2026두30542 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않은 절차상 하자가 있어 당초 처분을 취소한 후 그 절차적 하자를 보완하여 종전과 동일한 내용의 재처분을 한 사건

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1) 쟁점

실체법적 쟁점

• 이 사건 오피스텔 공급이 부가가치세 면세 대상인 국민주택 공급에 해당하는지 여부 (원고의 무신고 처분 적법성)

소송법적 쟁점

• 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않은 절차상 하자를 이유로 당초 처분이 취소된 후, 과세관청이 세무조사 결과를 재통지하고 재처분을 한 것이 허용되는지 여부 (제1·2·3상고이유)
• 재통지 시 국세기본법 제81조의12 제1항 소정 세무조사 결과 통지기한을 도과한 것이 재처분을 위법하게 하는지 여부
• 국세기본법 시행령 제63조의15 제4항에 따른 과세처분 유보 의무의 종료 시점이 과세전적부심사에 관한 '결정' 시점인지, 아니면 그 결정의 청구인에 대한 '통지·송달' 시점인지 여부 (제4상고이유)

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2) 사실관계

• 원고는 2016. 4. 22. 부가가치세 면세사업자(주택신축판매업)로 사업자등록하고, 인천 ○○구 소재 오피스텔 52호(이 사건 오피스텔)를 신축·분양한 후 2016. 12. 31. 폐업하였으며, 2016년 제1기·제2기 부가가치세를 무신고함
• 인천지방국세청장(조사청)은 2022. 5. 9.부터 같은 달 28.까지 원고에 대한 개인통합조사(2016. 1. 1. ~ 12. 31.)를 실시하고(이 사건 세무조사), 이 사건 오피스텔 공급이 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호에 따른 부가가치세 면세 국민주택 공급에 해당하지 않는다고 보아 세무조사 결과를 통지함
• 피고(부평세무서장)는 과세전적부심사 청구 기회를 부여하지 않고 2022. 5. 27. 원고에게 2016년 제2기 부가가치세 1,015,717,780원을 결정·고지함(당초 처분)
• 원고는 2022. 12. 20. 조사청에 이의신청을 하였고, 조사청은 2023. 3. 8. 과세전적부심사 기회를 부여하지 않은 당초 처분이 중대·명백한 하자를 갖는다는 이유로 이의신청을 인용하여 당초 처분 취소됨
• 조사청은 2023. 10. 16. 이 사건 세무조사 결과를 재통지함(이 사건 세무조사 결과통지). 이 재통지는 세무조사 종료 후 국세기본법 제81조의12 제1항 소정의 통지기한(20일)을 도과한 것임
• 원고는 2023. 11. 10. 과세전적부심사를 청구하였으나 2023. 12. 20. 불채택 결정됨
• 피고는 2024. 1. 8. 원고에게 2016년 제2기 부가가치세 1,015,717,780원(가산세 포함)을 결정·고지함(이 사건 처분). 과세전적부심사 결정 통지는 이 사건 처분 이후에 원고에게 송달됨

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3) 적용법령 및 판례요지

적용법령

조문	요지
국세기본법 제81조의12 제1항	세무조사 종료 후 20일(특례 40일) 이내에 조사결과를 납세자에게 설명·서면 통지할 의무
국세기본법 시행령 제63조의13 제2항	세무조사 결과 통지 예외사유 열거
국세기본법 제81조의15 제2항 제1호	세무조사 결과 서면통지 수령일로부터 30일 이내 과세전적부심사 청구 가능
국세기본법 제81조의15 제4항	과세전적부심사 청구 수령 후 국세심사위원회 심사를 거쳐 30일 이내에 결정·통지 의무
국세기본법 시행령 제63조의15 제4항	과세전적부심사 청구 후 그에 관한 결정이 있을 때까지 과세표준 및 세액 결정·경정결정 유보 의무
조세특례제한법 제106조 제1항 제4호	부가가치세 면제 국민주택 공급의 범위 규정

