 있다는 점을 증명하지 못하는 한 해당 과세처분이 위법하다고 단정할 수 없음(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결, 대법원 2006. 9. 22. 선고 2006두6383 판결 참조)
• 법인등기부상 본점이 대도시 밖으로 등기되어 있었다면 해당 소재지가 본점이라는 사실상 추정이 발생하고, 납세의무자가 그 추정을 번복하는 특별한 사정을 증명하지 못하면 중과세 처분은 적법함

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4) 적용 및 결론

쟁점 ① 상업등기의 추정력 및 구로동 사무실의 본점 해당 여부

• 법리: 상업등기에는 사실상 추정력이 인정되고, 경험의 법칙상 과세요건사실이 추정되면 납세의무자가 특별한 사정을 증명해야 추정 번복 가능
• 포섭:
  • 원고의 법인등기부상 본점이 2013. 8. 1.부터 2014. 11. 20.까지 대도시 밖에 해당하는 구로동 사무실로 등기되어 있었으므로, 구로동 사무실이 본점이라는 사실상 추정 발생
  • 원고가 2014. 11. 21. 본점을 대도시 밖(구로동 사무실)에서 대도시 내(마포구)로 전입한 것으로 추정되고, 이 사건 부동산 취득일(2018. 12. 11.)은 전입일로부터 5년 이내
• 증거:
  • ➀ 원고는 구로동 사무실에 관하여 임대차계약을 체결하고 2013. 8. 12. 법인등기부상 본점 소재지로 변경등기 완료, 2013. 8. 26. 부가가치세법에 따른 사업장 소재지로 정정신고까지 마침(갑 제12호증, 을 제1 내지 3호증)
  • ➁ 원고는 이후 구로동 사무실을 본점 내지 사업소 소재지로 하여 구로세무서장에게 법인지방소득세, 주민세 균등분 등 신고·납부함
  • ➂ 구로동 사무실을 본점 소재지로 등기한 2013. 8. 1.부터 2014. 11. 20.까지 원고의 매출이 발생하지 않은 것으로 보이는바, 같은 기간 B의 마포구 주소지에서 원고의 사업이 행하여졌다고 볼 만한 객관적인 자료가 없음
  • 원고가 제출한 증거만으로는 구로동 사무실이 원고의 본점에 해당하지 않는다고 인정하기 어려움 — 특별한 사정의 증명 불충분
• 결론: 구로동 사무실이 원고의 본점에 해당하지 않는다는 특별한 사정에 관한 증명이 없으므로, 이 사건 처분은 과세요건을 충족하여 적법함

최종 결론

• 원고의 청구 기각 — 이 사건 처분은 위법하지 않음

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참조: 서울행정법원 2026. 6. 4. 선고 2025구합53566 판결