2025구합53402 종합소득세 부과처분 취소 청구 기각

1) 쟁점

실체법적 쟁점

• 일괄취득 상가의 공통 원가를 분양면적 비율이 아닌 분양예정가액 비율로 안분하여야 하는지 여부 (제1 주장)
• 분양계약이 취소된 호실에 대해 지급된 분양수수료가 당기비용(판매비·관리비)으로서 필요경비에 해당하는지 여부 (제2 주장)

소송법적 쟁점

• 필요경비 해당 여부에 관한 증명책임의 소재 및 전환 요건

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2) 사실관계

• 원고는 개인사업자로서 2018. 2. 9. 서울 서초구 소재 판매시설·운동시설(이 사건 상가)을 5,415,000,000원에 공매 취득한 후 33개 호실로 구분등기함
• 2018. 5. 11. 분양대행사(주식회사 D)와 분양대행계약 체결 (개별 매매 방식, 호실별 성공보수 구조, 미분양 시 분양대행사의 매수 확약 조항 포함)
• 이 사건 판매 호실(11개): 분양 완료, 분양대행사에 수수료 1,155,531,210원 지급
• 이 사건 취소 호실(3개): 분양계약이 E커피점·F 입점 기망 등을 이유로 취소됨, 분양대행사에 수수료 110,590,450원 지급
• 원고는 2019. 6. 30. 종합소득세 신고 시 공통 원가를 분양면적 비율로 안분, 판매 호실 수수료 1,155,531,210원만 필요경비로 산입 → 312,352,620원 환급받음
• 서초세무서장은 2022. 3. 2. 원고가 분양대행사로부터 수취한 세금계산서 5장(공급가액 합계 2,754,415,000원 중 910,000,000원)을 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제 후 과세자료를 피고(잠실세무서장)에게 통보
• 피고는 위 910,000,000원을 필요경비에서 불산입하여 2023. 12. 4. 종합소득세 본세 383,399,996원, 2025. 6. 16. 가산세 242,352,817원을 각 경정·고지 (이 사건 처분)
• 원고는 이 사건 처분에 대해 ① 공통 원가를 분양예정가액 비율로 안분하면 635,212,667원이 추가 필요경비로 인정되어야 하고, ② 취소 호실 수수료 110,590,450원도 당기비용으로 필요경비에 해당한다고 주장하며 취소 청구

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3) 적용법령 및 판례요지

적용법령

조문	요지
소득세법 제27조 제1항	사업소득 필요경비는 해당 과세기간 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액
소득세법 제39조 제5항	총수입금액·필요경비의 귀속연도 등에 관하여 일반적으로 공정·타당한 기업회계 기준·관행을 계속 적용한 경우 그에 따름
국세기본법 제26조의2 제2항 제2호	납세자가 부정행위로 국세를 포탈한 경우 부과제척기간 10년
국세기본법 제47조의3 제1항 제1호 가목	부정행위로 과소신고한 경우 과소신고납부세액등의 40%를 가산세로 부과
국세기본법 시행령 제12조의2 제1항	부정행위란 조세범 처벌법 제3조 제6항에 해당하는 행위
조세범 처벌법 제3조 제6항 제2호·제7호	거짓 증빙 또는 거짓 문서의 수취, 위계에 의한 행위 등 조세 부과·징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위

판례요지

• 필요경비 증명책임 전환: 과세처분 취소소송에서 과세처분의 적법성·과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있고, 필요경비에 관하여도 같음. 다만 필요경비는 납세의무자에게 유리하고 그 기초가 되는 사실관계도 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있어 과세관청이 증명하기 곤란한 경우에는, 증명의 곤란과 당사자 간의 형평을 고려하여 납세의무자에게 증명의 필요를 돌릴 수 있음 (대법원 2013. 10. 31. 선고 2010두4599 판결)
• 공통 원가 안분 방식: 분양면적 비율에 따른 안분은 자의적 조작이 불가능하여 객관성이 담보되고, 취득비용이 분양면적에 비례한다는 점에서 공정성·타당성이 일응 인정됨. 수익·비용 대응 원칙은 손익의 귀속시기에 관한 원칙으로서, 그 자체가 일괄취득 원가의 구체적 안분 방식을 제시하지 않음
• 분양수수료 필요경비 해당 여부: 분양계약이 취소되어 분양수익이 반환되고 분양대행사의 매수마저 이루어지지 않는 경우에는 분양수수료 지급의무가 없다고 볼 수 있어, 이 사건 분양수수료가 2018년 귀속 사업소득에 대응하는 통상적 필요경비에 해당한다고 보기 어려움

