2025두34763 채무의 출자전환으로 주식 등을 발행하는 경우 주식발행액면초과금에서 시가를 초과하는 금액이 구 법인세법 제17조 제1항 제1호 단서에 따른 채무면제이익에 해당한다고 전제한 법인세 부과처분의 취소를 구하는 사건

---

1) 쟁점

실체법적 쟁점

• 채무의 출자전환으로 주식 등을 발행하는 경우 주식발행액면초과금 중 시가를 초과하는 금액이 구 법인세법 제17조 제1항 제1호 단서에 따른 채무면제익으로서 익금산입 대상에 해당하는지 여부
• 위 단서 규정의 적용범위가 회생기업이나 부실징후기업 등으로 한정되는지 여부
• 비상장주식의 시가 산정 시 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 및 제2항의 적용 가부
• 원고가 보유한 수익배분권(일본 외 지역 △△ 메신저 플랫폼 수익배분)을 이 사건 주식의 시가 산정 시 순자산가액에 반영해야 하는지 여부
• 구 상증세법 제39조(불균등증자에 따른 증여세 규정)가 이 사건 주식의 시가 평가 시 우선 적용되는지 여부

소송법적 쟁점

• 국제조세조정에 관한 법률상 정상가격 산출방법 및 그 증명책임의 귀속

---

2) 사실관계

• 원고(○○○ 주식회사)는 △△ 재팬(모회사)이 발행주식 전부를 보유하고 있는 자회사로, △△ 메신저 출시 이후 일본 외 지역에서의 △△ 메신저 사업을 담당하기 위해 설립됨
• 원고는 모회사인 △△ 재팬과의 계약에 따라 일본 외 지역에서 △△ 메신저 플랫폼으로부터 창출되는 수익의 일부를 배분받을 수 있는 수익배분권을 보유함
• 원고는 채무의 출자전환으로 이 사건 주식을 발행하면서 주식발행액면초과금 중 시가를 초과하는 금액이 발생함
• 피고(분당세무서장)는 이 사건 주식의 시가를 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 및 제2항이 정한 비상장주식 평가방법에 따라 산정하고, 시가초과발행액을 채무면제익으로 보아 법인세 부과처분을 함
• 원고는 위 부과처분의 취소를 구하여 소 제기, 원심(수원고등법원 2025. 7. 25. 선고 2022누15628 판결)이 원고 패소 판결, 원고 상고

---

3) 적용법령 및 판례요지

적용법령

조문	요지
구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호 개정 전) 제17조 제1항 제1호 본문	액면금액 이상으로 주식 발행 시 그 초과액(주식발행액면초과액)은 익금불산입
구 법인세법 제17조 제1항 제1호 단서	채무의 출자전환으로 주식 등을 발행하는 경우 그 시가를 초과하여 발행된 금액은 익금불산입 대상에서 제외(즉, 익금산입)
법인세법 제15조 제1항	법인의 수익은 익금으로 봄
법인세법 시행령 제11조 제6호	채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채 감소액을 수익의 하나로 명시
구 상증세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26069호 개정 전) 제54조 제4항·제2항	비상장주식의 평가방법 규정
구 상증세법 시행령 제55조 제3항	순자산가액 산정 시 영업권평가액 합산 원칙, 사업개시 후 3년 미만 법인 등은 합산 제외
구 상증세법(2015. 12. 15. 법률 제13557호 개정 전) 제39조	불균등증자 시 주주 간 경제적 이익 무상이전에 대한 증여세 과세
민법 제506조	채무면제: 채권자의 일방적 의사표시에 의한 채무 무상 소멸

판례요지

• 조세법률주의에 따른 법문 해석 원칙: 과세요건이거나 비과세·감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고, 합리적 이유 없이 확장·축소해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니함 (대법원 2012두3972 판결 등 참조)

• 구 법인세법 제17조 제1항 제1호 단서의 목적 및 적용범위:

  • 채무의 출자전환으로 주식 등을 시가 초과 발행하는 경우 시가초과발행액 상당의 채무가 소멸하여 채무자 법인의 재무구조 개선 및 담세력 증가가 발생함
  • 단서 규정은 시가초과발행액의 경제적 실질을 채무면제액으로 포착하여 통상의 다른 채무면제익과의 과세상 형평을 기하려는 것임
  • 위 단서 규정은 원칙적으로 법인세 납세의무자인 일반기업 전반에 두루 적용됨. 회생기업·부실징후기업 등 추가 과세특례가 예정된 경우로 그 적용범위를 한정할 것이 아님

