2026두30077 법인세 부과처분취소 (PFV 용지매매계약 해제와 연부이자 익금산입)

1) 쟁점

실체법적 쟁점

• 집단에너지 공급사업 사업비 관련 부가가치세 매입세액의 손금불산입 적법 여부
• 임대주택 수선비의 자본적 지출 해당 여부
• 국고보조금 관련 익금산입 및 일시상각충당금 손금산입 허용 여부
• PFV와의 용지매매계약 해제 시 분납채권 연부이자(이 사건 연부이자)의 소득 실현 여부 및 2011 사업연도 익금산입 적법 여부
• 이 사건 연부이자의 소득 유형(이자소득 vs. 기타소득) 및 귀속시기

소송법적 쟁점

• 신의성실의 원칙 위반 해당 여부 (과세관청의 공적 견해표명 존재 여부)
• 가산세 면제의 정당한 사유 존재 여부
• 매입처별 계산서합계표 불성실가산세에 대한 정당한 사유 존재 여부

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2) 사실관계

• 원고 서울주택도시개발공사(SH공사)는 소외 회사(PFV)와 이 사건 용지매매계약을 체결하면서 잔대금을 분할납부하기로 약정하고, 연부이자율을 적용하여 이 사건 연부이자를 산출함
• 소외 회사가 4회분 분납금을 납부하지 못하자, 원고는 2011. 12.경 신한은행에 4회분을 제외한 5회 이후 분납금 채권에 대해 ABS(자산유동화) 2,718억 원 규모의 채권을 양도함
• 원고는 2013. 7. 1. 소외 회사의 ABCP 만기가 도래하였음에도 대출금이 상환되지 않자 지급보증인으로서 산업은행에 1,409억 원을 대신 지급하고, 같은 달 4. 소외 회사에게 이 사건 용지매매계약이 자동 해제되었다는 취지를 통보함
• 이후 원고가 소외 회사를 상대로 제기한 손해배상청구 소송에서 이 사건 용지매매계약이 2013. 7. 1. 소외 회사의 귀책사유로 자동 해제되었다는 취지의 민사판결 확정
• 피고(삼성세무서장)는 이 사건 연부이자를 원고의 2011 사업연도 익금에 산입하여 법인세를 부과함
• 그 외 집단에너지 공급사업 사업비 관련 부가가치세 매입세액 손금불산입, 임대아파트 수선비의 자본적 지출 처리, 국고보조금 관련 익금산입·일시상각충당금 손금산입 불허, 택지조성비 관련 가산세 등이 다투어짐

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3) 적용법령 및 판례요지

적용법령

조문	요지
구 법인세법 제18조 제5호	부가가치세 매출세액은 익금불산입
구 법인세법 제21조 제1호	부가가치세 매입세액은 손금불산입 (일부 제외)
구 법인세법 시행령 제31조 제1항·제2항	감가상각자산의 자본적 지출은 즉시상각 의제; 자본적 지출은 내용연수 연장·가치 현실적 증가를 위한 수선비로 정의
구 법인세법 제36조 제1항·제5항, 구 법인세법 시행령 제64조 제3항 제1호	국고보조금 등으로 사업용자산 취득 시 일시상각충당금 손금산입 허용; 명세서 제출 의무 이행 필요
구 법인세법 제40조 제1항	익금·손금 귀속사업연도는 확정된 날이 속하는 사업연도 (권리확정주의)
구 소득세법 제16조 제1항 제12호	연부이자의 이자소득 해당 여부 규정
구 법인세법 시행령 제70조 제1항 제1호, 구 소득세법 시행령 제45조 제1호	이자소득 귀속시기 = 약정에 따른 상환일
국세기본법 제45조의2 제2항	후발적 경정청구 제도

판례요지

• 부가가치세 매입세액 손금불산입: 매출세액을 익금에 산입하면서도 손금에 산입한 이상 과세표준·세액 산정에 영향이 없고, 법인세액 증가 원인은 매입세액 손금불산입(구 법인세법 제21조 제1호)에 따른 적법한 조치임
• 신의성실 원칙: 과세관청이 면세사업자용 사업자등록증을 교부하거나 면세사업자로서의 예정·확정신고를 받은 행위만으로는 부가가치세 과세에 관한 공적 견해표명에 해당하지 않음(대법원 1995. 9. 29. 선고 95누7376 판결, 대법원 2000. 2. 11. 선고 98두2119 판결)
• 가산세 정당한 사유: 가산세는 납세자의 고의·과실을 불문하는 행정상 제재이며, 법령의 부지·오인은 정당한 사유에 해당하지 않음(대법원 2013. 5. 23. 선고 2013두1829 판결)
• 자본적 지출 판단: 고정자산의 내용연수를 연장시키거나 가치를 현실적으로 증가시키는 비용이면 자본적 지출, 원상회복·능률유지를 위한 비용이면 수익적 지출로 구분(대법원 1988. 12. 20. 선고 88누520 판결)
• 일시상각충당금 손금산입: 국고보조금을 지급받은 사업연도에 익금산입과 동시에 일시상각충당금을 손금으로 계상하는 법인세 신고 및 구 법인세법 제36조 제5항의 명세서 제출 의무 이행 필요(대법원 2023. 5. 18. 선고 2018두33005 판결)
• 권리확정주의와 후발적 사유: 권리확정주의 하에서도, 납세의무 성립 후 후발적 사유로 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정된 경우에는 당초 성립한 납세의무는 그 전제를 상실하여 법인세를 부과할 수 없음이 원칙. 단, 대손금처럼 별도 규정이 있거나 경상적·반복적 매출환입 등 특별한 사정이 있는 경우에는 예외(대법원 2004. 11. 25. 선고 2003두14802 판결, 대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두1245 판결)

