2026두30772 부가가치세부과처분취소

1) 쟁점

실체법적 쟁점

• 이 사건 매입세금계산서가 부가가치세법 제32조 제1항 제1호의 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부
• 가산세 유형별 부과제척기간 도과 여부 — 구체적으로:
  • 무신고·과소신고·납부불성실가산세 등 '본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 하는 유형'에 대해 5년·10년 부과제척기간 중 어느 것이 적용되는지
  • 세금계산서위장수취가산세 이외의 다른 유형 가산세에 대해 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의2의 10년 장기부과제척기간이 적용되는지
  • 본세가 소송 과정에서 취소된 경우 이를 전제로 하는 유형의 가산세가 처분의 기초를 상실하여 위법한지

소송법적 쟁점

• 부과제척기간 경과 여부의 직권조사 요부
• 원심의 심리미진 및 법리오해 여부

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2) 사실관계

• 원고들은 ○○○건설 주식회사 명의의 이 사건 매입세금계산서를 수취하여 부가가치세 관련 처리를 함
• 원심은 ○○○건설이 이 사건 도급계약에 따라 원고들에게 실질적인 용역을 제공하였다고 볼 수 없고, 원고들이 해당 회사 명의 세금계산서가 명의위장된 것임을 몰랐다고 인정할 사정도 없다고 판단 → 이 사건 매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 봄
• 피고 창원세무서장은 원고들에게 각 부가가치세 및 가산세를 부과함(이 사건 각 처분)
• 이 사건 각 처분에 의해 부과된 가산세 합계는 1,041,540,159원이며, 세금계산서위장수취가산세뿐만 아니라 다른 유형의 가산세들도 포함됨
• 원심(부산고등법원)은 가산세 부분 전부를 세금계산서위장수취가산세로 보아 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의2에 따라 10년 부과제척기간 적용, 부과제척기간 미도과로 판단하여 원고들 패소 판결

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3) 적용법령 및 판례요지

적용법령

조문	요지
구 국세기본법(2018. 12. 31. 개정 전) 제26조의2 제1항 제1호	납세자가 부정행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우 부과제척기간 10년
구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의2 (2010. 10. 27. 신설)	부정행위로 각 목의 가산세(세금계산서위장수취가산세 등) 부과대상이 된 경우, 본세 조세포탈 여부와 무관하게 10년 부과제척기간 적용
구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호	상속세·증여세 이외 국세의 원칙적 부과제척기간 5년
구 국세기본법 제47조 제2항 본문	가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목으로 함
부가가치세법 제32조 제1항 제1호	세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 경우

판례요지

• 가산세 유형과 10년 부과제척기간의 적용 범위

  • 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 '국세'에는 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 무신고·과소신고·납부불성실가산세 등도 포함됨 (대법원 2025. 3. 13. 선고 2024두54935 판결 등 참조)
  • 납세자가 부정행위를 하였더라도 그로 인하여 국세를 포탈하거나 환급·공제받지 아니한 경우에는 본세를 비롯하여 위와 같은 가산세 역시 부과제척기간은 5년이 됨
  • 신고납세방식 국세에서 국세의 포탈이나 부정환급·부정공제가 있었는지는 가산세를 제외한 본세액을 기준으로 판단 (대법원 2025. 2. 27. 선고 2024두57262 판결 등 참조)

• 본세 취소 시 가산세의 운명

  • 무신고·과소신고·납부불성실가산세 등은 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 하므로, 신고·납부할 본세의 납세의무가 인정되지 아니할 경우 이를 따로 부과할 수 없음
  • 본세가 소송 등에 의하여 취소되었다면 이러한 유형의 가산세 역시 처분의 기초를 상실하여 위법하게 됨 (대법원 2025. 8. 14. 선고 2025두33285 판결 등 참조)

• 제1호의2의 독자적 요건

  • 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의2는 부정행위로 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 것만을 요건으로 하며, 본세에 대한 조세포탈을 요건으로 하지 아니함
  • 납세자가 부정행위로 위 제1호의2 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되면, 본세 자체의 조세포탈 존재 여부 또는 납세자의 인식 여부와 무관하게 해당 가산세에 대해 10년의 장기부과제척기간이 적용됨 (대법원 2025. 5. 29. 선고 2023두41314 판결 참조)
  • 개정이유: 부정행위로 세금계산서교부불성실가산세 등이 부과될 경우 본세액의 포탈이 없더라도 10년의 부과제척기간이 적용되도록 하기 위함

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4) 적용 및 결론

쟁점 ① 이 사건 매입세금계산서의 사실과 다른 세금계산서 해당 여부

• 법리: 부가가치세법 제32조 제1항 제1호상 세금계산서 필요적 기재사항이 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지는 공급자 및 실질적 용역 제공 여부에 따라 판단됨
• 포섭: 원심은 ○○○건설이 도급계약에 따라 실질적인 용역을 제공하였다고 볼 수 없고, 원고들이 명의위장 사실을 몰랐다고 인정할 사정이 없다고 판단함. 원고들이 각 하수급인으로부터 용역을 제공받고 그 대가를 직접 지불하였다는 사정도 달리 볼 근거가 되지 않는다고 봄
• 증거: 원심이 적법하게 채택·조사한 증거 등을 기록에 비추어 심리한 결과, 논리와 경험의 법칙 위반, 자유심증주의 한계 일탈, 판단누락, 법리오해 등의 잘못 없음
• 결론: 이 부분 상고이유 기각 — 원심 판단 유지

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쟁점 ② 가산세 부분의 부과제척기간 도과 여부 (직권판단)

• 법리: 부과제척기간 경과 여부는 직권조사사항. 가산세는 ① 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 하는 유형(무신고·과소신고·납부불성실가산세 등)과 ② 그렇지 아니한 유형(세금계산서위장수취가산세 등 제1호의2 각 목)으로 구분되며, 각 유형별로 부과제척기간 적용 법리가 달라짐
• 포섭: 이 사건 각 처분에 의해 부과된 가산세 합계 1,041,540,159원에는 세금계산서위장수취가산세뿐만 아니라 다른 유형의 가산세들도 포함됨이 원심 채택 증거에 의해 인정됨. 그럼에도 원심은 가산세 부분 전부를 세금계산서위장수취가산세로 단정하고, 모든 가산세에 대해 제1호의2에 따른 10년 부과제척기간을 적용하여 부과제척기간이 도과하지 않았다고 판단함
• 증거: 원심이 적법하게 채택·조사한 증거에 의하면 다른 유형의 가산세 포함 사실이 확인되나, 원심은 유형 구분 없이 판단함으로써 필요한 심리를 다하지 아니함
• 결론: 원심에는 ① 필요한 심리를 다하지 아니하였거나 ② 가산세의 부과제척기간 등에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 잘못이 있음
  • 환송 후 원심은 다음 사항을 심리·판단하여야 함:
    • 각 가산세가 '본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 하는 유형'인지 아닌지 구분
    • 각 유형별로 부과제척기간(5년 또는 10년) 도과 여부 판단
    • 전자의 유형에 해당할 경우, 본 소송 과정에서 본세가 취소됨으로써 해당 가산세도 처분의 기초를 상실하여 위법하게 되었는지 심리·판단
• 결론: 원심판결 중 원고들 패소 부분 파기, 부산고등법원에 환송

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참조: 대법원 2026. 9. 2. 선고 2026두30772 판결