2025구합52987 부가가치세 등 부과처분 취소

1) 쟁점

실체법적 쟁점

• C 및 F 등이 실제 공급자에 해당하는지 여부
• 원고에게 명의위장사실에 관한 선의·무과실 또는 가산세를 면할 정당한 사유가 인정되는지 여부
• 사실과 다른 현금영수증에 대해 부가가치세법 제39조 제1항 제2호(사실과 다른 세금계산서 매입세액 불공제 규정)가 준용·적용되는지 여부 및 부가가치세법 제46조 제3항에 따른 현금영수증 매입세액 공제 가부

소송법적 쟁점

• 이 사건 세무조사가 국세기본법 제81조의7 제1항(사전통지 의무) 및 제81조의4 제3항(최소범위 자료 제출 요구 의무)을 위반하여 이 사건 처분이 위법한지 여부

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2) 사실관계

• 원고(주식회사 A)는 2019. 10. 24. 설립되어 서울 용산구에서 컴퓨터 및 주변장치 도·소매업을 영위하는 회사임
• 원고는 2022년 제2기에 C으로부터 공급가액 합계 약 10억 8,600만 원의 세금계산서(이 사건 세금계산서)를 발급받고, 2022년 과세기간에 D·E 등 오픈마켓 등록 통신판매업자인 F·G·H·I(F 등)로부터 거래금액 합계 약 35억 8,800만 원의 현금영수증(이 사건 현금영수증)을 발급받음
• 서울지방국세청장은 2023. 6. 15.부터 2023. 8. 29.까지 원고에 대한 조세범칙조사를 실시한 결과, C은 실제 공급자 J·K이 무자료 거래를 위해 설립한 폭탄업체 L이 내세운 도관업체이고, F 등은 신원 불상의 실제 공급자가 무자료 거래를 위해 설립한 폭탄업체임을 확인하고 피고에게 과세자료 통보함
• 피고는 2023. 10. 5. 이 사건 세금계산서 및 현금영수증 관련 매입세액을 불공제하여 2022년 1기분 부가가치세 299,550,360원, 2기분 482,962,220원을 경정·고지하고, 증명서류 수취 불성실 가산세로 2022년 법인세 93,502,290원을 경정·고지함(이 사건 처분)
• 원고는 2024. 1. 3. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2024. 11. 18. 기각됨

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3) 적용법령 및 판례요지

적용법령

조문	요지
부가가치세법 제39조 제1항 제2호	사실과 다른 세금계산서에 대한 매입세액 불공제
부가가치세법 제46조 제3항	현금영수증 매입세액 공제 요건(실제 공급자와 발급 명의인 동일 필요)
부가가치세법 시행령 제88조 제4항 제2호, 제5항	오픈마켓 현금영수증을 포함한 공제 가능 현금영수증 범위 규정
법인세법 제75조의5	사실과 다른 증명서류 수취 시 증명서류 수취 불성실 가산세 부과
법인세법 제116조 제2항	법인의 지출증명서류(세금계산서, 현금영수증 등) 수취·보관 의무
국세기본법 제81조의4 제3항	세무조사 시 최소한의 범위에서 장부등 제출 요구 의무
국세기본법 제81조의7 제1항	세무조사 시 20일 전 사전통지 의무(증거인멸 우려 시 예외)
조세범 처벌절차법 제7조 제1항 제1호	조세범칙행위 혐의자 처벌을 위한 조세범칙조사 실시 근거
조세특례제한법 시행령 제121조의3 제12항	통신판매업자 명의로 부가통신사업자의 현금영수증 대리 발급 근거

판례요지

• 사실과 다른 세금계산서 법리: 실제 공급자와 세금계산서상 공급자가 다른 경우, 공급받는 자가 명의위장 사실을 알지 못하였고 알지 못한 데 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 매입세액 공제·환급 불가. 선의·무과실의 입증책임은 매입세액 공제·환급을 주장하는 자에게 있음(대법원 2002두2277 등)
• 실제 공급자 판단기준: 공급자는 명목상의 법률관계를 형성한 자가 아니라 실제로 재화 또는 용역을 공급한 자임(대법원 96다48930, 48947)
• 현금영수증 동일 법리 적용: 실제 공급자와 현금영수증 발급 명의인이 다른 경우에도 세금계산서와 동일한 법리가 적용됨. 부가가치세법 제46조 제3항에 따른 매입세액 공제를 위해서는 실제 공급자와 현금영수증 발급 명의인이 동일하여야 함
• 폭탄업체 명의 신용카드매출전표: 대법원 2018도9808(명의위장 자료상 세금계산서 사안), 대법원 2018도14148(폭탄업체 명의 신용카드매출전표의 부가가치세법상 유효성 부정) 참조
• 과세처분 사유 직권 판단: 조세소송에서 법원은 과세관청의 명시적 주장이 없더라도 기록상 처분사유를 알아볼 수 있는 자료가 있으면 그 처분사유를 기준으로 적법 여부를 판단할 수 있음(대법원 91누8234)

