2025구합52745 법인세부과처분등취소

1) 쟁점

실체법적 쟁점

• (제1쟁점) 출자전환(채권·채무 상계방식)으로 취득한 신주의 취득가액을 시가로 산정해야 하는지 여부, 및 시가와 발행가액의 차액을 익금에 산입할 수 있는지 여부
• (제2쟁점) 자회사 F가 발행한 전환사채를 특수관계인 B가 제3자 배정방식으로 인수·전환권 행사한 경우, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2에 따른 부당행위계산 부인(이익 분여) 적용 가능 여부 및 과세금액 산정의 적법성
• (제3쟁점) 원고가 전환권 행사 가능기간에 전환권을 행사하지 않고 보유한 전환사채가 업무무관 가지급금에 해당하여 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입 대상이 되는지 여부
• (제4쟁점) 원고의 전환사채 발행·투자 관련 자문료에 대한 매입세액이 원고 사업과 관련성 있는지 여부

소송법적 쟁점

• 필요경비·손금 항목의 증명책임 귀속 문제 (제4쟁점 관련)

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2) 사실관계

• 원고: 토목건축 공사업 등을 영위하는 회사로, 2019년경 B 등에 인수되어 C 계열사에 편입됨. B는 원고의 특수관계인
• 원고와 C 계열사인 D은 방송업체 E 인수를 위해 2020. 11. 16. F를 설립(원고 100% 보유). F는 G·H로부터 E 주식을 매수하여 E 최대주주가 됨
• F는 E 주식 매수대금 마련을 위해 원고(62억 원)·D(58억 원)으로부터 차입(계약금)하고, 2021. 2. 25. 전환사채 발행으로 996억 원 조성(잔금). 이 사건 전환사채 인수자: 원고 335억 원, D 136억 원, B 325억 원. 전환가액 1주당 500원, 행사기간은 발행일 다음 날부터
• F는 2021. 3. 26. 유상증자(이 사건 출자전환)를 통해 신주 2,400만 주 발행하면서 원고·D으로부터의 차입금 120억 원을 주금납입채무와 상계. 원고 취득 신주: 1,240만 주(발행가액 500원/주)
• 원고는 취득 신주를 발행가액 500원/주로 회계처리하였으나, 세무조사 결과 시가는 1주당 2,036원(보충적 평가방법 적용)으로 산정됨. 차액 1,536원 × 1,240만 주 = 190억 4,640만 원 익금산입 대상
• B는 2021. 3. 29. 전환권 행사로 F 주식 2,000만 주 취득. 전환 후 F 주식 시가 1주당 944원, 전환가액 500원. B가 얻은 이익: 444원 × 2,000만 주 = 88억 8,000만 원. 원고의 F 주식보유비율(12404/24004) 만큼을 원고가 분여한 이익으로 산정: 약 45억 8,871만 원 익금산입
• 원고는 이 사건 전환사채 중 전환권을 행사하지 않은 부분을 보유. 표면이율 연 3.5%(당좌대출이자율 4.6% 미만). 인정이자 186,849,315원 익금산입, 지급이자 627,956,740원 손금불산입
• 원고는 2019년 ~ 2021년 전환사채 발행 및 투자 관련 자문료 등 합계 1,320,238,000원을 지출하고 매입세액 공제 신청
• 피고는 2023. 12. 1. 2018 ~ 2021 사업연도 법인세 합계 5,889,575,420원, 2019년 1기 ~ 2021년 2기 부가가치세 합계 196,577,510원 경정·고지
• 원고의 조세심판원 심판청구 기각(2024. 10. 31.)

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3) 적용법령 및 판례요지

적용법령

조문	요지
법인세법 제15조 제1항	익금은 자본·출자 납입 및 법 규정 제외 후 순자산을 증가시키는 거래로 발생하는 수익
구 법인세법 시행령 제11조 제10호	법인에 귀속되었거나 귀속될 금액을 수익(익금)의 범위에 포함
구 법인세법 제41조 제1항 제3호	그 밖의 방법으로 취득한 자산의 취득가액은 취득 당시 대통령령으로 정하는 금액
구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제4호의2	채무 출자전환으로 취득한 주식 취득가액 = 취득 당시 시가 (단, 시행령 제15조 제1항 각호 요건 충족 시 채권 장부가액)
법인세법 제52조 제1항	특수관계인 거래로 조세부담을 부당하게 감소시킨 경우 부당행위계산 부인
구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2	전환사채 등에 의한 주식 전환·인수·교환 등 자본거래를 통한 이익 분여를 부당행위계산 유형으로 규정
구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호	금전 등을 시가보다 낮은 이율로 대부·제공하는 행위를 부당행위계산 유형으로 규정
법인세법 제28조 제1항 제4호 나목, 구 법인세법 시행령 제53조 제1항	특수관계인에게 업무 무관 지급한 가지급금 등에 상당하는 차입금 이자의 손금불산입
구 부가가치세법 제38조 제1항, 제39조 제1항 제4호	매입세액 공제는 자기 사업 관련성 있는 경우에만 허용; 사업과 직접 관련 없는 지출의 매입세액 불공제
상증세법 제40조 제1항 제2호 다목, 구 상증세법 시행령 제30조 제1항 제2호	전환사채를 발행법인 최대주주의 특수관계인이 인수 후 전환권 행사 시 주식가액이 전환가액 초과로 얻은 이익의 계산 방법

