2025구합54339 법인세경정거부처분취소
1) 쟁점
실체법적 쟁점
- 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준을 과소신고하였더라도, 미환류소득에 대한 법인세 환급세액을 합산하면 추가 납부세액이 없는 경우 과소신고가산세를 부과할 수 있는지 여부
- 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 미환류소득에 대한 법인세의 세액 통산 가부
소송법적 쟁점
- 조세심판원 결정으로 납부지연가산세 부분이 취소된 후 남은 과소신고가산세 합계 1,349,796,695원 부분에 대한 경정거부처분의 취소 가부
2) 사실관계
- 원고: 비철금속 합금 및 화합물 제조·판매업 영위 법인. 구 조세특례제한법 제100조의32 제1항에 따른 미환류소득에 대한 법인세 적용대상 법인임
- 원고는 2021. 10. 5. 2018 ~ 2020 사업연도 법인세 신고·납부 당시 미환류소득에 대한 법인세액 합계 270억 원을 과다신고·납부하였다는 이유로 환급을 구하는 선행 경정청구 제기함
- 서울지방국세청장은 2021 ~ 2022년간 원고에 대한 2016 ~ 2020 사업연도 법인세 통합조사를 실시하였고, 피고는 2022. 4. 1. 해외법인으로부터 구매대행용역 수수료 미수취 등을 이유로 본세 합계 13,497,966,966원, 과소신고가산세 합계 1,349,796,695원, 납부지연가산세 합계 2,714,729,931원을 포함한 법인세 합계 17,562,493,592원을 경정·고지함(이 사건 증액경정)
- 피고는 2022. 6. 7. 선행 경정청구를 받아들여 원고에게 2018 ~ 2020 사업연도 법인세 합계 270억 원을 환급함(이 사건 환급세액)
- 원고는 2022. 9. 5. 이 사건 증액경정에도 불구하고 이 사건 환급세액을 고려하면 추가 납부세액이 없다는 이유로 과소신고가산세 및 납부지연가산세 합계 4,064,526,626원 환급을 구하는 경정청구 제기함(이 사건 경정청구)
- 피고는 2024. 2. 27. 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 미환류소득에 대한 법인세는 과세단위가 다르므로 통산할 수 없다는 이유로 이 사건 경정청구를 거부함
- 조세심판원은 2025. 3. 18. 납부지연가산세 부분만 취소하고 과소신고가산세 합계 1,349,796,695원에 관한 청구는 기각함 → 남은 경정거부처분(이 사건 처분)이 이 사건 소송 대상임
3) 적용법령 및 판례요지
적용법령
| 조문 | 요지 |
|---|
| 구 국세기본법 제47조의3 제1항 | 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고한 경우 과소신고납부세액등의 10%를 과소신고가산세로 부과 |
| 구 법인세법 제4조 제1항 | 내국법인 과세소득 = 각 사업연도 소득, 청산소득, 토지등 양도소득 (미환류소득 별도 열거 없음) |
| 구 법인세법 제55조 제1항 | 산출세액 = 과세표준 × 세율 + 토지등 양도소득 법인세액 + 미환류소득 법인세액의 합산액 |
| 구 법인세법 제60조 제1항 | 내국법인은 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준과 세액을 신고의무 부담 |
| 구 조세특례제한법 제100조의32 제1항·제2항 | 상호출자제한기업집단 소속 법인 등은 미환류소득의 20%를 법인세에 추가 납부; 미환류소득 또는 초과환류액을 관할 세무서장에게 신고 의무 |
판례요지
- 구 국세기본법 제47조의3 제1항의 문언·내용·입법 취지·개정 연혁을 종합하면, 법인세 납세의무자가 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준을 과소신고하였더라도 추가로 납부해야 할 '세액'이 없다면 과소신고가산세를 부과할 수 없음
- 동 조항은 2006년 신설 당시 '과세표준 과소신고'를 기준으로 가산세를 부과하였으나, 2014년 개정으로 산출세액(과세표준 × 세율)에서 납부세액(산출세액 − 공제·감면·기납부세액)으로 산정기준을 변경함으로써 공제·감면 부분이 고려되지 않았던 불합리함을 개선한 취지임
- 피고 주장(과세단위 상이로 통산 불가)에 대한 배척 근거 세 가지:
- ① 구 법인세법 제4조 제1항은 미환류소득을 독자적 과세소득으로 열거하지 않고, 구 조세특례제한법 제100조의32 제2항도 단순히 '미환류소득'이라 약칭할 뿐이어서 미환류소득이 독자적 의미의 '소득'에 해당하는지 의문임
- ② 구 법인세법 제55조 제1항은 최초 신고 단계에서부터 각 세액의 통산을 명시적으로 예정하고 있고, 미환류소득 신고의무 부과가 이 결론을 변경하지 않음
- ③ 신고서식(별지 제1·3·9호 서식)이 각 사업연도 소득 계산과 미환류소득 법인세 계산을 구분 기재하도록 요구한다고 하여 납부세액 계산 시 통산이 허용되지 않는다고 단정할 수 없음
- 대법원 2026. 4. 9. 선고 2025두35293 판결 참조: 지방세기본법 개정으로 과소신고가산세 산정기초가 산출세액에서 납부세액으로 변경된 것은 지방세 전액 감면대상자에게 신고의무 불이행 시 가산세를 부과하지 않도록 한 취지임
4) 적용 및 결론
과소신고가산세 부과 요건 충족 여부
- 법리: 구 국세기본법 제47조의3 제1항상 과소신고가산세는 '납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고한 경우'에 부과되는 것으로, 추가로 납부해야 할 '세액'이 없으면 과소신고가산세 부과 불가
- 포섭: 이 사건 증액경정으로 원고에게 2018 ~ 2020 사업연도 본세 합계 13,497,966,966원이 고지되었으나, 피고가 같은 사업연도에 환급한 이 사건 환급세액 합계 27,000,000,000원을 고려하면 원고가 추가로 납부하여야 할 법인세 세액이 없음. 구 법인세법 제55조 제1항이 각 사업연도 소득에 대한 법인세액과 미환류소득에 대한 법인세액을 합산하여 '산출세액'으로 규정하고 최초 신고 단계부터 각 세액 통산을 예정하고 있으므로, 이 사건 환급세액과 증액경정 본세를 통산할 수 있음
- 증거: 다툼 없는 사실, 갑 제1 ~ 7호증 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정함
- 결론: 추가 납부세액이 없는 이상 과소신고가산세를 부과할 수 없음. 피고의 '과세단위 상이로 통산 불가' 주장은 위 ①②③의 이유로 받아들이기 어려움. 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분(과소신고가산세 합계 1,349,796,695원 경정거부처분)은 위법하여 취소됨
참조: 서울행정법원 2026. 5. 13. 선고 2025구합54339 판결
