2024구합66679 법인세등부과처분취소

1) 쟁점

소송법적 쟁점

• 전심절차에서 다투지 않은 부분에 대한 소 적법 여부 (본안전항변)

실체법적 쟁점

• 제1차 세무조사 당시 2014 사업연도에 대한 조사행위가 있었는지 여부 → 제2차 세무조사가 중복(재)조사에 해당하는지 여부
• 제2차 세무조사 종결 전 2014 사업연도 세무조사 결과를 부분 통지한 것이 국세기본법 제81조의12 위반인지 여부
• 부과제척기간 만료일 임박을 이유로 과세예고통지·과세전적부심사 기회 미부여가 절차적 위법인지 여부
• 이 사건 상표권의 감정평가 방법(로열티 면제법) 적정성 및 부가가치세 부과처분의 위법 여부

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2) 사실관계

• 주식회사 B은 2018. 9. 3. 분할존속회사인 원고(지주회사, C그룹 소속)와 분할신설회사인 주식회사 B으로 분할됨
• 제1차 세무조사: 조사청(서울지방국세청장)이 2016. 2. 1. ~ 2016. 4. 22. 원고의 2011~2013 사업연도 법인통합조사 실시
  • 이전가격 관련: 2011~2013 사업연도의 정상가격 산정 과정에서 비교 목적으로 2010·2014 사업연도 자료 일부 제출받음; 다만 원고 수출1팀장·회계팀과장의 진술은 2009~2013 사업연도 이전가격에 국한됨, 2014 사업연도에 대한 질문·답변 없음
  • 상표권 관련: 재경담당이사 K이 상표권 사용현황·사용료 등 조사를 받았으나 2014 사업연도 상표권 사용료를 특정한 문답·추가 자료제출 요구 없었음; 이 사건 감정평가서(기준시점 2014. 7. 21., 감정평가사 작성)가 언급되었으나 실질 조사행위 없음
  • 베트남 현지법인 파견직원 인건비 관련: 2016. 3. 22. 조사대상을 '2010·2014 사업연도, 인건비 항목'으로 조사 범위 확대(유형전환) 통지; 이후 조사청이 먼저 자료를 요구하거나 질문한 자료 없고 원고가 자발적으로 세액 계산 협조 요청한 것으로 보임
  • 원고는 제1차 세무조사 이후 2014·2015 사업연도 법인세 과세표준 수정신고(베트남 인건비 항목 포함)
• 제2차 세무조사: 조사청이 2019. 11. 6. ~ 2020. 3. 31. 원고의 2014~2018 사업연도 법인통합조사 실시
  • 계기: 공정거래위원회 의결서 중 '세금계산서 돌리기' 기재 확인 → 2014년 2기분 부가가치세 별도 조사 후(2019. 7.~10.) 법인통합조사 실시
  • 조사항목: E 재화 관련 이전가격 소득조정, 상표권 사용료 미수취(국내·국외), 기술사용료 미수취(베트남), 가공세금계산서 원가 과다계상, 법률비용 등 현지법인 부담비용, 주식배당 익금 누락 등
  • 2020. 3. 26. 2014 사업연도 법인세 조사종결 전 부분결과 통지
• 이 사건 상표권 양도계약: 원고가 2016. 12. 12. D에 국내 상표 56개·해외 상표 22개 지분 50%를 양도, 대가 3,340,000,000원
• 감정평가: 감정평가법인 H이 기준시점 2017. 1. 1. 기준으로 이 사건 상표권 등을 감정평가 → 이를 시가로 보아 부당행위계산 부인 및 부가가치세 증액경정
• 처분: 피고(마포세무서장)가
  • 2020. 3. 27. 2014 사업연도 법인세 8,782,491,980원(가산세 포함) 부과
  • 2020. 4. 21. 2016년 2기분 부가가치세 508,452,540원(가산세 포함) 부과
  • 부과제척기간 만료일(2020. 3. 31.) 임박을 이유로 과세예고통지·과세전적부심사 기회 미부여

