2025두35293 취득세등부과처분취소

1) 쟁점

실체법적 쟁점

• 물류단지개발사업 시행자로부터 부지를 '임차'하여 신축한 건축물이 구 지방세특례제한법 제71조 제2항 및 구 지방세특례제한법 시행령 제33조 제2항의 취득세 감면대상 '물류시설용 부동산'에 해당하는지 여부
• 2015. 12. 29. 지방세기본법 개정 이후 취득세 과소신고가산세의 산정기초가 '산출세액'인지 '납부세액'인지 여부
• 납부지연가산세 부과처분이 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유 해당 여부
• 이 사건 처분이 신의성실 원칙에 위반되는지 여부

소송법적 쟁점

• 본세 당초 처분사유와 추가된 처분사유 사이에 기본적 사실관계의 동일성이 인정되는지 여부(처분사유 추가의 적법성)

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2) 사실관계

• 원고는 인천항만공사와 사이에 국가 소유 이 사건 부지에 관하여 임대차계약을 체결하고(사용목적: 복합물류 및 제조시설, 임대차기간: 2021. 5. 21.부터 30년), 그 지상에 이 사건 건축물을 신축하여 2022. 7. 12. 사용승인을 받음
• 원고는 2022. 7. 22. 이 사건 건축물이 구 지방세특례제한법 제71조 제2항 및 구 지방세특례제한법 시행령 제33조 제2항 소정의 '물류단지에서 물류사업을 직접 하려는 자가 물류사업에 직접 사용하기 위해 취득하는 물류시설용 부동산'에 해당한다고 신고하여 취득세의 100분의 50을 감면받음
• 피고는 이 사건 건축물이 위치한 지역이 물류시설법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지에 해당하지 않는다는 이유로 취득세(과소신고가산세·납부지연가산세 포함), 지방교육세(납부지연가산세 포함)를 부과·고지함
• 소송 과정에서 피고는 '원고가 물류단지 사업시행자로부터 이 사건 부지를 임차하였을 뿐 취득하지 않았으므로 구 지방세특례제한법 시행령 제33조 제2항 요건 미충족'이라는 처분사유를 추가함

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3) 적용법령 및 판례요지

적용법령

조문	요지
구 지방세특례제한법 제71조 제1항	물류단지개발사업 시행자가 물류단지 개발을 위해 취득하는 부동산에 취득세·재산세 경감
구 지방세특례제한법 제71조 제2항	물류단지에서 물류산업을 직접 하려는 자가 물류산업에 직접 사용하기 위해 취득하는 물류시설용 부동산에 취득세·재산세 경감
구 지방세특례제한법 시행령 제33조 제2항	감면대상 '물류시설용 부동산'은 물류단지개발사업 시행자로부터 취득하는 토지와 그 토지에 신축·증축하여 취득하는 건축물로 한정
지방세기본법 제54조 제1항(구 제53조의3 제1항, 2015. 12. 29. 개정)	과소신고가산세의 산정기초를 '산출세액'에서 '납부세액'으로 변경
지방세법 제20조, 제21조 제1항 제1호	취득세 신고의무 불이행 또는 부족세액에 대해 지방세기본법에 따른 가산세를 합산하여 보통징수
물류시설법 제2조 제6호·제7호, 제22조, 제50조, 제50조의2	물류단지 및 일반물류단지시설의 정의, 시행자의 분양·임대, 입주기업체의 착공의무 등

판례요지

• 처분사유 추가의 적법성: 처분청은 기본적 사실관계의 동일성이 인정되는 한도 내에서 처분사유를 추가·변경할 수 있음. '기본적 사실관계의 동일성'이란 처분사유를 법률적으로 평가하기 이전의 구체적 사실관계에서 그 기초인 사회적 사실관계가 기본적인 점에서 동일한 것을 의미함. 근거법령만을 추가·변경하거나 당초 처분사유를 구체적으로 표시하는 것에 불과한 경우는 새로운 처분사유 추가·변경에 해당하지 않음(대법원 2026. 1. 29. 선고 2025두35061 판결 참조)

• 물류시설용 부동산의 범위: 구 지방세특례제한법 제71조 제2항 및 시행령 제33조 제2항의 취지는 물류단지의 원활한 개발 및 입주기업체 유치를 통한 물류산업 발전 촉진에 있음. 시행령 제33조 제2항은 감면혜택이 부여되기 위해서는 시행자로부터의 '토지 취득'이 전제되어야 함을 문언상 명백히 하고 있음. '토지 취득일 전 신축한 건축물을 포함한다'는 괄호 부분도 물류시설법 제50조의2 제1항의 준공 전 분양계약·사용허가 허용 규정을 염두에 둔 것으로, 토지 취득이 전제된 경우에 한정됨

