2025구합56449 종합부동산세등부과처분취소

1) 쟁점

실체법적 쟁점

• 종합부동산세 납세의무자(수탁자)가 주택건설사업자가 아닌 경우에도 구 조세특례제한법 제104조의19 특례조항 적용대상이 되는지 여부
• 취득일로부터 5년 이내에 사업계획승인을 받지 못한 데에 '정당한 사유'가 존재하는지 여부

소송법적 쟁점

• 선행 판결 및 조세심판 결정에 따라 납세의무자가 수탁자(원고)로 확정된 경우, 피고가 원고에게 한 이 사건 처분의 적법 여부

---

2) 사실관계

• 원고: 부동산 신탁·개발업 영위 회사(수탁자)
• B(PFV): 서울 서초구 C 일대 132,379㎡ D 도시개발사업 시행 목적 설립, 주택건설사업자
• B는 2006. 7.경부터 이 사건 토지(89,198㎡)를 매수하면서 매도인들을 위탁자, 원고를 수탁자, B를 우선수익자로 하는 신탁계약 체결 → 원고 명의 신탁등기 완료
• B는 2014. 10. 6. 이 사건 토지를 구 조세특례제한법 제104조의19 제1항 소정 합산배제대상으로 신고
• 강남세무서장은 2020. 4. 1. 취득일로부터 5년 이내 사업계획승인 미취득을 이유로 2015년 귀속 종합부동산세 2,973,146,180원 및 농어촌특별세 추징(제1 선행처분), 이후 2016년 ~ 2020년 귀속분 합계 종합부동산세 약 173억 원 및 농어촌특별세 약 31억 원 추징(제2 선행처분)
• 서울행정법원은 2023. 9. 8. 선행 판결로 "종합부동산세 납세의무자는 수탁자인 원고"라 판단하여 B의 청구 인용 → 확정
• 조세심판원도 2024. 3. 18. 같은 취지로 B의 심판청구 인용
• 피고(삼성세무서장)는 2024. 8. 8. 원고에게 2020년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 부과(이 사건 처분)
• B는 2021. 3. 4.에야 사업계획승인을 받음(취득 개시로부터 약 14년 경과)
• 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판청구하였으나 2025. 9. 10. 기각됨

---

3) 적용법령 및 판례요지

적용법령

조문	요지
구 조세특례제한법(2016. 1. 19. 개정 전) 제104조의19 제1항	주택건설사업자가 주택 건설을 위해 취득한 토지 중 취득일로부터 5년 이내 사업계획승인을 받을 토지는 종합부동산세 과세표준 합산 대상에서 제외
구 조세특례제한법 제104조의19 제3항	취득일로부터 5년 이내 사업계획승인을 받지 못한 경우 종합부동산세액과 이자상당가산액 추징
구 지방세법(2020. 12. 29. 개정 전) 제107조 제1항 단서 제3호	신탁법에 따라 수탁자 명의로 등기된 신탁재산 중 위탁자별로 구분된 재산은 수탁자가 납세의무자
구 지방세법(2014. 1. 1. 개정 전) 제107조 제2항 제5호	수탁자 명의 신탁재산의 재산세 납세의무자는 위탁자

판례요지

• 특례조항의 입법 취지: 주택건설사업자가 취득한 토지에 종합부동산세를 부과하면 분양가 상승을 유발하므로, 합산배제를 통해 감면하되 5년 이내 사업계획승인 미취득 시 추징하여 감면혜택 악용 방지 및 사업 수행 의무 부과(대법원 2025. 7. 16. 선고 2023두50516 판결 인용)
• 수탁자도 특례조항 적용대상: 특례조항은 종합부동산세 납세의무자가 주택건설사업자일 것을 요구하지 않음. 신탁재산의 경우 납세의무자(수탁자)와 주택건설사업자(위탁자 측)가 불일치할 수 있으나, 사업계획승인 요건은 주택건설사업자(B)를 기준으로 판단하고 수탁자도 특례 적용대상이 될 수 있음
• 토지 취득일 기산: 토지거래허가구역 지정 해제 토지의 취득일은 허가구역 지정 해제일이 아니라 매매대금 잔금 지급일로 봄(대법원 2025. 7. 16. 선고 2023두50516 판결 인용)
• '정당한 사유' 법리: 사업계획승인을 받지 못한 원인이 납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유로 인한 경우 추징 불가. '정당한 사유'는 ① 법령에 의한 금지·제한 등 외부적 사유, ② 정상적 노력에도 시간 부족이라는 내부적 사유, ③ 준비기간의 장단, 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 진지한 노력 여부, 행정관청의 귀책사유 개입 여부 등을 개별적으로 판단

