2025구합54530 취득세등부과처분취소

1) 쟁점

실체법적 쟁점

• 마곡산업단지 내 소프트웨어 개발·유통 회사의 본점 사무실(면적비율 41.17%)이 구 지방세특례제한법 제78조 제4항 제2호 가목 및 구 지특법 시행령 제38조·제29조 제1항 제3호(이하 '이 사건 감면 규정')상 취득세 경감 대상인 '정보통신산업용 건축물'에 해당하는지 여부
• 본점 사무실용 부분의 부속토지에 이 사건 감면 규정을 적용할 수 있는지 여부

소송법적 쟁점

• 경정청구 거부처분(이 사건 처분)의 적법 여부

---

2) 사실관계

• 원고(주식회사 A)는 'C' 명칭의 온라인 통합 보안 서비스 등 소프트웨어를 개발·제작·생산·유통·운영·유지·관리하는 회사로, 매출액 중 소프트웨어개발매출 비중이 약 99.61%에 달함
• 원고는 2018. 11. 30. 마곡산업단지 내 서울 강서구 B 대지(이하 '이 사건 토지')를 사실상 취득하고, 이 사건 감면 규정에 따른 경감을 전제로 취득세 등을 신고·납부함
• 원고는 2020. 12. 11. 이 사건 토지 위에 지상 8층·지하 2층 건물(이하 '이 사건 건물')을 신축함. 이를 본점 사무실용 부분(면적비율 41.17%)과 기업부설연구소용 부분(면적비율 58.83%)으로 구분하여, 연구시설용 부분만 감면 대상으로 보고 2021. 1. 28. 취득세 등을 신고·납부하는 한편 본점 사무실용 부분 및 그 부속토지(이하 통틀어 '쟁점 부동산')에 관하여 취득세 등 335,329,760원을 추가 수정신고·납부함
• 원고는 2022. 7. 22. 쟁점 부동산에도 이 사건 감면 규정을 적용하여 달라는 경정청구를 제기하였으나, 피고(서울특별시 강서구청장)는 2022. 9. 20. 본점 사무실 비중이 41.16%에 달하여 연구시설의 부속시설로 볼 수 없고 산업용 건축물에도 해당하지 않는다는 이유로 경정청구를 거부함(이 사건 처분)
• 원고는 이의신청(2022. 12. 15.) 및 조세심판원 심판청구(2023. 5. 31.)를 거쳤으나, 조세심판원은 2025. 4. 14. 기각 결정함

---

3) 적용법령 및 판례요지

적용법령

조문	요지
구 지방세특례제한법 제2조 제1항 제8호	'직접 사용'이란 부동산 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것
구 지특법 제46조 제1항	대통령령으로 정하는 기업부설연구소에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산에 취득세 35% 경감
구 지특법 제78조 제4항 제2호 가목	산업단지 내 산업용 건축물 등을 신축하기 위해 취득하는 토지 및 신축하여 취득하는 산업용 건축물 등에 취득세 50% 경감
구 지특법 제78조 제5항 제1호	취득일부터 3년 내 해당 용도로 직접 사용하지 않은 경우 감면된 취득세 등 추징
구 지특법 시행령 제29조 제1항 제3호	산업용 건축물 등의 범위: 산업입지법 제2조에 따른 공장·지식산업·문화산업·정보통신산업·자원비축시설용 건축물과 이와 직접 관련된 교육·연구·정보처리·유통시설용 건축물
구 지특법 시행령 제38조	법 제78조상 산업용 건축물 등의 범위는 제29조 제1항 각 호에 해당하는 건축물
산업입지 및 개발에 관한 법률 제2조 제4호	정보통신산업이란 정보통신산업 진흥법 제2조 제2호에 따른 정보통신산업
정보통신산업 진흥법 제2조 제2호	정보통신산업이란 정보통신제품을 개발·제조·생산 또는 유통하거나 정보통신 관련 서비스를 제공하는 산업; 소프트웨어산업 포함
소프트웨어 진흥법 제2조 제2호	소프트웨어산업이란 소프트웨어의 개발·제작·생산·유통·운영 및 유지·관리 등과 그 밖에 소프트웨어와 관련된 서비스를 제공하는 산업
산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제2조 제2항	공장의 범위에는 제조시설의 관리·지원, 종업원의 복지후생을 위한 부대시설 포함

