[행정] 서울행정법원 2024구합71077

2024구합71077 부가가치세 부과처분 취소

실체법적 쟁점

건물 취득 관련 매입세액이 「부가가치세법」 제39조 제1항 제7호의 '토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액'에 해당하여 불공제 대상인지 여부
분양대행 용역 관련 세금계산서가 실질적 용역 제공 없이 발급된 '가공세금계산서'에 해당하여 매입세액 공제가 부정되는지 여부

소송법적 쟁점

원고는 부동산을 취득한 후 기존 건물을 철거하고 지식산업센터를 신축·분양하는 사업을 영위함
원고는 부동산 취득 당시부터 기존 건물 철거 및 지식산업센터 신축 계획을 수립하고 있었음
취득 후 기존 건물에 대해 임시적으로 임대를 시행하였으나, 이는 신축 전 일시적 조치에 불과하였음
원고는 건물 취득 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고함
원고는 분양대행업체로부터 분양대행 용역 관련 세금계산서를 수취하고 매입세액 공제를 적용함
과세관청(피고)은 ① 건물 취득 관련 매입세액은 토지 관련 매입세액으로 불공제, ② 분양대행 용역 세금계산서는 실질적 용역 제공 없는 가공세금계산서에 해당한다고 보아 부가가치세 부과처분을 함
원고는 위 처분에 불복하여 취소소송을 제기함

적용법령

조문	요지
부가가치세법 제38조	사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화·용역의 부가가치세액은 매출세액에서 공제
부가가치세법 제39조 제1항 제7호	토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니함
부가가치세법 제39조 제1항 제1호	세금계산서를 발급받지 아니한 경우 등 매입세액 불공제
부가가치세법 시행령 제80조	토지 관련 매입세액의 범위: 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등 자본적 지출에 관련된 매입세액 포함

판례요지

토지 관련 매입세액 해당 여부
- 건물을 취득한 후 철거하고 그 부지 위에 새로운 건물을 신축하는 경우, 그 건물의 취득 관련 매입세액은 실질적으로 토지의 취득·조성을 위한 자본적 지출에 해당함
- 취득 당시부터 철거 후 신축 계획이 확립되어 있었고, 건물 임대가 일시적·부수적 조치에 불과한 경우, 해당 건물 취득의 실질적 목적은 토지 확보에 있으므로 매입세액 불공제 대상에 해당함
- 일시적 임대 사실만으로는 건물을 과세사업에 공하였다고 볼 수 없음
- 취득 경위, 신축 계획의 구체성, 임대 기간 및 규모, 실제 철거 시점 등 제반 사정을 종합하여 실질적 목적을 판단함
가공세금계산서 해당 여부
- 세금계산서는 실제 용역의 공급이 있을 것을 전제로 하며, 실질적 용역 제공 없이 자금 이동을 위한 외관 형성 목적으로 발급된 세금계산서는 가공세금계산서에 해당함
- 가공세금계산서에 근거한 매입세액은 공제 대상이 아님
- 용역 제공의 실질 여부는 계약 내용, 대금 흐름, 실제 업무 수행 증거, 관련자 진술 등을 종합하여 판단함
- 분양대행 용역의 실질적 제공 없이 자금 이동 목적으로 발급된 세금계산서임이 인정될 경우, 원고가 선의·무과실 수취자임을 입증하지 못하는 한 매입세액 공제 불가

쟁점 ① 건물 취득 관련 매입세액의 토지 관련 매입세액 해당 여부

법리 — 취득 당시부터 철거 후 신축 목적이 확립된 경우 건물 취득의 실질은 토지 확보에 있으므로 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 공제 불가
포섭 — 원고는 부동산 취득 당시 이미 기존 건물 철거 및 지식산업센터 신축 계획을 수립하였고, 취득 후 임대는 신축 전까지의 일시적·임시적 조치에 불과하였으며 임대 규모·기간이 건물의 독립적 과세사업 사용으로 보기에 부족함. 실제 기존 건물은 철거되고 지식산업센터가 신축되었음. 따라서 건물 취득의 실질적 목적은 지식산업센터 신축을 위한 토지 확보에 있고, 일시적 임대만으로는 건물을 독립적 과세사업에 사용하였다고 볼 수 없음