판례요지

• 제1쟁점: 원고는 출자전환(상계방식)으로 대여금채권 62억 원을 소멸시키고, 그 대가로 시가 252억 4,640만 원의 신주를 취득함. 차액 약 190억 4,640만 원은 순자산 증가에 해당하므로 법인세법 제15조 제1항, 구 법인세법 시행령 제11조 제10호의 익금에 해당함. F는 구 법인세법 시행령 제15조 제1항 각호 요건 미충족이므로 신주 취득가액은 시가인 1주당 2,036원으로 산정. 상계방식 출자전환에 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제4호의2 적용을 배제할 이유 없음
• 제2쟁점: 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2는 '제8호 외의 경우로서' 자본거래를 통한 이익 분여를 포괄 규율하는 조항으로, 전환사채를 제3자 배정방식으로 발행한 경우도 적용됨. F의 전환사채 전환권 행사가액(500원)과 주식 시가(약 9,220,520원)의 현저한 차이, 전환권 행사기간이 발행 다음 날부터임에도 B에게 인수기회를 부여한 것은 경제적 합리성을 결한 비정상적 거래임. B가 취득한 이익 8,880,000,000원에 원고의 F 주식보유비율을 곱한 4,588,715,215원이 원고의 익금 산입액임
• 제3쟁점: 이 사건 전환사채 인수는 실질적으로 자회사 F에 대한 금전 대여에 해당함. 원고(토목건축업)가 F(영화제작 목적회사)의 E 인수 자금 마련을 위해 발행한 전환사채를 인수한 것은 원고의 목적사업과 무관함. 전환권 행사기간 도래 후에도 표면이율 연 3.5%(당좌대출이자율 4.6% 미만)로 보유 지속한 행위는 경제적 합리성 결여. 만기이자율(연 5%)이 당좌대출이자율을 초과하더라도 만기이자율은 가정적 수익률에 불과하므로 부당행위계산 부인을 배제하는 사유가 되지 않음
• 제4쟁점: 이 사건 매입세액은 원고가 F가 발행한 전환사채 인수를 위한 자금조달 목적으로 발행한 전환사채 관련 자문료 등임. 위 전환사채 인수가 원고 사업과 무관하므로 관련 매입세액도 사업 관련성 없음. 원고는 제2·5회차 전환사채가 별도 목적이라고 주장하나, 이에 대한 증거를 제출하지 않음. 납세의무자에게 유리한 손금·필요경비 사항은 납세의무자가 그 기초사실을 지배영역 내에 있는 경우 증명책임이 납세의무자에게 돌아올 수 있음

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4) 적용 및 결론

제1쟁점 — 출자전환 신주 익금산입

• 법리: 채무 출자전환으로 취득한 주식의 취득가액은 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제4호의2에 의해 원칙적으로 취득 당시 시가. 법인세법 제15조 제1항, 구 법인세법 시행령 제11조 제10호에 따라 순자산 증가는 익금에 해당
• 포섭: 원고가 F에 대한 대여금채권 62억 원을 주금납입채무와 상계하여 이 사건 신주 1,240만 주를 취득. F는 구 법인세법 시행령 제15조 제1항 각호(회생계획인가·기업구조조정촉진법·금융회사 협약·기업활력법 요건) 미충족이므로 예외 적용 불가. 신주 1주당 시가 2,036원 × 1,240만 주 = 252억 4,640만 원에서 소멸한 채권 62억 원을 차감하면 190억 4,640만 원 순자산 증가. 상계방식 현물출자도 동 조항 적용 범위에 해당
• 증거: 갑 제1 내지 9호증, 을 제1, 2, 5호증, 변론 전체 취지. 상증세법 보충적 평가방법(비상장주식)으로 구주 1주당 9,220,520원 산정, 이를 기초로 신주 1주당 2,036원 도출
• 결론: 차액 19,046,400,000원(= 1,536원 × 1,240만 주)을 익금 산입한 피고 처분 적법. 원고 주장 기각

