2024구합71077

1) 쟁점

실체법적 쟁점

• 건물 있는 토지 취득 후 철거·신축 목적이 인정되어 건물 취득 관련 매입세액이 부가가치세법 시행령 제80조 제2호의 '토지에 관련된 매입세액 공제 제외' 대상인지 여부 (제1 쟁점)
• 분양대행수수료 세금계산서가 실제 용역 제공 없이 허위로 작성된 가공세금계산서에 해당하여 매입세액 공제가 불가한지 여부 (제2 쟁점)

소송법적 쟁점

• 가공거래 여부가 다투어지는 경우 실제 용역 수수에 대한 증명책임의 소재 및 전환 요건

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2) 사실관계

제1 쟁점 관련

• 원고(주식회사 A)는 2018. 2. 27. B 주식회사로부터 서울 금천구 소재 공장용지 및 지상 건물(이 사건 부동산)을 230,000,000,000원에 매수하기로 하는 매매계약 체결, 2018. 3. 30. 취득함
• 원고의 관계회사 F는 이 사건 매매계약 체결 전인 2018. 1.경 이미 이 사건 개발사업(D 개발사업, 지식산업센터 신축)을 위해 G 등과 컨소시엄 구성
• 원고는 매매계약 체결 무렵인 2018. 3. 29. G과 사업협약 및 건설설계용역 계약 체결
• B의 매각조건에 따라 B이 2019. 1. 31.까지 이 사건 부동산 사용 후 반환하는 임대차계약 체결; 기존 임차인들은 2018. 10. 31.까지 퇴거 조건으로 임대차계약 승계 후 전부 퇴거, 이후 공실 유지
• 원고는 2018. 3.경 한국산업단지공단에 지식산업센터 설립 승인 신청, 2019. 1. 28. 교통영향평가 심의, 2019. 5. 27. 건축허가신청, 2019. 7. 1. 철거신고 후 2019. 12.경 건물 철거
• 원고는 2018년 제1기 부가가치세 신고 시 건물 매매 부가가치세 2,781,600,000원 등 합계 2,782,957,153원을 매입세액으로 공제 신고함

제2 쟁점 관련

• 원고는 이 사건 개발사업 초기부터 근린생활시설(이 사건 상업시설)을 개별분양 대신 펀드에 일괄매각하기로 계획; 이에 분양대행수수료가 불필요한 비용으로 사업성 분석됨
• 원고 대표자 H은 일괄매각이 어려워지자 H과 자녀가 지분 100% 보유한 E가 상업시설을 우선 일괄매수 후 펀드에 재매각하는 방안 구상; 이후 일괄매수인을 E에서 F로 변경하고 E를 분양대행사로 변경하는 업무협약 체결
• 분양대행수수료 11,531,898,360원이 2020. 12. 3. 신탁사 I신탁의 사업비 운영계좌에서 E 계좌로 송금된 즉시 F 계좌로 이체; F는 이를 포함한 13,531,898,360원을 매매계약금 명목으로 분양수입금 관리계좌로 송금
• 분양대행 용역계약서가 자금집행용(2020. 11. 30.자)과 세무서 제출용(체결일자를 2020. 9. 11.로 소급 작성)으로 이중 존재; E의 실제 분양대행 용역 수행을 증명할 객관적 자료 미제출
• E가 분양대행 용역 수행에 필요한 인적·물적 설비를 갖추었거나 관련 경비를 지출하였다고 볼 자료 없음
• 원고는 2020년 제2기 부가가치세 신고 시 이 사건 세금계산서(공급가액 합계 10,483,543,963원)의 부가가치세 1,048,354,397원을 매입세액으로 공제 신고함
• 피고 금천세무서장은 2021. 10. 1. 제1 처분(2018년 1기분 부가가치세 3,972,110,110원)과 제2 처분(2020년 2기분 부가가치세 1,844,579,550원)을 각 경정·고지함

