2026두30500 경정거부처분취소의소 (가산세 정당한 사유 — 국외공급 용역 영세율 사건)

1) 쟁점

실체법적 쟁점

• 국외공급 용역에 일반세율(10%)을 적용한 세금계산서가 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제9호의 '세율을 잘못 적용하여 발급한 경우'에 해당하는지 여부 (→ 수정세금계산서 발급 적법성)
• 영세율 적용대상 용역 거래에서 공급받는 자(원고)가 일반세율 세금계산서에 기초하여 매입세액 공제를 받은 것에 대한 가산세 부과처분이 적법한지 여부
• 원고에게 가산세를 면할 정당한 사유가 있는지 여부

소송법적 쟁점

• 가산세 정당한 사유 판단 시 원심의 심리범위 누락(소외 회사의 부가가치세 체납 예견 가능성) 여부

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2) 사실관계

• 원고는 오만 공사(이 사건 오만 계약) 및 카타르 공사(이 사건 카타르 계약)의 기계·배관설치공사를 소외 회사에 하도급함
• 이 사건 용역은 국외공급 용역으로서 부가가치세법 제22조에 따라 영세율 적용대상임
• 소외 회사는 2017년 제1기부터 2020년 제2기까지 일반세율(10%)을 적용한 당초 세금계산서를 발급하고, 원고로부터 부가가치세 합계 약 24억 2,867만 원을 수령함
• 원고는 위 부가가치세 상당액을 매입세액으로 공제받음
• 소외 회사는 2017년 제1기 ~ 2018년 제2기분은 납부하였으나, 2019년 제1기 ~ 2020년 제2기분은 체납함
• 소외 회사는 2021. 7. 7. 영세율로 수정한 수정세금계산서를 발급하고 경정청구 → 역삼세무서장이 이를 인용하여 환급 결정
• 피고는 2021. 8. 13. 원고에게 매입세액 공제가 부적법하다는 이유로 수정신고를 요청 → 원고는 2021. 8. 30. 수정신고하여 본세 및 가산세 631,939,311원 납부
• 원고의 경정청구 거부처분에 대해 조세심판원은, 2017년 제1기 ~ 2018년 제2기는 소외 회사가 납부하여 조세탈루 없으므로 수정세금계산서 발급 불가·매입세액 공제 타당으로 경정청구 인용, 2019년 제1기 ~ 2020년 제2기는 수정세금계산서 발급 가능하다고 보아 청구 기각 → 이 사건 처분 확정
• 원고는 위 처분 중 가산세 부분이 위법하다고 다툼

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3) 적용법령 및 판례요지

적용법령

조문	요지
부가가치세법 제22조	국외에서 공급하는 용역에 대한 영세율 적용
부가가치세법 제32조 제1항	사업자의 세금계산서 발급 의무
부가가치세법 제32조 제7항	기재사항 착오 등 사유 발생 시 수정세금계산서 발급 허용
부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제9호	세율을 잘못 적용하여 발급한 경우를 수정세금계산서 발급사유로 규정; 단, 세무조사 통지 등 경정 사전 인지 시 제외
부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제5호	수정세금계산서 발급 제외사유(세무조사 통지, 현지출장·확인업무 착수, 과세자료 해명안내 통지, 그 밖에 유사 경우)
부가가치세 집행기준 60-0-19	영세율 적용대상 용역에 일반세율 세금계산서를 발급하고 납부세액을 신고·납부한 경우 조세탈루 없으면 사실과 다른 세금계산서로 보지 않고 매입세액 공제 허용