판례요지

• 이 사건 감면 규정이 적용되는 '정보통신산업용 건축물'이란 정보통신산업(정보통신제품의 개발·제조·생산 또는 유통하거나 정보통신 관련 서비스를 제공하는 사업) 자체에 직접 사용(사업의 목적이나 용도에 맞게 사용)되는 건축물을 의미함
• 정보통신산업을 영위하는 회사의 본점 사무실이라는 이유만으로 '정보통신산업용 건축물'에서 당연히 제외된다고 볼 수 없음

근거:

• ① 이 사건 감면 규정의 입법 취지는 산업단지 내 서비스 업종에 대한 세제 지원 확대를 통한 고용 창출·경제 활성화이므로, 본점 사무실과 연구시설을 달리 취급할 근거가 없음
• ② 피고 해석(기업부설연구소만이 정보통신산업용 건축물에 해당)에 따르면 병렬 규정인 '이와 직접 관련된 연구시설용 건축물'이 무의미해지고, 구 지특법 제46조 제1항(기업부설연구소 감면)과의 관계에서 이 사건 감면 규정이 독자적 의미를 상실함
• ③ 소프트웨어산업은 소프트웨어의 개발·제작·생산·유통·운영 및 유지·관리 등을 포괄하는 산업이므로, 정보통신산업용 건축물이 연구·개발 시설로만 한정된다고 볼 수 없음
• ④ 현행 과세실무(지방세특례제도과-559, 2019. 9. 10.)가 본점 사무실을 산업용 건축물 범위에서 제외하는 것은, 공장에 관한 해석(부대시설 규정)을 문언상 근거 없이 정보통신산업용 건축물에 그대로 적용한 것에 불과함. 정보통신산업법은 정보통신산업용 건축물의 범위에 관하여 아무런 규정을 두고 있지 않으므로 공장 해석을 그대로 적용할 수 없음
• ⑤ 정보통신산업을 주로 영위하는 회사의 본점 사무실이 정보통신산업 자체에 '직접 사용(사업의 목적이나 용도에 맞게 사용)'된다는 것은 대법원 2009. 6. 11. 선고 2007두20027 판결 법리에 비추어도 비교적 분명함

---

4) 적용 및 결론

쟁점: 본점 사무실용 부분이 '정보통신산업용 건축물'에 해당하는지 여부

• 법리 — 정보통신산업용 건축물이란 정보통신산업 자체에 사업의 목적이나 용도에 맞게 직접 사용되는 건축물을 의미함

• 포섭 — 원고는 소프트웨어개발매출 비중이 약 99.61%에 달하는 정보통신산업 영위 회사로서 지점을 두고 있지 않음. 피고 역시 이 사건 건물 중 연구시설용 부분(58.83%)이 정보통신산업용 건축물에 해당함을 다투지 않음. 피고 스스로 인정하는 본점 사무실용 부분의 구성(CEO실, 경영지원실, 전략사업부, 글로벌사업부, 솔루션사업부, 사업지원실 등)을 보면, 특히 영업관리팀·기술지원팀이 소속된 전략사업부·글로벌사업부 사무실은 소프트웨어의 유통 및 유지·관리 등의 목적과 용도에 맞게 사용됨이 명칭 자체로 분명함. 이에 본점 사무실용 부분 전체가 소프트웨어의 개발·제작·생산·유통 및 유지·관리 등의 목적과 용도에 맞게 사용되어 이 사건 감면 규정이 적용되는 '정보통신산업용 건축물'에 해당함

• 결론 — 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분(경정거부처분)은 위법하므로 취소되어야 함. 원고의 청구를 인용하고, 소송비용은 피고 부담

---

참조: 2025구합54530