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3) 적용법령 및 판례요지

적용법령

조문	요지
구 국세기본법 제81조의4 제2항	예외적 사유 없는 한 동일 세목·과세기간 재조사 금지
구 국세기본법 제81조의9	구체적 탈루혐의가 여러 과세기간·세목에 관련되는 경우 등이 아니면 조사 진행 중 범위 확대 금지; 확대 시 사유·범위 문서 통지 의무
구 국세기본법 제81조의12 제1항	세무조사 종결 후 20일 이내 납세자에게 조사결과 서면 통지 의무
구 국세기본법 제81조의15 제1항·제3항 제3호	과세예고통지 의무; 통지일부터 부과제척기간 만료일까지 3개월 이하인 경우 과세전적부심사 적용 제외
구 국제조세조정에 관한 법률 제5조 제1항 / 시행령 제6조 제9항	정상가격 산출은 가장 합리적인 방법 적용; 여러 해 영향이 있으면 복수 사업연도 자료 사용 가능
구 법인세법 제52조 제1·2항	특수관계인과의 거래로 조세부담 부당 감소 시 부당행위계산 부인; 시가 기준 적용
구 법인세법 시행령 제89조 제2항	시가 불분명 시 감정평가법인이 감정한 가액을 시가로 봄 (감정평가사 작성 감정서 제외)
구 부가가치세법 제29조 제4항 제1호	특수관계인에게 부당하게 낮은 대가로 재화 공급 시 시가를 과세표준으로 봄
감정평가 및 감정평가에 관한 규칙 제23조 제3항 / 감정평가 실무기준 4.3.1·4.3.2	상표권(지식재산권) 감정평가 시 수익환원법 원칙 적용; 현금흐름 현재가치 환원 등

판례요지

• 세무조사 해당성 판단기준(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 참조)

  • 세무조사 = 과세표준·세액 결정·경정 위해 질문하거나 장부 등 검사·조사하는 일체 행위
  • 단순 사실관계 확인·간단한 질문조사에 그쳐 납세자가 손쉽게 응답할 수 있거나 영업의 자유에 큰 영향 없는 경우 → 원칙적으로 재조사 금지 세무조사에 해당하지 않음
  • 실질적으로 과세표준·세액 결정·경정 목적으로 납세자를 직접 접촉하여 상당 기간 질문하거나 일정 기간 장부·서류 검사 시 → 특별한 사정 없는 한 재조사 금지 세무조사에 해당
  • 판단 요소: 조사 목적·실시경위, 질문조사 대상·방법·내용, 획득 자료, 조사 규모·기간 등 종합 고려

• 부분 세무조사와 재조사 금지(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062 판결 참조)

  • 조사 범위 확대로 특정 항목만 부분 조사한 경우 → 나머지 항목은 향후 다시 조사해도 재조사 금지에 해당하지 않음 (단, 당초 조사 시 전 항목 조사가 무리였다는 특별한 사정이 있는 경우에 한함)

• 과세예고통지 및 과세전적부심사 생략의 정당한 사유(대법원 2025. 2. 13. 선고 2023두41659 판결, 대법원 2025. 6. 5. 선고 2025두33014 판결 참조)

  • 과세예고통지는 부과제척기간 3개월 이하 경우에도 생략 불가(관세법과 달리 명문 생략 규정 없음); 예외적으로 과세관청의 귀책 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간 만료일이 임박하게 되었고 과세예고통지 없이 처분에 나아간 데 정당한 사유가 있는 경우에 한하여 위법 평가 배제
  • 과세전적부심사 생략도 마찬가지로 과세관청 귀책 없는 부득이한 사정 + 정당한 사유 존재 시 예외 인정; 정당한 사유 증명책임은 과세관청

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4) 적용 및 결론

① 본안전항변 — 전심절차에서 다투지 않은 부분의 소 적법 여부

• 법리: 하나의 행정처분에 대하여 일부 금액만 전심절차에서 불복하였더라도, 동일 처분 범위 내에서 청구 금액을 확장하는 것은 전심절차에서의 주장과 이 사건 소의 주장이 전혀 별개가 아닌 이상 부적법하지 않음
• 포섭: 원고가 동일한 법인세 부과처분에 대해 전심절차에서 불복한 금액보다 큰 금액의 취소를 구하는 것은 동일 처분의 범위 내
• 결론: 피고의 본안전항변 기각, 소 전부 적법

② 중복 세무조사 해당 여부

[이전가격 관련]

