2026두30758 과점주주 간주취득세 경정거부처분 취소 사건

1) 쟁점

실체법적 쟁점

• 과점주주 간주취득세의 납세의무자가 과세표준을 자진신고하는 경우 과세표준 산정 기준 (취득의제 당시 장부가액 기준 여부)
• 신고가액이 정당한 과세표준에 미달하는 경우 과세관청이 신고 내용과 달리 과세표준을 산정할 수 있는지 (적극)
• 법인 장부가액이 실제 취득가격에 부합하는지 여부와 관계없이 무조건 이를 간주취득세 과세표준으로 삼아야 하는지 (소극)
• 재고자산평가충당금을 취득원가에서 공제한 장부가액을 과세표준으로 삼아야 하는지 여부

소송법적 쟁점

• 경정청구 거부처분의 적법성 여부

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2) 사실관계

• 원고는 쟁점회사 발행주식 50%를 2021. 12. 3. 취득하고, 나머지 50%를 2022. 6. 13. 취득하여 과점주주가 됨
• 원고는 쟁점회사 보유 과세대상물건(이하 '이 사건 부동산')에 대하여 취득원가를 기준으로 과점주주 간주취득세 과세표준을 신고함
• 이후 원고는 취득원가에서 재고자산평가충당금을 공제한 장부가액을 기준으로 과세표준이 감액되어야 한다며 경정청구를 함
• 피고(지방자치단체)는 경정청구를 거부함
• 원고는 그 경정거부처분의 취소를 구하는 소를 제기함

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3) 적용법령 및 판례요지

적용법령

조문	요지
구 지방세법(2023. 3. 14. 개정 전) 제7조 제5항	법인 주식 취득으로 과점주주가 된 자는 해당 법인의 부동산등을 취득한 것으로 간주
구 지방세법(2021. 12. 28. 개정 전) 제10조 제4항	과점주주 간주취득세 과세표준 = 법인 부동산 총가액 × (과점주주 취득주식 수 ÷ 총주식 수); 신고가액이 과세표준보다 적으면 지방자치단체장이 장부 등에 따른 자산총액을 기초로 부과
구 지방세법 제10조 제1항·제2항 본문·제5항 제3호	취득세 과세표준은 취득 당시 가액으로 하되, 법인장부 중 대통령령으로 정하는 것에 따라 취득가격이 증명되는 취득에 대하여는 사실상의 취득가격을 과세표준으로 함
지방세기본법 제46조 제2호	과점주주 정의 규정

판례요지

• 법리 1 — 자진신고 시 과세표준 산정 기준

  • 과점주주는 취득의제 당시 법인 자산을 취득한 것으로 의제되고, 과세표준은 취득의제 당시의 법인 자산총액 기준으로 산정함
  • 장부 등에 의한 자산총액 기초 과세표준 산출 시에는 취득의제 당시의 장부가액을 기준으로 함 (대법원 1983. 12. 13. 선고 83누103 판결, 대법원 2008. 3. 14. 선고 2007두11399 판결 참조)
  • 납세의무자가 과세표준을 자진신고하는 경우에도 동일하게 적용됨
  • 구 지방세법 제10조 제4항 후문에 따라 과점주주가 신고하여야 할 과세표준은 정당한 과세표준을 의미하므로, 신고가액이 장부 등에 따라 산정한 정당한 과세표준에 미달하는 한 과세관청은 과세표준을 신고 내용과 달리 산정할 수 있음

• 법리 2 — 장부가액의 무조건 적용 불가

  • 법인 장부가액을 과세표준으로 하는 취지는, 법인의 경우 거래가액 조작 염려가 적어 장부가액이 원칙적으로 실제 취득가격에 부합하는 신빙성이 있음을 전제로 하는 것임
  • 따라서 법인 장부가액이 실제의 취득가격에 부합하는지 여부와 관계없이 무조건 법인 장부가액을 과세표준으로 하여야 하는 것은 아님 (대법원 1993. 4. 27. 선고 92누15895 판결 등 참조)
  • 이 법리는 간주취득세와 관련하여 구 지방세법 제10조 제4항에 의거하여 과세표준을 산정하는 경우에도 동일하게 적용됨

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4) 적용 및 결론

쟁점 1 — 자진신고 시 과세표준 산정 방법

• 법리: 간주취득세 과세표준은 취득의제 당시 장부가액 기준이며, 납세의무자의 자진신고 시에도 동일하게 적용됨. 신고가액이 정당한 과세표준에 미달하면 과세관청은 신고 내용과 달리 과세표준 산정 가능함
• 포섭: 원심은 납세의무자 신고가액이 신고하지 않거나 신고가액 표시가 없거나 신고가액이 과세표준보다 적은 경우가 아닌 한 신고된 가액이 장부가액보다 우선함을 원칙으로 전제하였으나, 대법원은 이 전제가 적절하지 않다고 판단함. 자진신고 시에도 정당한 과세표준(취득의제 당시 장부가액)이 기준이 되므로, 신고가액이 이를 초과하여 과다 신고된 것이라는 주장도 이론상 고려 가능함
• 결론: 원심의 위 전제는 적절하지 않으나, 결론에서는 정당함 (상고기각)

쟁점 2 — 재고자산평가충당금 공제 주장의 당부

• 법리: 법인 장부가액의 실제 취득가격 부합 여부와 관계없이 무조건 장부가액을 과세표준으로 삼을 것은 아니나, 이는 장부가액에 신빙성이 있는 것을 전제로 하는 것이므로 이를 벗어나는 주장은 객관적 근거로 뒷받침되어야 함
• 포섭: 원고는 이 사건 부동산의 취득원가에서 재고자산평가충당금을 공제한 장부가액을 과세표준으로 삼아야 한다고 주장하였으나, 원심 판단에 의하면 평가충당금의 산정 적정성을 뒷받침할 객관적인 자료 및 근거가 제출되지 않았음. 원고의 주장을 신고가액이 애초에 과다하게 신고된 것이라는 취지로 선해하더라도 동일함
• 증거: 원고가 평가충당금의 산정 적정성을 입증할 객관적 자료 및 근거를 제출하지 못하여 신빙할 수 없다고 인정됨
• 결론: 원고의 경정청구는 이유 없고, 피고의 경정거부처분은 적법함. 원심의 결론은 정당하므로 상고 기각함

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참조: 대법원 2026. 8. 12. 선고 2026두30758 판결