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4) 적용 및 결론

제1 주장 (공통 원가 안분 방식)

• 법리: 소득세법 제39조 제5항은 일반적으로 공정·타당한 기업회계 기준 또는 관행을 계속 적용한 경우에는 그에 따름. 수익·비용 대응 원칙은 귀속시기에 관한 것으로 구체적 안분 방식을 정하지 않음
• 포섭:
  • 원고는 이 사건 공통 원가 배분 시 분양면적 비율 안분 방식으로 회계처리·토지등 매매차익 신고·종합소득세 신고를 일관되게 하여 온 것으로 보임
  • 분양면적 비율 안분은 자의적 조작이 불가능하여 객관성이 담보되고, 취득 비용이 분양면적에 비례한다는 점에서 공정성·타당성 인정 가능
  • 이 사건 상가는 공매 취득 당시 구분이 예정되어 있지 않았고, 호실별 매매가액 합산으로 공매대금이 산정된 것도 아니므로 분양예정가액 비율 안분이 더 합리적이라는 전제가 성립하기 어려움
  • 분양예정가액은 원고가 일방적으로 책정한 것으로, 35개 호실 중 22 ~ 24개 호실이 미분양인 상황에서 그 적정성이 담보되지 않음
  • 원고가 비거주용 건물 임대업도 겸영하면서 미분양 호실을 임대 중인 점에서, 적정 분양예정가액 책정의 경제적 유인이 컸다고 보기도 어려움
• 증거: 을 제2, 5호증, 변론 전체의 취지로 위 사정 인정
• 결론: 공통 원가를 분양면적 비율에 따라 안분한 것이 위법하다고 볼 수 없어, 제1 주장 기각

제2 주장 (취소 호실 분양수수료 필요경비 해당 여부)

• 법리: 필요경비에 관한 사항은 납세의무자에게 유리하고 기초 사실관계가 납세의무자의 지배영역 안에 있어, 증명의 곤란 및 당사자 간 형평을 고려하면 납세의무자에게 증명의 필요를 돌릴 수 있음
• 포섭:
  • 이 사건 분양대행계약은 호실별 성공보수 구조(제8조), 미분양 시 분양대행사의 매수 확약 조항(제13조)을 두고 있어, 분양계약이 취소되고 분양수익이 반환되며 분양대행사의 매수도 이루어지지 않는 경우에는 분양수수료 지급의무가 없다고 해석됨
  • 원고 자신도 당기비용에 해당하지 않는다는 전제 아래 종합소득세 신고를 한 것으로 보이고, 분양대행사에게 제13조에 따른 매수 책임을 추궁하지 않은 것은 이례적
  • 이 사건 취소 호실 분양계약 취소의 원인(E커피점·F 입점 여부에 관한 원고 측 기망)은 원고의 이행보조자로서 분양 활동을 전담한 분양대행사의 기망일 가능성이 높고, 이 경우 분양대행계약 제12조에 따라 분양대행사가 민·형사상 모든 책임을 부담함
  • 원고는 분양대행사로부터 사실과 다른 세금계산서 5장이라는 거짓 증빙을 수취한 자로서, 이체 내역 등으로 확인되지 않는 현금 거래 등이 있었을 가능성도 배제할 수 없음
• 증거: 갑 제2, 5 내지 10, 17 내지 23, 25, 27 내지 31호증, 을 제1, 3, 7, 8, 10호증, 변론 전체의 취지로 위 사정 인정; 분양수수료가 통상적 필요경비임을 뒷받침하는 납세의무자 측 증거 미제출
• 결론: 이 사건 분양수수료가 2018년 귀속 사업소득에 대응하는 통상적 필요경비에 해당한다고 보기 어려워 제2 주장 기각

최종 결론

원고의 청구를 모두 기각, 소송비용 원고 부담

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참조: 서울행정법원 2026. 8. 12. 선고 2025구합53402 판결