2025다210837 통고처분에 선행한 조세범칙조사에 중복세무조사금지의 원칙을 위반한 하자가 존재하는 경우 통고처분 벌금 상당액 및 과세전적부심사의 기회를 보장하지 않은 소득금액변동통지에 따른 원천징수세액에 대한 부당이득반환을 구하는 사건
1) 쟁점
실체법적 쟁점
- 중복세무조사금지의 원칙을 위반한 조세범칙조사에 기하여 이루어진 통고처분의 효력 부정 여부
- 효력이 부정된 통고처분에 따라 납부한 벌금 상당액이 부당이득을 구성하는지
- 과세전적부심사의 기회를 부여하지 않고 이루어진 소득금액변동통지의 효력(무효 여부)
- 무효인 소득금액변동통지에 기하여 납부된 원천징수세액의 부당이득 해당 여부
소송법적 쟁점
- 공정력이 없는 통고처분에 대하여 민사법원이 선결문제로 효력 여부를 판단할 수 있는지
- 구 국세기본법 제81조의4 제2항(중복세무조사금지의 원칙)이 조세범칙조사에도 적용되는지
- 구 국세기본법 제81조의15 제2항 제2호의 과세전적부심사 예외사유(고발 또는 통고처분)가 소득금액변동통지에도 적용되는지
2) 사실관계
당사자
- 원고 1 회사(주식회사 ○○○): 식품·건강기능식품 수입·판매업 회사. 주식회사 △△△를 흡수합병(2020. 12. 31.)
- 원고 2: 주식회사 △△△의 사내이사 역임, 이후 원고 주식회사 ○○○의 공동대표이사
- 피고: 대한민국, 부산광역시
1차 세무조사
- 부산지방국세청장이 2014. 10. 8. ~ 같은 해 11. 21.까지 원고 1 회사에 대해 2011 ~ 2013 사업연도 법인세 통합조사 실시 후 과세처분
2차 세무조사 및 조세범칙조사 전환
- 부산지방국세청장이 2018. 1. 3. ~ 같은 해 2. 21.까지 원고 1 회사에 대해 2014 ~ 2016 사업연도 법인세 통합조사 실시
- 2018. 1. 30. 위 조사를 조세범칙조사로 전환, 조사기간을 같은 해 3. 23.까지로 연장, 조사대상도 '2010 ~ 2016 사업연도 법인세'로 확대
통고처분(이 사건 통고처분)
- 부산지방국세청장이 2018. 5. 28. 이 사건 세무조사결과 통지와 동시에 원고 1 회사·원고 2에게 2013 ~ 2016년 조세범칙행위 관련 벌금 상당액 301,458,450원씩 통고처분
- 원고들은 2018. 6. 8. 각자 벌금 상당액 전액 납부
원처분 및 불복
- 서부산세무서장이 2018. 6. 1. 2010 ~ 2016 사업연도 법인세·부가가치세 경정·고지 및 소득금액변동통지(이 사건 원처분)
- 조세심판원이 2019. 7. 15. 2011 ~ 2013 사업연도 부분에 대하여 중복세무조사금지의 원칙 위반을 이유로 취소 결정
- 2010 사업연도 부분: 항소심에서 과세전적부심사 청구 또는 결정이 있기 전에 이루어진 것으로서 중대·명백한 하자를 이유로 무효 판결 → 대법원 2021두37748호로 확정
원천징수세액
- 원고 1 회사가 2018. 7. 10. 원고 2 등에 대한 2014 ~ 2016 귀속 소득금액변동통지에 따른 원천징수세 합계 355,367,250원(근로소득세 323,061,150원 + 지방소득세 32,306,100원) 납부
이 사건 소
- 원고들: 피고 대한민국에 이 사건 통고처분에 따라 납부한 벌금 상당액 중 2013년 조세범칙행위 관련 315,951,005원의 부당이득반환 청구
- 원고 1 회사: 이 사건 원천징수세액 355,367,250원에 대해 과세전적부심사 기회 미부여를 이유로 피고들에게 부당이득반환 청구
3) 적용법령 및 판례요지
적용법령
| 조문 | 요지 |
|---|
| 구 국세기본법 제81조의4 제1항·제2항 | 세무조사권 남용 금지 및 동일 세목·과세기간 재조사 금지(중복세무조사금지의 원칙) |
| 구 국세기본법 제81조의2 제2항 제1호 | 세무조사의 정의에 조세범칙조사 포함 |
| 구 국세기본법 제81조의15 제1항·제2항 제2호 | 과세전적부심사 제도 및 예외사유(조세범 처벌법 위반 고발·통고처분의 경우) |