• 법리: 세무조사는 과세표준·세액 결정·경정 목적으로 질문하거나 장부 등을 검사·조사하는 행위; 단순 사실관계 확인은 재조사 금지 세무조사 아님
• 포섭: 제1차 세무조사 시 2014 사업연도 이전가격 자료를 일부 제출받은 것은, 정상가격 산출 시 여러 사업연도 자료 사용을 허용하는 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제6조 제9항에 따라 2011~2013 사업연도 정상가격 산출을 위해 참고한 것으로 볼 수 있음; 원고 역시 의견서 제출 시 2008~2015년 자료를 스스로 제시함
• 증거: 원고 수출1팀장·회계팀과장 I·J의 2016. 3. 30. 진술(갑 제13호증 등)에 2014 사업연도 이전가격에 관한 질문·답변 일체 없음; 갑 제17호증에 의해 피고가 이전가격 분석 목적으로 2014 사업연도 E 감사보고서 및 이전가격보고서를 요청한 사실은 인정되나, 이는 2011~2013 사업연도 정상가격 비교 목적으로 봄
• 결론: 제1차 세무조사 당시 2014 사업연도 법인세 부과처분 목적의 조사행위 없음

[상표권 관련]

• 법리: 같은 세무조사 판단기준 적용; 감정평가사가 작성한 감정서는 구 법인세법 시행령 제89조 제2항의 시가 산정 근거(감정평가법인 감정가액) 해당 불가
• 포섭: K에 대한 상표권 조사 시 2014 사업연도 상표권 사용료를 특정한 문답·추가 자료제출 요구 없었음; 이 사건 감정평가서는 감정평가법인이 아닌 감정평가사가 작성한 것이어서 시가 산정 근거가 될 수 없으므로, 이를 제출받았다는 사정만으로 2014 사업연도 법인세 조사를 하였다고 볼 수 없음
• 증거: K의 제2차 세무조사 진술(갑 제12호증 등) — "상표권 가치가 불분명하여 조사팀에서 평가자료가 있다면 제출해 달라고 요청했던 것으로 기억한다"는 취지, 조사청이 적극적으로 2014 사업연도 상표권 사용료를 추궁한 사실 없음
• 결론: 제1차 세무조사 당시 2014 사업연도 상표권 관련 실질적 조사행위 없음

[베트남 현지법인 파견직원 인건비 관련]

• 법리: 당초 세무조사 시 특정 항목만 부분 조사한 경우, 나머지 항목에 대해 재조사는 구 국세기본법 제81조의4 제2항 금지 재조사에 해당하지 않음 (특별한 사정 존재 시)
• 포섭: 제1차 세무조사 당시 조사청이 스스로 '베트남 현지법인 파견직원 인건비' 항목에 한해 2014 사업연도 조사 범위 확대 통지를 하였으므로 해당 항목에 대한 부분 세무조사를 하였다고 볼 수 있음. 그러나 ① 2011~2013 사업연도 조사항목에 '해외현지법인 부담 인건비 손금불산입'이 포함되어 있어 동일한 잘못이 다음 사업연도로 연결되므로 원고에 자발적 수정신고 유인이 있었던 점, ② 실제로 조사청이 먼저 2014 사업연도 관련 자료를 요구하거나 질문하였다는 자료가 없고 원고가 세액 계산 협조를 요청한 것으로 보이는 점(이메일 교신 기재), ③ 같은 종류 잘못이 반복되는 경우 조사대상 한정·내용 단순하여 납세자 부담이 크지 않으며 다른 사업연도 전반 조사로 확대 기대하기 어려운 점 등의 특별한 사정이 인정됨
• 증거: 조사청의 조사 범위 확대 통지서(갑 제10호증), 원고 회계팀과장 J와 조사청 L 조사관 사이의 이메일(갑 제11호증 등), 원고의 수정신고 내역(갑 제9호증 등)
• 결론: 인건비 항목에 국한한 부분 조사이고, 제2차 세무조사는 나머지 항목에 대한 것이므로 금지된 재조사에 해당하지 않음
• 부가판단(국세기본법 제81조의9 위반 주장): 조사청이 확대 통지서 교부 전 2014 사업연도 베트남 인건비 세무조사를 하였다고 볼 자료 없으므로 이 부분 주장도 이유 없음