제2쟁점 — 전환사채 전환권 행사에 따른 이익 분여

• 법리: 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2는 제8호의 보완 규정으로 자본거래를 통한 이익 분여를 포괄적으로 규율. 상증세법 제40조 제1항 제2호에 따라 전환권 행사 시 주식가액이 전환가액을 초과하여 얻은 이익도 포함. 제3자 배정방식 신주발행도 구주주의 지분가치 희석 면에서 실질이 동일함
• 포섭: F의 전환사채 발행 당시 주식 시가(약 9,220,520원)와 전환가액(500원)의 현저한 차이, 전환권 행사기간이 발행 다음 날부터 설정됨. 원고·D이 자금조달능력이 있었음에도(원고 2020년말 유동자산 약 388억 원) B에게 인수기회를 부여하여 B가 전환권 행사 시 막대한 이익 취득. 이는 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 거래임. 원고의 F 주식보유비율(12404/24004)에 따른 이익 분여액 4,588,715,215원(= 88억 8,000만 원 × 12404/24004) 익금산입. B가 전환사채 인수 당시 이익이 없다고 보아 별도 과세하지 않았으므로 공제할 금액 없음
• 증거: 을 제11호증, 변론 전체 취지. 구 상증세법 시행령 제30조 제1항 제2호에 따른 계산: 주식전환 후 순자산가액 76,544,449,273원 ÷ 전환 후 총 주식수 81,004,000주 = 1주당 944원
• 결론: 4,588,715,215원 익금산입 처분 적법. 원고의 ① 제3자 인수방식 비과세 주장, ② 인수 당시 이익 미차감 주장, ③ 시가 오류 주장, ④ 원고·D 전환권 미행사와의 인과관계 부재 주장 모두 기각

제3쟁점 — 업무무관 가지급금 인정이자 익금산입 및 지급이자 손금불산입

• 법리: 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호에 따라 시가보다 낮은 이율로 금전을 대부·제공한 경우 부당행위계산 부인 대상. 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목, 구 법인세법 시행령 제53조 제1항에 따라 업무 무관 가지급금은 업무와 직접 관련성이 목적사업·영업내용 기준으로 객관적으로 판단됨
• 포섭: 이 사건 전환사채 인수는 실질적으로 자회사 F에 대한 금전 대여임(E 주식 취득 주체는 F이지 원고가 아님). 원고는 토목건축 공사업 영위회사로, F(영화제작 목적)의 E 인수 자금 조달을 위한 전환사채 인수는 원고 목적사업과 무관. 원고의 법인등기부상 목적사업에 자회사 자금·업무지원사업 미기재. 2019. 3. 25. 영상물 제작 등 목적 추가 후에도 2025년 말까지 실제 영위하지 않음. F는 같은 날 동일 조건에서 표면이율 연 10%, 만기이율 연 12%로 제3자(I컴퍼니)에게 전환사채 발행. 원고 인수분 표면이율 연 3.5%는 당좌대출이자율 4.6% 미달. 전환권 행사기간이 도래하였음에도 전환권을 행사하지 않고 보유 지속한 것은 경제적 합리성 결여
• 증거: 을 제13호증, 변론 전체 취지
• 결론: 인정이자 186,849,315원 익금산입, 지급이자 627,956,740원 손금불산입 처분 적법. 만기이율(연 5%)이 당좌대출이자율 초과라는 원고 주장 — 만기이율은 가정적 수익률에 불과하여 부당행위계산 부인 배제 사유 안 됨. 원고 주장 기각

제4쟁점 — 매입세액 불공제

• 법리: 구 부가가치세법 제38조 제1항은 '자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용할' 재화·용역에 한해 매입세액 공제. 제39조 제1항 제4호는 사업과 직접 관련 없는 지출의 매입세액 불공제. 사업 관련성은 지출 목적·경위·사업 내용에 비추어 개별적으로 판단(대법원 2010두12552)
• 포섭: 이 사건 매입세액은 대부분 F 발행 전환사채 인수를 위한 원고의 자금조달용 전환사채 발행 관련 자문료 등으로, 앞서 확인된 바와 같이 원고의 업무와 관련 없음. 제2·5회차 전환사채가 별도 목적(펀드 투자·Y 인수)에 사용되었다는 원고 주장에 대해 아무런 증거 미제출
• 증거: 갑 제14 내지 19호증, 을 제10호증, 변론 전체 취지. 납세의무자 지배영역 내 사실이므로 원고가 증명책임 부담하나 미이행(대법원 2010두4599)
• 결론: 이 사건 매입세액 불공제(부가가치세 합계 196,577,510원 처분) 적법. 원고 주장 기각

최종 결론

원고의 청구를 모두 기각. 소송비용 원고 부담

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참조: 서울행정법원 2026. 7. 10. 선고 2025구합52745 판결