판례요지

• 재처분 허용 법리: 과세전적부심사는 납세자 권리구제를 위한 중요한 사전구제절차이나, 과세관청은 부과제척기간 내에서 과세표준·세액을 결정 또는 경정할 수 있고 오류·누락 발견 시 재경정도 가능함. 따라서 당초 처분에 과세전적부심사 기회 미부여라는 절차상 하자가 있더라도 부과제척기간 도과로 과세권 행사가 불가능하지 않은 이상, 당초 처분을 취소한 후 절차적 하자를 보완하여 종전과 동일한 내용의 재처분을 하는 것은 원칙적으로 허용됨(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결, 대법원 2020. 10. 29. 선고 2017두51174 판결 참조). 재처분을 일률적으로 금지하면 납세자의 절차적 권리 보장이라는 본래 취지를 넘어 다른 납세자와의 형평에 어긋나 공평과세원칙 및 조세정의에 반하는 결과를 초래할 수 있음
• 통지기한 도과 후 재통지의 예외: 통지기한 예외사유에 해당하지 않음에도 통지기한 이후에 조사결과를 통지한 경우에는 원칙적으로 납세자의 절차적 권리를 침해하는 위법이 있으나, 달리 이를 용인할 만한 특별한 사정이 있으면 위법하지 않음. 본 사안에서 ① 당초 처분이 이의신청으로 취소된 것이 과세전적부심사 기회 미부여 하자의 시정을 위한 것이고 ② 재통지는 바로 그 사전구제절차 보장을 위한 것이며 ③ 원고가 재통지 수령 후 실제 과세전적부심사를 청구하여 방어권을 실질적으로 행사하였으므로, 이는 용인할 만한 특별한 사정에 해당함
• 과세처분 유보 종기: 국세기본법 시행령 제63조의15 제4항은 과세전적부심사에 관한 '결정'과 그 '통지'를 준별하고 있으므로, 과세처분 유보 시한은 결정 자체가 이루어진 시점까지일 뿐 결정이 청구인에게 현실적으로 통지·송달된 시점까지가 아님

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4) 적용 및 결론

쟁점 1 — 통지기한 도과 후 재통지를 이용한 재처분의 적법성

• 법리: 과세전적부심사 기회 미부여 하자가 있는 당초 처분이라도, 부과제척기간 내이면 절차적 하자를 보완하여 재처분하는 것은 원칙적으로 허용됨. 다만 통지기한 도과 후 재통지는 원칙적으로 위법하나, 이를 용인할 만한 특별한 사정이 있으면 예외임
• 포섭: 이 사건 세무조사 결과통지는 세무조사를 마친 날부터 통지기한(20일)이 지난 후 이루어져 국세기본법 제81조의12 제1항을 준수한 것으로 볼 수 없음. 그러나 ① 당초 처분은 원고의 이의신청에 따라 과세전적부심사 기회를 부여하지 않은 절차적 하자를 이유로 취소된 것이고, ② 조사청은 그 절차적 하자를 보완하여 원고에게 과세전적부심사 기회를 제공하고자 이 사건 세무조사 결과통지를 재차 한 것이며, ③ 원고는 통지 수령 후 자발적으로 과세전적부심사를 청구하는 등 의견 개진 및 방어권을 실질적으로 행사하였음
• 증거: 원심이 적법하게 채택하여 조사한 증거에 의해 위 사실관계 인정됨. 원고는 재통지 후 과세전적부심사 청구를 실제로 하여 방어권 행사 기회를 실질적으로 보장받았음이 확인됨
• 결론: 이 사건 세무조사 결과통지가 통지기한을 준수하지 못하였더라도, 그것이 원고의 절차적 권리행사에 지장을 초래하여 재처분절차의 절차적 정당성을 상실하게 만드는 정도는 아님. 통지기한 도과를 용인할 만한 특별한 사정에 해당하며, 이 사건 처분은 적법함

쟁점 2 — 국세기본법 시행령 제63조의15 제4항 위반 여부

• 법리: 과세처분의 유보 종기는 과세전적부심사에 관한 '결정' 자체가 이루어진 시점까지이며, 그 결정이 청구인에게 통지·송달된 시점까지가 아님
• 포섭: 과세전적부심사 결정이 2023. 12. 20. 이루어졌고, 피고는 그 결정일까지 과세처분을 유보하다가 이 사건 처분(2024. 1. 8.)을 함. 처분 이후에 과세전적부심사 결과가 원고에게 송달되었다는 사정은 유보 의무 위반을 구성하지 않음
• 결론: 피고는 국세기본법 시행령 제63조의15 제4항 본문에 따라 과세전적부심사 결정이 있었던 2023. 12. 20.까지 과세처분을 유보하였으므로 위 조항을 위반하지 않았고, 이 사건 처분은 적법함

상고 기각 — 원심 판단 유지, 상고비용 원고 부담

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참조: 대법원 2026. 8. 13. 선고 2026두30542 판결