2026두30681 공익사업용 토지에 대한 사업인정 전 협의취득이 이루어진 이후 사업인정고시가 없는 경우에도 구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호의 양도소득세 감면규정이 적용될 수 있는지 여부에 관한 사건

1) 쟁점

실체법적 쟁점

• 공익사업용 토지에 대하여 사업인정고시 없이 토지보상법 제17조에 따른 협의취득이 이루어진 경우, 별도의 사업인정고시 없이도 구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호의 양도소득세 감면규정이 적용될 수 있는지 여부
• 구 조세특례제한법 제77조 제1항 각 호 외 부분 괄호 규정("사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일")의 의미가 '사업인정고시의 존재'를 감면 적용요건으로 규정한 것인지 여부

소송법적 쟁점

• 경정청구 거부처분의 적법성 — 피고가 사업인정고시 부재를 이유로 구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호 적용을 부정한 처분의 위법 여부

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2) 사실관계

• 원고는 파주시 소재 이 사건 각 토지(전 2필지, 임야 2필지 합계)에 관하여 늦어도 2005. 6. 17.까지 소유권이전등기를 마침
• 국방시설본부장은 2022. 3. 2. 국방·군사시설부지 매입사업(이 사건 사업)의 시행자로서 토지보상법 제15조에 따른 보상계획을 공고함
• 원고는 2022. 5. 3. 대한민국과 사이에 토지보상법 제17조에 따른 손실보상협의계약(매매대금 및 보상금 합계 4,397,903,330원)을 체결하고, 2022. 5. 4. 공공용지 협의취득을 원인으로 소유권이전등기를 마쳐 줌(이 사건 양도)
• 이 사건 각 토지에 대한 사업인정고시는 없었음
• 원고는 2022. 7.경 구 조세특례제한법 제77조 제1항을 적용하여 양도소득세 1,387,660,650원을 신고·납부함
• 원고는 2022. 10. 4. 이 사건 각 토지가 사업용 토지이므로 10% 추가세율이 적용되지 않는다며 경정청구를 함
• 피고는 2022. 11. 25. 이 사건 각 토지가 사업용 토지에는 해당하나, 사업인정고시가 없어 구 조세특례제한법 제77조 제1항을 적용할 수 없다며 경정청구 세액 중 182,374,668원만 환급하고 나머지 경정청구를 거부함(이 사건 처분)
• 원심(서울고등법원 2026. 2. 6. 선고 2025누4120 판결)은 이 사건 처분이 위법하다고 판단함

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3) 적용법령 및 판례요지

적용법령

조문	요지
구 조세특례제한법(2023. 12. 31. 법률 제19936호 개정 전) 제77조 제1항 제1호	토지보상법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대해, 사업인정고시일(사업인정고시일 전 양도 시에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세의 10%에 상당하는 세액 감면
구 조세특례제한법 제77조 제1항 제3호	토지보상법이나 그 밖의 법률에 따른 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득에 대한 세액 감면
토지보상법 제15조	사업시행자의 보상계획 공고
토지보상법 제17조	협의취득에 관한 손실보상협의계약

판례요지

• 공익사업용 토지에 대한 사업인정 전 협의취득과 관련하여, 구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호의 소득은 협의취득 후 별도의 사업인정고시가 없더라도 양도일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2023. 12. 31. 이전에 양도함으로써 발생하면 세액감면 요건을 충족함

근거는 다음 세 가지임:

① 협의취득의 실질적 공법적 기능

• 토지보상법은 협의취득과 수용을 모두 토지 확보 방법으로 상정하고, 양자의 손실보상은 동일한 이론적 근거에 기초함
• 협의취득은 비록 사법상 매매계약 형태이나 수용될 수 있는 재산권을 대상으로 하고, 토지소유자가 협의에 불응하면 수용을 당할 수 있는 심리적 강박감 속에서 이루어지는 점에서 실질적으로 수용과 비슷한 공법적 기능을 수행함(대법원 2000. 8. 22. 선고 98다60422 판결, 대법원 2021. 4. 29. 선고 2020다280890 판결 참조)
• 따라서 양도가 협의취득과 수용 중 어느 절차에 의하여 이루어졌는지의 차이는, 공익사업의 원활한 진행을 도모한다는 구 조세특례제한법 제77조 제1항의 목적 달성에 중요한 고려요소가 된다고 보기 어려움

② 법문언의 구조적 해석

• 구 조세특례제한법 제77조 제1항 제3호는 수용을 명시적으로 상정하고 있는 반면, 제1호는 '양도'라는 용어를 별도로 구분하여 사용함으로써 협의취득을 포괄하기 위해 도입된 규정임
• 수용절차 개시에 필수적인 사업인정고시의 존재가 제1호의 적용요건이 된다고 보기 어려움
• 괄호 규정("사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일")은 협의취득 시 세액감면의 기준시점을 양도일로 설정하는 시간적 한계를 규정한 것에 불과하고, 사업인정고시가 반드시 있어야만 감면혜택을 부여하겠다는 의미로 해석하면 법문언에 반하는 확장·축소해석 또는 유추해석에 해당함

③ 조세감면 규정의 목적 부합성

• 사업인정고시 전에 협의취득에 적극 응한 자가 사업인정고시 이후 수용된 자보다 불리한 취급을 받는 불균형이 초래됨
• 이는 세액감면을 받기 위해 토지소유자가 협의취득에 불응하게 만드는 부작용을 야기하여, 구 조세특례제한법 제77조 제1항이 도입된 근본 취지에 역행함

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4) 적용 및 결론

쟁점: 사업인정고시 없이 이루어진 협의취득에 구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호 적용 여부

• 법리 — 협의취득 후 별도의 사업인정고시가 없더라도 양도일부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지를 2023. 12. 31. 이전에 양도함으로써 발생한 소득이면 세액감면 요건 충족. 괄호 규정은 기준시점 설정 규정에 불과하고 사업인정고시를 적용요건으로 설정한 것이 아님

• 포섭

  • 이 사건 사업은 토지보상법이 적용되는 공익사업임
  • 원고는 이 사건 각 토지를 국방·군사시설부지 매입사업의 시행자인 대한민국에 토지보상법 제17조에 따른 손실보상협의계약에 의하여 양도하였으므로 제1호의 '양도'에 해당함
  • 이 사건 각 토지에 대한 사업인정고시는 없었으나, 위 법리에 의하면 이는 제1호 적용요건이 아님
  • 원고는 늦어도 2005. 6. 17.부터 이 사건 각 토지를 소유하였으므로, 양도일(2022. 5. 4.)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 요건을 충족함
  • 이 사건 양도는 2023. 12. 31. 이전에 이루어졌으므로 양도 시점 요건도 충족함

• 증거 — 원심이 적법하게 조사하여 채택한 증거에 의하여 위 사실관계가 인정됨. 원고가 2005. 6. 17. 소유권이전등기를 마친 사실, 2022. 5. 3. 손실보상협의계약 체결 및 2022. 5. 4. 소유권이전등기를 마친 사실이 인정됨

• 결론 — 피고가 사업인정고시 부재만을 근거로 구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호의 적용을 부정한 이 사건 처분은 위법. 원심 판단에 조세법률주의, 협의취득과 수용, 사업인정 등에 관한 법리를 오해한 잘못이 없음. 상고 기각

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참조: 대법원 2026. 9. 3. 선고 2026두30681 판결