2025두35623 법인세경정거부처분취소
1) 쟁점
실체법적 쟁점
- 적격합병 시 합병법인이 승계한 피합병법인의 이월결손금 공제한도를 산정할 때, 구 법인세법 제13조 단서(이 사건 단서 조항)의 '각 사업연도의 소득'이 '합병법인 전체의 소득금액'인지, '피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액'에 한정되는지 여부
- 법인세법 제45조 제5항(이 사건 신설 조항)이 창설적 규정인지 확인적 규정인지 여부
소송법적 쟁점
2) 사실관계
- 원고(합병법인)는 지류 제조·가공·판매업 영위 법인으로, 2017. 3. 2. 피합병법인을 흡수합병하면서 이월결손금 86,327,141,488원을 승계함
- 원고는 2018·2019 사업연도 법인세 신고 시, '피합병법인 승계사업 소득금액'에 공제한도비율(2018년 70%, 2019년 60%)을 적용하여 이월결손금을 공제하는 내용으로 신고함
- 원고는 경정청구(2022. 8. 18.)에서, 이 사건 단서 조항의 '각 사업연도 소득'은 '합병법인 전체의 소득금액'을 의미하므로 그에 공제한도 비율을 적용한 금액이 공제한도여야 하고, 피합병법인 승계사업 소득 범위 내에서 이월결손금을 공제해야 한다고 주장함
- 피고(남대문세무서장)는 당초 신고가 적법하다는 이유로 2022. 10. 4. 경정청구를 거부함(이 사건 처분)
- 원심은 원고 주장을 배척하고 이 사건 처분을 적법하다고 판단함
3) 적용법령 및 판례요지
적용법령
| 조문 | 요지 |
|---|
| 구 법인세법 제13조 단서(이 사건 단서 조항) | 중소기업 등 제외 내국법인의 이월결손금 공제한도를 각 사업연도 소득의 60%(2018년 70%)로 제한 |
| 구 법인세법 제44조의3 제2항 | 적격합병 시 합병법인이 피합병법인의 결손금 등을 승계함 |
| 구 법인세법 제45조 제1항·제2항 | 합병법인 결손금은 승계사업 소득에서 공제 불가(제1항), 승계한 피합병법인 결손금은 승계사업 소득 범위에서 공제(제2항) |
| 구 법인세법 제113조 제3항 | 합병법인은 결손금 공제받는 기간 동안 승계사업과 고유사업을 구분경리할 의무를 부담 |
| 법인세법 제45조 제5항(이 사건 신설 조항, 2019. 12. 31. 신설) | 합병법인 결손금과 승계 결손금의 공제한도를 각각 해당 사업 소득금액의 60%로 명시 |
판례요지
4) 적용 및 결론
쟁점 ①: 이 사건 단서 조항의 '각 사업연도의 소득' 범위
- 법리: 조세법률주의상 조세법규는 법문대로 해석이 원칙이나, 법규 상호 간 해석을 통해 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우 법적 안정성·예측가능성을 해치지 않는 범위 내 합목적적 해석 허용됨. 이 사건 단서 조항의 '각 사업연도의 소득'은 구 법인세법 제45조 등과 체계조화적으로 해석하여야 하고, 승계사업 소득금액으로 한정됨
- 포섭: 원고는 피합병법인으로부터 이월결손금 86,327,141,488원을 승계하였고, 2018·2019 사업연도에 피합병법인 승계사업 소득과 고유사업 소득이 각각 발생하였음. 구 법인세법 제45조 제2항은 승계한 피합병법인의 결손금을 '피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액'의 범위에서 공제하도록 명시함. 원고 주장대로 '합병법인 전체 소득금액'을 공제한도 산정 기준으로 삼으면, 흑자법인이 결손법인을 합병하는 경우 피합병법인 소득에 합병법인 소득까지 합산하여 공제한도가 산정되어 합병 전후 공제한도가 달라지는 결과가 초래됨. 또한 구 법인세법 제113조 제3항이 구분경리를 강제함에도 정작 공제한도 산정 시 합산 총액을 사용하는 것은 논리일관성이 흠결되고 구분경리 취지를 몰각시킴
- 결론: 원고가 승계한 피합병법인의 이월결손금은 '피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액'에 이 사건 단서 조항의 공제한도 비율을 적용한 한도 내에서만 공제 가능함. 당초 신고 내용이 적법하고, 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 적법함
쟁점 ②: 이 사건 신설 조항의 법적 성격
- 법리: 이 사건 단서 조항 등의 해석상 적격합병 시 공제한도는 각 사업별 소득금액 기준으로 산정됨이 이미 도출되므로, 이를 명확히 하는 조항은 확인적 규정에 해당함
- 포섭: 이 사건 신설 조항(법인세법 제45조 제5항)은 합병법인 결손금은 합병법인 소득에서 승계사업 소득을 차감한 금액의 60%, 승계 결손금은 승계사업 소득금액의 60%를 한도로 한다고 규정함으로써 기존 해석을 명문화한 것임. 2020. 12. 22. 신설된 제45조 제6항·제7항은 이 사건 신설 조항과 별개 조항이므로 그 성격이 이 사건 신설 조항의 법적 성격에 영향을 주지 않음
- 결론: 이 사건 신설 조항은 확인적 규정으로 원심이 이를 판단 논거로 삼은 것은 정당함. 상고이유 없음
최종 결론: 상고 기각, 상고비용 원고 부담
참조: 2025두35623