---

4) 적용 및 결론

쟁점 ① 원고가 특례조항 적용대상인지 여부

• 법리: 특례조항은 납세의무자가 주택건설사업자일 것을 요구하지 않고, 주택건설사업자가 주택 건설을 위해 취득한 토지로서 5년 이내 사업계획승인을 받거나 받을 예정인 토지 + 해당 연도 신고 요건만을 요구함
• 포섭: 이 사건 신탁계약에 따라 수탁자인 원고가 납세의무자이고, 주택건설사업자인 B가 주택 건설을 위해 이 사건 토지를 취득하였음. 신탁계약 제14조 제1항에 따라 제세공과금은 B가 실질적으로 부담하는 구조이므로, 원고가 주택건설사업자가 아니라는 이유만으로 특례조항 적용을 배제하면 과세부담의 주택가격 전가 방지라는 입법 취지에 반함
• 결론: 원고도 특례조항의 적용대상이 될 수 있음. 피고의 이와 다른 주장 배척

쟁점 ② '정당한 사유' 존재 여부

• 법리: 사업계획승인 미취득의 원인이 납세의무자에게 책임을 돌릴 수 없는 외부적·내부적 사유, 행정관청 귀책사유 개입 등에 해당하면 추징 불가
• 포섭:
  • B는 이 사건 토지 취득 개시 시점(2006. 7.)으로부터 5년 이내인 2011. 7.경까지 사업계획승인을 받아야 하였으나, 약 14년이 경과한 2021. 3. 4.에야 승인을 받음
  • 서울시 도시계획위원회 회의록에 의하면, B의 7층 이하 공동주택 건축 제안 이전부터 위원들 사이에 건축물 높이 허용 여부에 관한 의견이 불일치하였고 부정적 의견이 상당수 존재하였으며, 행정주체가 공적 견해를 미리 밝혔다고 볼 자료가 없음
  • 도시계획위원회의 '공동주택 집단환지 불허, 3층 이하 범위 내 개발' 수정가결은 종전에 7층 이하 공동주택 건축을 확정하였다가 번복한 것이 아니라 보류 사항에 관한 결론에 불과하므로, 이로 인한 사업성 훼손을 행정청 귀책사유로 평가할 수 없음
  • 도시개발사업 방식으로 주택단지를 건설하기 위해서는 구역지정 제안→입안→주민공람→위원회 심의→구역지정 및 개발계획 결정 등 통상적으로 상당한 기간이 소요됨이 예측 가능하고, 행정주체는 지정 수용 여부에 광범위한 재량을 가지므로, 주택건설사업자는 사전에 사업 타당성·수익성 및 자금조달 계획을 미리 검토·분석하여야 함
  • 시공자 겸 대출약정 지급보증인의 법정관리 신청, 경제위기 등 원고 주장 사정은 인정되나, 이러한 사정만으로 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않음
• 증거: 갑 제9, 10호증, 을 제5, 9호증(각 가지번호 포함) 기재 및 변론 전체의 취지에 의해 위 사실 및 사정 인정. 원고 주장 정당한 사유를 인정할 증거 부족
• 결론: 정당한 사유 존재하지 않음 → 이 사건 처분 적법. 원고 청구 기각

---

참조: 서울행정법원 2026. 7. 22. 선고 2025구합56449 판결