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4) 적용 및 결론

① C 및 F 등이 실제 공급자인지 여부

• 법리: 공급자는 명목상 법률관계 형성자가 아닌 실제로 재화·용역을 공급한 자임
• 포섭:
  • C의 경우: ① 설립 후 약 5개월 만에 폐업, ② C이 발급받은 세금계산서 전부가 L 발급이고 L은 부가가치세 무신고·미납, ③ 판매대금 전액을 L에 이체 후 L이 현금 인출, ④ C의 감사 P과 대표 N의 진술 일치('J·K이 C과 L의 실제 운영자'), ⑤ J 사망·소재불명 등
  • F 등의 경우: ① 등록 9개월 미만에 전원 직권 폐업(대표자 연락 불가), ② 확인된 매출액(F 226억·G 147억·H 105억·I 221억 원) 대비 매입액 극히 미미(각 4억·3억·1억·4억 원), 부가가치세 전액 미납, ③ 판매대금 전액 현금 인출, 대표자 전원 소재불명
• 결론: C과 F 등 모두 실제 공급자가 아닌 도관업체 또는 폭탄업체에 해당함. 원고의 주장 배척

② 원고의 선의·무과실 및 가산세 면제 정당한 사유 인정 여부

• 법리: 명의위장 사실을 알지 못하였고 알지 못한 데 과실이 없다는 사정은 매입세액 공제를 주장하는 자가 입증하여야 함
• 포섭:
  • C 관련: ① 원고 대표이사 U은 약 9년간 용산전자상가에서 동종업 종사, 폭탄업체·도관업체를 이용한 부가가치세 포탈 거래 형태 및 위험성을 충분히 알 수 있었음, ② 원고는 당초 폭탄업체 L으로부터 세금계산서 발급받다가 'L과의 계속 거래에 위험부담이 있다고 말한 이후 K이 C 명의로 세금계산서를 발급해주었다'고 U 직접 진술, ③ 경찰의 불송치(혐의없음) 결정은 조세범처벌법 위반 여부에 관한 판단에 불과하여 민사·세무상 선의·무과실 인정 근거 될 수 없음
  • F 등 관련: ① U의 용산전자상가 경력상 오픈마켓을 이용한 폭탄업체 거래 형태 인식 가능, ② F 등의 원고·O와의 거래 매출 비중 약 92.3%이고 오픈마켓 약관은 재판매 목적 구매 금지, ③ 경찰 불송치 결정은 조세범처벌법 위반 증거 불충분 판단에 불과함
  • 가산세 면제: 납세의무위반을 회피하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 볼 객관적 자료 없음
• 결론: 선의·무과실 및 가산세를 면할 정당한 사유 인정 불가. 원고의 주장 배척

③ 이 사건 현금영수증 매입세액 불공제 해당 여부

• 법리: 부가가치세법 제46조 제3항에 따른 현금영수증 매입세액 공제는 실제 공급자와 현금영수증 발급 명의인이 동일한 경우에 한하며, 다른 경우에도 세금계산서와 동일한 법리 적용
• 포섭: 이 사건 현금영수증은 오픈마켓 부가통신사업자가 통신판매업자인 F 등을 대신하여 발급한 것이고 F 등이 발급 명의인이나, F 등은 실제 공급자가 아닌 폭탄업체임. 실제 공급자와 발급 명의인이 동일하지 않고, 원고의 선의·무과실도 인정 불가
• 결론: 이 사건 현금영수증의 매입세액은 불공제 대상. 원고의 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 적용 불가 주장 배척

④ 이 사건 세무조사의 국세기본법 위반 여부

• 법리: 국세기본법 제81조의7 제1항 단서상 증거인멸 우려 시 사전통지 예외. 제81조의4 제3항은 최소범위 자료 제출 요구 의무
• 포섭: 이 사건 세무조사는 조세범 처벌절차법 제7조 제1항 제1호의 조세범칙조사로 공급자와 공급받는 자의 통정이 의심된 사안이므로 사전통지 예외 요건 해당. ERP 시스템 자료는 법관이 발부한 사전영장(2023. 6. 15.)에 의해 압수된 것으로 인정됨
• 결론: 세무조사가 국세기본법 제81조의4 제3항 또는 제81조의7 제1항을 위반하였다고 볼 수 없음. 원고의 주장 배척

최종 결론: 원고의 청구를 모두 기각

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참조: 2026. 4. 15. 선고 2025구합52987 판결