2001두1543 법인세등부과처분취소

1) 쟁점

실체법적 쟁점

• 공장이전 특별부가세 면제 규정 적용 시 공장입지기준면적 산정에서 임대부분 면적의 공제 여부
• 임대한 후 반환받은 건물 면적의 공장건축물연면적 산입 여부

소송법적 쟁점

• 납세고지서에 법인세와 특별부가세의 세목·과세표준·세율을 구분 없이 일괄 기재하고 세율도 누락한 경우 납세고지의 적법성
• 납세고지의 하자가 납세의무자가 산출근거를 알고 있었다는 사정에 의해 치유되는지 여부

---

2) 사실관계

• 원고(내국법인)는 대도시 내 구공장 부지에 연면적 6,642.25㎡의 공장·창고·사무실 건물을 건축하여 사용하다가 그 중 3,176.8㎡를 타에 임대함
• 원고는 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지 및 건물을 양도하고, 법인세 신고 시 법인세 및 특별부가세 감면신청을 직접 제출함
• 원고는 임대하였다가 반환받은 건물면적(1,638.6㎡)을 공제한 직접 사용면적(5,000.1㎡)을 기준으로 공장입지기준면적을 계산해야 한다고 주장함
• 피고(세무서장)는 납세고지서에 법인세와 특별부가세의 세목·과세표준·세율을 구분 없이 일괄하여 '법인세'로만 기재하고 세율을 누락한 채 부과처분을 함
• 원심은 공장입지기준면적 산정 부분에서는 원고 주장을 배척하고, 납세고지 방식도 적법하다고 판단하여 부과처분을 유지함

---

3) 적용법령 및 판례요지

적용법령

조문	요지
구 조세감면규제법 제42조 제2항 (1993. 12. 31. 개정 전)	대도시 공장의 지방 이전 시 특별부가세 면제 규정
구 조세감면규제법시행령 제36조 제6항	공장입지기준면적 초과분에 대한 면제 배제
구 조세감면규제법시행규칙 제13조의2 제1호	제조공장의 경우 기준면적 초과 부분 면제 배제
구 지방세법시행령 제84조의4 제3항 제6호	공장입지기준면적 산정 방법 및 제외 항목 규정
구 지방세법시행규칙 제46조의5 [별표 4]	품목별 기준공장면적률 규정
국세징수법 제9조	납세고지서 기재사항(과세연도·세목·세액·산출근거·납부기한·납부장소) 명시 의무
구 법인세법 제37조, 제59조의5 (1993. 12. 31. 개정 전)	과세표준과 세액계산명세서 첨부 의무
구 법인세법시행령 제99조	동 첨부 의무의 시행령 규정

판례요지

• 공장입지기준면적 산정 관련: 위 감면규정의 '대도시 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인'이란 자신이 직접 사업을 영위하는 사업자를 의미하며 임대인은 포함되지 아니함(대법원 1988. 3. 8. 선고 87누745 판결 참조). 따라서 양도한 공장건물 중 타에 임대한 부분이 있을 경우 그 임대부분의 면적은 공장입지기준면적 산정 시 공장건축물연면적에서 제외하여야 함

• 납세고지 방식 관련:

  • 국세징수법 제9조, 구 법인세법 제37조·제59조의5, 시행령 제99조 등의 납세고지 기재 요건 규정은 단순한 세무행정상 편의를 위한 훈시규정이 아니라, 조세법률주의 원칙에 따라 과세관청의 자의를 배제하고 납세의무자에게 부과처분 내용을 자세히 알려 불복 여부 결정과 불복신청의 편의를 도모하려는 강행규정임(대법원 1989. 11. 10. 선고 88누7996 판결 참조)
  • 납세고지서에 세액산출근거 등 기재사항이 누락되었거나 과세표준·세액계산명세서가 첨부되지 않았다면 적법한 납세의 고지로 볼 수 없음
  • 위와 같은 납세고지의 하자는 납세의무자가 그 나름대로 산출근거를 알고 있다거나 사실상 이를 알고서 쟁송에 이르렀다 하더라도 치유되지 아니함(대법원 1985. 2. 26. 선고 83누629 판결 참조)
  • 사업연도의 소득에 대한 법인세와 토지 등의 양도에 대한 특별부가세는 별개의 과세단위를 이루므로, 두 처분은 별개의 과세처분임(대법원 2001. 10. 30. 선고 99두4310 판결 참조)
  • 따라서 법인의 부동산 양도소득에 대하여 법인세와 특별부가세를 부과·고지할 경우 납세고지서에는 그 세목·과세표준·세율 등 세액산출근거를 별도로 기재하여 고지하여야 함

---

4) 적용 및 결론

쟁점① 공장입지기준면적 산정 및 감면세액 계산

• 법리: 임대한 공장건물 부분의 면적은 공장건축물연면적에서 제외하여 공장입지기준면적 산정
• 포섭: 원심은 원고가 구공장 부지에 연면적 6,642.25㎡의 건물을 건축하여 그 중 3,176.8㎡를 타에 임대한 사실을 인정함. 이를 공제한 직접 사용면적을 기초로 산정한 정당한 감면세액이 피고의 부과처분 시 감면세액보다 더 적다고 판단함. 원고가 주장하는 임대 후 반환받은 1,638.6㎡만 공제하여 직접 사용면적을 5,000.1㎡로 산정해야 한다는 주장은 기록상 인정하기 어려움
• 결론: 원심의 사실인정 및 판단에 채증법칙 위배·심리미진·법리오해 없음. 이 부분 상고이유 기각

쟁점② 납세고지서 기재 방식의 적법성

• 법리: 법인세와 특별부가세는 별개의 과세처분이므로 납세고지서에 세목·과세표준·세율 등 세액산출근거를 별도 기재하여야 하며, 이 의무는 강행규정으로서 납세의무자가 산출근거를 알고 있더라도 하자가 치유되지 아니함
• 포섭: 피고는 납세고지서에 법인세와 특별부가세의 세목·과세표준·세율을 구분 없이 일괄하여 '법인세'로만 기재하고 세율도 누락함. 원고가 스스로 법인세 신고 시 감면신청을 하여 세율을 알고 있었다는 사정만으로는 하자가 치유되지 아니함
• 결론: 이 사건 납세고지는 위법. 원심이 이를 적법하다고 판단한 것은 납세고지의 하자에 관한 법리오해의 위법이 있음. 이 부분 상고이유 인용 → 원심판결 파기, 대전고등법원에 환송

---

참조: 대법원 2002. 11. 13. 선고 2001두1543 판결