판례요지

• 가산세 제재의 본질: 세법상 가산세는 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 의무를 위반하였을 때 부과하는 행정상 제재임 (대법원 2022. 1. 14. 선고 2017두41108 판결, 대법원 2025. 6. 12. 선고 2024두66181 판결 참조)
• 정당한 사유 인정 기준: 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 견해 대립이 있는 등 납세의무자가 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있는 사정이 있을 때, 또는 의무 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라는 사정이 있을 때에는 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우로서 가산세 제재 불가
• 수정세금계산서 발급 적법성: 이 사건 용역이 국외공급 용역으로서 영세율 적용대상임에도 소외 회사가 일반세율을 적용하여 세금계산서를 발급한 것은 '세율을 잘못 적용하여 발급한 경우'(시행령 제70조 제1항 제9호)에 해당하여 수정세금계산서 발급이 적법함 → 이 부분 원심 판단 유지
• 집행기준의 법적 성격: 부가가치세 집행기준은 행정규칙에 불과하여 법원이나 국민을 기속하는 법규 효력 없음; 다만 해당 집행기준은 소외 회사가 일반세율로 신고·납부하면 과세관청이 사실상 매입세액 공제를 용인하였을 것이라는 점에서 정당한 사유 판단의 맥락에서 고려됨
• 파기 핵심 법리: 원고가 가산세를 면할 정당한 사유가 있는지 판단하려면, 소외 회사가 2019년 제1기 ~ 2020년 제2기분 부가가치세를 체납하리라는 사정을 원고가 인식·예견할 수 있었는지를 추가 심리한 뒤, 원고에게 스스로 매입세액 공제를 받지 않는 선택을 기대할 수 있었는지를 판단하여야 함

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4) 적용 및 결론

쟁점 ① 수정세금계산서 발급 적법성 및 본세 부분

• 법리: 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제9호는 '세율을 잘못 적용하여 발급한 경우'를 수정세금계산서 발급사유로 규정함
• 포섭: 이 사건 용역은 국외공급 용역으로서 영세율 적용대상임에도 소외 회사가 일반세율(10%)을 적용하여 세금계산서를 발급하였으므로, 위 규정의 '세율을 잘못 적용하여 발급한 경우'에 해당함; 시행령 제70조 제1항 제5호 각 목 소정의 수정세금계산서 발급 제외사유에 해당하지 않음
• 증거: 원심판결 이유와 기록에 의한 인정 사실 기초; 원고가 제5호 각 목 해당 사유를 주장하였으나 원심이 판시와 같은 이유로 배척한 것을 대법원도 수긍함
• 결론: 본세 부분에 관한 원고 상고이유는 이유 없어 기각

쟁점 ② 가산세 부분 — 정당한 사유 존부

• 법리: 세법 해석상 의의로 인한 견해 대립이 있는 등의 사정 또는 의무 이행 기대가 무리인 사정이 있으면 정당한 사유 인정되어 가산세 부과 불가
• 포섭:
  • 거래 기본 전제: 원고와 소외 회사는 일반세율을 적용하여 소외 회사가 원고로부터 부가가치세 상당액을 징수하여 국가에 납부하고 원고는 매입세액을 공제받는 것을 거래 전제로 약정함
  • 집행기준의 사실상 용인 구조: 부가가치세 집행기준 60-0-19에 따라, 소외 회사가 일반세율로 신고·납부하기만 하면 과세관청이 원고의 매입세액 공제를 사실상 용인하는 구조였으므로, 소외 회사가 납부한 2017년 제1기 ~ 2018년 제2기에 대해서는 조세심판원도 원고의 경정청구를 인용함
  • 체납 예견 가능성: 원고가 소외 회사와 일반세율 적용을 약정하고 소외 회사의 체납이 시작된 2019년 제1기 이후에도 부가가치세 상당액을 계속 지급한 점에 비추어, 원고가 소외 회사의 체납을 미처 인식·예견하지 못하였을 가능성을 배제할 수 없음
  • 원심의 판단 오류: 원심은 원고가 영세율 대신 일반세율을 적용한 것이 '단순한 법률의 부지나 오해'에 불과하다는 이유만으로 정당한 사유를 부정하였으나, 이는 소외 회사의 부가가치세 체납 예견 가능성, 그에 따른 매입세액 공제 불선택 기대 가능성에 관한 심리를 누락한 것임
• 증거: 원심판결 이유, 이 사건 오만·카타르 계약의 내용 및 규모, 소외 회사의 과세기간별 납부·체납 현황(기록 기초)
• 결론: 가산세 부분에 관한 원심의 판단에는 정당한 사유에 관한 법리 오해 및 심리 미진의 위법이 있으므로, 원심판결 중 각 가산세 부과처분 부분을 파기환송; 원심은 파기환송 후 소외 회사의 체납 예견 가능성 등을 추가로 심리하여 정당한 사유 존부를 재판단하여야 함

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참조: 대법원 2026. 8. 12. 선고 2026두30500 판결