• 비상장주식 시가 산정: 피고가 이 사건 출자전환일 당시 이 사건 주식의 시가를 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 및 제2항이 정한 비상장주식 평가방법에 따라 산정한 것은 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이고 적법함

• 수익배분권의 시가 반영 불가:

  • 원고 주장의 수익배분권은 구 상증세법 시행령 제59조가 규정한 무체재산권(어업권, 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권, 저작권, 광업권, 채석권 등)에 해당한다고 보기 어려움
  • 수익배분권을 영업권에 준하는 권리로 보더라도, 사업개시 후 3년 미만 법인인 원고의 순자산가액에 영업권평가액을 합산할 수 없음(구 상증세법 시행령 제55조 제3항)
  • 원고는 △△ 메신저가 출시된 이후 일본 외 지역 사업을 담당하기 위해 설립된 회사로서 기업 내부적·독자적으로 △△ 메신저 플랫폼을 창출하였다고 볼 수 없어, △△ 메신저가 원고의 내부 창설 무형자산에 해당한다고 보기 어려움. 자회사의 순자산가액 산정에 모회사 소유 무형자산의 가치를 반영하여야 한다는 법령상 근거도 없음

• 구 상증세법 제39조 미적용: 출자전환 전후를 불문하고 △△ 재팬이 원고의 발행주식 전부를 보유하고 있으므로 불균등증자에 해당하지 않아, 이 사건 주식의 시가 평가 국면에서 구 상증세법 제39조가 우선 적용될 수 없음

---

4) 적용 및 결론

쟁점 ① 시가초과발행액의 채무면제익 해당 여부 및 단서 규정 적용범위

• 법리: 구 법인세법 제17조 제1항 제1호 단서는 시가초과발행액의 경제적 실질을 채무면제액으로 포착하여 과세상 형평을 기하기 위한 것으로, 일반기업 전반에 적용됨
• 포섭: 원고는 회생기업이나 부실징후기업에 한정되지 않는 일반기업으로서 채무의 출자전환으로 이 사건 주식을 시가 초과 발행한 경우에 해당하고, 단서 규정의 적용범위를 추가 과세특례가 예정된 기업으로 한정할 근거가 없음
• 결론: 이 사건 주식발행액면초과금에서 시가를 초과하는 금액은 채무면제익으로서 원고의 익금에 산입됨

쟁점 ② 비상장주식 시가 산정방법

• 법리: 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 및 제2항이 정한 비상장주식 평가방법이 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적인 경우 적법함
• 포섭: 피고가 이 사건 출자전환일 당시 주식 시가를 위 방법에 따라 산정하였고, 이는 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적임. 구 국제조세조정에 관한 법률의 정상가격 산출방법을 우선 적용할 근거가 없음
• 결론: 피고의 시가 산정은 적법함

쟁점 ③ 수익배분권의 시가 반영 가부

• 법리: 비상장주식의 순자산가액 산정 시 무체재산권 또는 영업권에 해당하여야 하고, 사업개시 후 3년 미만 법인은 영업권평가액 합산 불가
• 포섭: 원고의 수익배분권은 구 상증세법 시행령 제59조의 무체재산권에 해당하지 않고, 영업권에 준하더라도 사업개시 후 3년 미만의 원고에게는 합산 불가. △△ 메신저는 원고의 내부 창설 무형자산이 아니며, 자회사 순자산가액 산정에 모회사 무형자산 가치를 반영할 법령상 근거도 없음
• 결론: 수익배분권을 이 사건 주식의 시가 산정에 반영할 수 없음

쟁점 ④ 구 상증세법 제39조 우선 적용 여부

• 법리: 구 상증세법 제39조는 불균등증자를 전제로 주주 간 경제적 이익의 무상이전에 대해 증여세를 과세하는 규정임
• 포섭: 이 사건은 출자전환 전후를 불문하고 △△ 재팬이 원고 발행주식 전부를 보유하고 있어 주주 간 이익 이전이 없는 구조로 불균등증자에 해당하지 않음
• 결론: 이 사건 주식의 시가 평가 국면에서 구 상증세법 제39조가 우선 적용될 수 없음

최종 결론: 상고 기각. 피고의 법인세 부과처분은 적법함

---

참조: 2025두34763