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4) 적용 및 결론

쟁점① 부가가치세 매입세액 손금불산입 (상고기각)

• 법리: 부가가치세 매입세액은 국가 환급 또는 매출세액 공제 대상이므로 손금불산입(구 법인세법 제21조 제1호)
• 포섭: 피고가 매출세액을 익금에 산입하면서 다시 손금에 산입하였으므로, 과세표준·세액 산정에 영향 없음. 법인세 증가 원인은 매입세액 손금불산입에 따른 적법한 조치임
• 결론: 원심 판단 정당, 상고 기각

쟁점② 신의성실 원칙 위반 및 가산세 면제 정당한 사유 (상고기각)

• 법리: 신의성실 원칙 적용 위해 과세관청의 공적 견해표명, 귀책사유 없는 신뢰, 신뢰에 따른 행위, 이익침해 결과 모두 필요. 면세사업자등록증 교부·신고 수리만으로 공적 견해표명 불해당
• 포섭: 과세관청이 원고에게 공적 견해표명을 하였거나 귀책사유 없이 신뢰하였다고 볼 수 없음. 법인세 미신고·미납부는 법률의 부지·오해에 기인한 것에 불과하므로 가산세 면제 정당한 사유 부존재
• 결론: 원심 판단 정당, 상고 기각

쟁점③ 임대주택 수선비의 자본적 지출 해당 여부 (상고기각)

• 법리: 고정자산의 내용연수 연장·가치 현실적 증가 비용은 자본적 지출로 즉시상각 의제
• 포섭: 이 사건 수선비는 임대아파트의 노후·파손된 부분 수선·복구에 그치지 않고, 주요 공용부분 및 공용시설을 전면적으로 개보수하여 전반적인 가치를 현실적으로 증가시키고 내용연수를 연장시킨 것으로 인정됨
• 결론: 자본적 지출 해당, 상고 기각

쟁점④ 택지조성비 관련 매입처별 계산서합계표 불성실가산세 (상고기각)

• 법리: 법령의 부지·오인은 가산세 면제의 정당한 사유에 해당하지 않음
• 포섭: 원고가 부가가치세 과세대상 택지조성공사 용역을 제공받고도 세금계산서 수취의무·매입처별 계산서합계표 제출의무를 이행하지 못한 것은 관계 법령 조항에 대한 법률의 부지·오해에 기인
• 결론: 정당한 사유 부존재, 상고 기각

쟁점⑤ 국고보조금 익금산입 및 일시상각충당금 손금산입 (상고기각)

• 법리: 일시상각충당금의 손금산입은 보조금 지급받은 사업연도에 익금산입·일시상각충당금 손금계상 신고 및 명세서 제출의무 이행이 선행요건
• 포섭: 원고는 이 사건 보조금(태양광발전장치 취득)을 교부받은 해당 사업연도에 익금에 산입하면서 일시상각충당금을 손금으로 계상하는 법인세 신고를 하지 아니함
• 결론: 일시상각충당금 손금산입 불허, 피고의 익금산입 적법, 상고 기각

쟁점⑥ 이 사건 연부이자의 소득 실현 여부 및 2011 사업연도 익금산입 적법 여부 (파기환송)

• 법리: 권리확정주의 하에서도 납세의무 성립 후 후발적 사유로 소득이 실현되지 않은 것으로 확정된 경우, 당초 납세의무는 전제를 상실하여 법인세 부과 불가가 원칙. 이 사건 연부이자는 이자소득(귀속시기 = 약정에 따른 상환일)에 해당함은 정당
• 포섭: 이 사건 연부이자를 지급하기로 한 약정은 이 사건 용지매매계약이 유효하게 존속·이행될 것을 전제로 하는 부수적 합의로 볼 여지가 있음. 이 사건 용지매매계약이 2013. 7. 1. 소외 회사의 귀책사유로 자동 해제된 것이 민사판결로 확정되었으므로, 연부이자 약정도 소급적으로 실효될 경우 특별한 사정이 없는 한 이 사건 연부이자는 소득이 실현되지 아니한 것으로 확정된다고 봄이 타당
• 증거: 원심이 적법하게 채택한 증거들에 의해 ① 잔대금 분할납부 약정 및 연부이자율 적용 사실, ② 소외 회사의 4회분 분납금 미납 사실, ③ ABS 채권양도 사실, ④ 원고의 지급보증 이행(1,409억 원) 후 자동해제 통보 사실, ⑤ 민사판결 확정 사실 인정됨
• 결론: 원심이 이 사건 용지매매계약의 적법한 해제 여부 및 연부이자 약정·소득 실현에 미치는 영향을 심리·판단하지 않은 채 익금산입을 적법하다고 판단한 것은 계약해제의 효과 및 권리의무확정주의에 관한 법리를 오해하여 필요한 심리를 다하지 않은 잘못. → 2011 사업연도 법인세 부과처분(가산세 포함) 부분 파기환송

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참조: 대법원 2026. 9. 2. 선고 2026두30077 판결