③ 제2차 세무조사 종결 전 부분결과 통지의 위법 여부

• 법리: 국세기본법 제81조의12 제1항은 세무조사 종결 후 20일 이내 결과 통지 의무를 규정하나, 같은 법 제81조의8 제8항은 조사기간 종료 전 조기 종결 허용
• 포섭: 부과제척기간 만료일(2020. 3. 31.)이 임박하여 2014 사업연도 부분을 조기 종결하고 2020. 3. 26. 부분결과 통지를 한 것으로 보임; 부분 통지 이후 2014 사업연도 법인세 조사가 이루어졌다고 볼 자료 없음
• 증거: 갑 제4호증 기재(부분결과 통지 사실)
• 결론: 국세기본법 제81조의12를 위반한 중대한 절차 위반 없음, 원고 주장 이유 없음

④ 과세예고통지 누락·과세전적부심 기회 박탈의 절차적 위법 여부

• 법리: 과세예고통지는 부과제척기간 3개월 이하인 경우에도 생략 불가; 예외적으로 과세관청 귀책 없이 부득이한 사정으로 제척기간 만료일이 임박하여 정당한 사유가 있으면 위법 평가 배제; 정당한 사유 증명책임은 과세관청
• 포섭: ① 공정거래위원회 의결서 중 '세금계산서 돌리기' 기재 확인(2018. 5.경) → 즉시처리 과세자료 분류 통보(2019. 2. 26.) → 2014년 2기분 부가가치세 세무조사 먼저 실시(2019. 7.~10.) → 가공세금계산서 수수 원가 과다계상 확인 후 법인 통합조사(제2차 세무조사) 실시 → 조사청이 순차적으로 과세자료를 수집·검토한 것으로 보임; ② 법인 통합조사는 다양한 항목에 추가 자료 조사와 상당한 시간이 필요하였을 것으로 보이는 점; ③ 2014년 2기분 부가가치세 세무조사 단계에서 법인 통합조사를 병행하지 않았다는 사정만으로 과세행정을 장기간 해태하거나 과세자료를 의도적으로 방치하였다고 보기 어려운 점
• 증거: 갑 제29·31호증, 을 제16·18호증 각 기재 및 변론 전체의 취지
• 결론: 피고의 귀책 없이 부득이한 사정으로 제척기간 만료일이 임박하게 되었고 과세예고통지·과세전적부심사 기회 미부여에 정당한 사유가 있다고 볼 수 있으므로, 절차적 권리 침해로 하자가 중대하다고 볼 수 없음

⑤ 이 사건 부가가치세 부과처분의 위법 여부 — 감정평가 방법의 적정성

• 법리: 시가는 정상적인 거래에 의한 객관적 교환가치; 시가 확인 어려운 경우 객관적·합리적 방법으로 평가한 가액도 시가로 볼 수 있음; 상표권 감정평가 시 수익환원법 적용 원칙 (감정평가 실무기준 4.3.1·4.3.2)
• 포섭: 감정평가법인 H은 수익환원법 중 '로열티 면제법'을 사용하여 이 사건 상표권의 시가를 평가하였고, 이는 해당 지식재산권으로 인한 현금흐름을 현재가치로 환원하는 방법으로서 관련 규정에 부합함; 로열티 면제법은 상표권을 보유하지 못하는 경우를 가정하여 라이선스 비용의 현재가치를 추정하는 방법이므로, 상표권 공동 소유자인 원고도 이 사건 상표권 보유 없이는 사용료를 지급해야 하는 것이고, 원고에 대한 로열티를 포함하여 상표권이 창출 가능한 사용료 전체 가치를 평가하는 것이 불합리하지 않음; 원고가 공유자로서 별도 수수료 없이 사용할 수 있다는 것은 양도 이후 원고와 D 사이의 문제
• 증거: 을 제3·6호증 각 기재 및 변론 전체의 취지
• 결론: 감정평가방법은 적정하고, 이를 시가로 보아 부당행위계산 부인 및 부가가치세 증액경정한 부과처분 적법; 원고 주장 이유 없음

최종 결론: 원고의 청구를 모두 기각, 소송비용은 원고 부담

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참조: 서울행정법원 2026. 7. 24. 선고 2024구합66679 판결