• 과소신고가산세의 산정기초 변경: 2015. 12. 29. 지방세기본법 개정으로 과소신고가산세의 산정기초가 '산출세액'에서 '납부세액'으로 변경됨. 이로써 취득세 납세의무자가 산출세액은 정당하게 신고하였더라도 감면세액을 잘못 적용하여 신고하여야 할 정당한 납부세액보다 적게 신고하였다면 과소신고가산세 부과요건을 충족함. 개정 이전 구 지방세법상 '신고불성실가산세'의 산정기초를 '산출세액'으로 본 대법원 2015. 5. 28. 선고 2014두12505 판결은 이 사건에 적용될 수 없음

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4) 적용 및 결론

① 처분사유 추가의 적법성(원고 제3상고이유)

• 법리: 기본적 사실관계의 동일성 범위 내 처분사유 추가·변경 허용되고, 근거법령 추가·변경이나 처분사유의 구체적 표시에 불과한 경우는 새로운 처분사유 추가로 볼 수 없음
• 포섭: 당초 처분사유('이 사건 건축물 위치 지역이 물류시설법 제22조 제1항에 따라 지정된 물류단지에 해당하지 않는다')와 추가 처분사유('원고가 시행자로부터 부지를 임차하였을 뿐 취득한 것이 아니어서 시행령 제33조 제2항 요건 미충족')는 모두 원고가 이 사건 부지를 임차하여 건축물을 신축하였다는 하나의 객관적 사실관계에 관하여 과세요건의 구성과 법적 평가만을 달리할 뿐 기초사실을 달리하지 않음
• 결론: 처분사유 추가는 동일성이 유지되는 범위 내의 것으로 적법. 원고의 이 부분 상고 기각

② 이 사건 건축물의 취득세 감면대상 해당 여부(원고 제1상고이유)

• 법리: 구 지방세특례제한법 시행령 제33조 제2항의 감면혜택은 시행자로부터의 토지 취득이 전제되어야 함
• 포섭: 원고는 물류단지개발사업 시행자(인천항만공사)로부터 이 사건 부지를 '취득'한 것이 아니라 30년 기간의 '임대차계약'에 의해 '임차'하였고, 그 지상에 이 사건 건축물을 신축하였음. 시행령 제33조 제2항 문언상 감면대상은 시행자로부터 취득하는 토지와 그 토지에 신축하여 취득하는 건축물로 한정되므로, 토지를 임차한 경우에는 해당 요건을 충족하지 못함
• 결론: 이 사건 건축물은 취득세 감면대상 물류시설용 부동산에 해당하지 않음. 원고의 이 부분 상고 기각

③ 취득세 과소신고가산세 부과처분의 위법 여부(피고 상고이유)

• 법리: 2015. 12. 29. 지방세기본법 개정 이후 과소신고가산세의 산정기초는 '납부세액'임. 산출세액을 정당하게 신고하였더라도 감면세액을 잘못 적용하여 납부세액을 과소신고하면 과소신고가산세 부과요건 충족
• 포섭: 원고는 2022. 7. 22. 취득세 신고 시 과세표준에 세율을 곱한 산출세액에 적용될 수 없는 구 지방세특례제한법 제70조 제2항 등에 따른 감면세액을 잘못 차감하여 납부할 정당세액에 미달하게 신고함. 이는 지방세기본법 제54조 제1항이 정한 과소신고가산세 부과요건을 충족함. 원심이 인용한 대법원 2014두12505 판결은 2010. 3. 31. 개정 전 구 지방세법 제121조 제1항 적용 사안으로 사안이 달라 원용 불가
• 결론: 원심이 과소신고가산세의 산정기초를 '산출세액'이라는 잘못된 전제로 부과처분을 위법하다고 판단한 것은 지방세기본법 제54조 제1항 및 과소신고가산세에 관한 법리를 오해한 것. 이 부분 원심판결 파기·환송

④ 납부지연가산세 및 신의성실 원칙 위반 여부(피고 나머지 상고이유, 원고 제2상고이유)

• 결론: 원심이 납부지연가산세 부과처분을 위법하다고 판단한 것 및 신의성실 원칙 위반이 없다고 판단한 것 모두 정당. 해당 상고 기각

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참조: 대법원 2026. 4. 9. 선고 2025두35293 판결