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3) 적용법령 및 판례요지

적용법령

조문	요지
부가가치세법 제39조 제1항 제7호	면세사업 관련 매입세액 및 대통령령이 정하는 토지에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니함
부가가치세법 시행령 제80조 제2호	건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우, 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액은 공제 제외 대상인 '토지에 관련된 매입세액'에 해당함

판례요지

• 가공거래 증명책임 전환 법리 (대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결, 대법원 2010. 10. 28. 선고 2010두11108 판결): 과세처분 적법성 및 과세요건 사실의 증명책임은 원칙적으로 과세관청에 있음. 다만, 세금계산서가 재화나 용역의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 가공거래 여부가 다투어지는 경우에는, 장부와 증빙 등 자료를 제시하기 용이한 납세의무자가 실제 재화나 용역의 수수가 있었음을 증명할 필요가 있음

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4) 적용 및 결론

쟁점 1 — 이 사건 건물 취득 관련 매입세액(제1 쟁점금액) 공제 여부

• 법리: 건축물 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용하는 경우, 철거 건축물의 취득 및 철거 비용 관련 매입세액은 공제 제외 대상(부가가치세법 시행령 제80조 제2호)
• 포섭:
  • 매매계약 체결 이전부터 관계회사 F가 G 등과 이 사건 개발사업을 위한 컨소시엄을 구성하였고, 원고는 매매계약 체결 당일 사업협약 및 건설설계용역 계약을 체결함으로써, 취득 당시 이미 건물 철거·신축을 결정하였음이 인정됨
  • B에 대한 임대차계약 및 기존 임차인 승계는 개발사업 추진 과정의 일시적 조치에 불과; 임차인 전부 퇴거 후 신규 임차인 없이 공실 유지, 임대업을 계속 영위할 의사가 없었음이 명확함
  • 원고 스스로 한국산업단지공단에 제출한 의견서에서 임대사업자로 볼 수 없다는 취지를 밝히는 등 법령상 임대사업 제한을 인식하였음
  • 이 사건 부동산 취득 후 인·허가 절차(설립 승인 신청, 교통영향평가 심의, 건축허가신청, 철거신고)를 일관되게 진행하여 건물 철거 및 지식산업센터 신축을 추진함
• 결론: 이 사건 건물 취득에 관련된 매입세액인 제1 쟁점금액은 부가가치세법 시행령 제80조 제2호의 매입세액 공제 제외 대상에 해당함; 원고의 주장 이유 없음

쟁점 2 — 이 사건 세금계산서 관련 매입세액(제2 쟁점금액) 공제 여부

• 법리: 가공거래임이 상당한 정도로 증명된 경우, 실제 용역 수수에 대한 증명책임은 납세의무자에게 전환됨
• 포섭:
  • 이 사건 상업시설은 당초 개별분양 없이 펀드에 일괄매각하기로 계획되어 분양대행수수료가 불필요한 비용으로 분류되었음에도, E와 분양대행 용역계약이 체결됨
  • 일괄매수인을 E에서 F로 변경하고 E를 분양대행사로 변경하는 과정에서 E의 관여가 확인되지 않으며, 원고와 G이 주도함
  • 수수료 명목 자금이 사업비 운영계좌 → E 계좌 → F 계좌로 즉시 이체되어 분양수입금 관리계좌로 송금되는 구조로, 사업비를 분양수입금으로 전환하기 위한 외관 형성 목적의 가장거래로 의심됨
  • 자금집행용과 세무서 제출용 용역계약서가 이중으로 작성(체결일자 소급)되었으며, E의 실제 용역 수행을 뒷받침할 객관적 자료, 인적·물적 설비, 관련 경비 지출 근거 모두 미제출
  • 위 사정들로 가공세금계산서임이 상당한 정도로 증명됨; 원고가 제출한 증거만으로는 실제 분양대행 용역이 제공되었음을 인정하기 부족
• 결론: 이 사건 세금계산서는 가공세금계산서에 해당하여 제2 쟁점금액은 매입세액 공제 불가; 원고의 주장 이유 없음

최종 결론

원고의 청구를 모두 기각함

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참조: 2026. 3. 20. 선고 2024구합71077 판결