4) 적용 및 결론

쟁점 ①: 이 사건 단서 조항의 '각 사업연도의 소득' 범위

• 법리: 조세법률주의상 조세법규는 법문대로 해석이 원칙이나, 법규 상호 간 해석을 통해 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우 법적 안정성·예측가능성을 해치지 않는 범위 내 합목적적 해석 허용됨. 이 사건 단서 조항의 '각 사업연도의 소득'은 구 법인세법 제45조 등과 체계조화적으로 해석하여야 하고, 승계사업 소득금액으로 한정됨
• 포섭: 원고는 피합병법인으로부터 이월결손금 86,327,141,488원을 승계하였고, 2018·2019 사업연도에 피합병법인 승계사업 소득과 고유사업 소득이 각각 발생하였음. 구 법인세법 제45조 제2항은 승계한 피합병법인의 결손금을 '피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액'의 범위에서 공제하도록 명시함. 원고 주장대로 '합병법인 전체 소득금액'을 공제한도 산정 기준으로 삼으면, 흑자법인이 결손법인을 합병하는 경우 피합병법인 소득에 합병법인 소득까지 합산하여 공제한도가 산정되어 합병 전후 공제한도가 달라지는 결과가 초래됨. 또한 구 법인세법 제113조 제3항이 구분경리를 강제함에도 정작 공제한도 산정 시 합산 총액을 사용하는 것은 논리일관성이 흠결되고 구분경리 취지를 몰각시킴
• 결론: 원고가 승계한 피합병법인의 이월결손금은 '피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액'에 이 사건 단서 조항의 공제한도 비율을 적용한 한도 내에서만 공제 가능함. 당초 신고 내용이 적법하고, 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법함

쟁점 ②: 이 사건 신설 조항의 법적 성격

• 법리: 이 사건 단서 조항 등의 해석상 적격합병 시 공제한도는 각 사업별 소득금액 기준으로 산정됨이 이미 도출되므로, 이를 명확히 하는 조항은 확인적 규정에 해당함
• 포섭: 이 사건 신설 조항(법인세법 제45조 제5항)은 합병법인 결손금은 합병법인 소득에서 승계사업 소득을 차감한 금액의 60%, 승계 결손금은 승계사업 소득금액의 60%를 한도로 한다고 규정함으로써 기존 해석을 명문화한 것임. 2020. 12. 22. 신설된 제45조 제6항·제7항은 이 사건 신설 조항과 별개 조항이므로 그 성격이 이 사건 신설 조항의 법적 성격에 영향을 주지 않음
• 결론: 이 사건 신설 조항은 확인적 규정으로 원심이 이를 판단 논거로 삼은 것은 정당함. 상고이유 없음

최종 결론: 상고 기각, 상고비용 원고 부담

참조: 2025두35623