| 구 조세범 처벌절차법 제13조, 제15조 제1항·제4항 | 통고처분의 정의 및 절차 |
| 구 조세범 처벌절차법 제2조, 제7조 제1항 | 조세범칙행위·조세범칙사건·조세범칙조사의 정의 및 실시 요건 |
| 조세범 처벌법 제3조 제1항 | 조세포탈죄 성립 요건 |
| 구 법인세법 제67조 | 소득처분(익금산입액의 귀속자에 대한 상여 등 처분) |
| 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서 | 사외유출 귀속 불분명 시 대표자 상여 처분 |
| 헌법 제12조 제1항 | 적법절차의 원칙(형사절차 및 과세권 행사 전반에 적용) |
판례요지
① 중복세무조사금지의 원칙이 조세범칙조사에 적용됨
- 구 국세기본법 제81조의2 제2항 제1호가 세무조사에 조세범칙조사를 명시적으로 포함시킴
- 위법한 세무조사 금지·세무조사권 남용 방지를 위한 구 국세기본법 제81조의4의 취지, 헌법상 적법절차 원칙이 과세권 행사에도 적용되어야 한다는 점, 조세범칙조사는 일반 행정절차보다 적법절차의 원칙이 더욱 엄격하게 관철될 필요성이 있다는 점을 고려하면, 중복세무조사금지의 원칙은 조세범칙조사에도 마땅히 적용됨
② 중복세무조사금지의 원칙을 위반한 조세범칙조사에 기한 통고처분의 효력 부정
- 한정적 예외요건을 갖추지 못한 재조사는 납세자의 영업의 자유·법적 안정성을 심각하게 침해하고 세무조사권 남용으로 이어질 우려가 있으므로 원칙적으로 금지되며, 이를 위반한 경우 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로만 통제 가능한 중대한 절차적 하자가 존재함(대법원 2016두55421 참조)
- 통고처분에 선행한 조세범칙조사에 중복세무조사금지의 원칙 위반 하자가 있으면, 해당 통고처분은 '조세범칙행위의 확증'의 필수적 전제인 절차적 적법성이 구비되지 않아 효력이 부정됨
③ 납부된 벌금 상당액의 부당이득 해당
- 통고처분은 공정력 있는 행정처분이 아니어서 행정쟁송 등으로 별도의 적극적 불복이 불가능하고(구 국세기본법 제55조 제1항 단서 제1호), 재심대상으로도 삼을 수 없음(대법원 2016모203, 2018모152 참조)
- 조세채무 또는 납세의무가 부존재하는 경우 형사소송법상 재심절차로 구제받을 가능성이 있는 경우와 비교할 때, 어떠한 불복 방법도 허용하지 않는 것은 현저히 부당함
- 따라서 기납부된 벌금 상당액은 소급하여 법률상 원인을 흠결하여 부당이득에 해당함
- 민사법원은 선결문제로서 통고처분의 효력 여부를 판단 가능함
④ 과세전적부심사 예외사유의 소득금액변동통지에 대한 불적용
- 법인세 부과처분과 소득처분에 따른 소득금액변동통지는 각각 별개의 처분임
- 법인세 포탈에 관하여 조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분을 하였더라도, 이는 포탈 법인세에 대한 과세전적부심사 예외사유에 해당할 뿐이고, 소득처분에 따른 소득금액변동통지와 관련된 조세포탈에 대해서까지 과세전적부심사 예외사유인 '고발 또는 통고처분'을 한 것으로 볼 수 없음
- 따라서 과세관청은 소득금액변동통지에 앞서 납세자인 법인에게 과세전적부심사의 기회를 부여하여야 하고, 이 없이 이루어진 소득금액변동통지는 납세자의 절차적 권리를 침해하는 중대·명백한 하자가 있어 무효임(대법원 2016두49228, 2017두51174 참조)
4) 적용 및 결론
쟁점 ① 통고처분에 따라 납부한 벌금 상당액의 부당이득 해당 여부
법리
- 중복세무조사금지의 원칙은 조세범칙조사에 적용되고, 이를 위반한 조세범칙조사에 기한 통고처분은 절차적 적법성을 결여하여 효력이 부정되며, 기납부 벌금 상당액은 소급하여 법률상 원인을 흠결하여 부당이득을 구성함
포섭
- 이 사건 조세범칙조사는 2014. 10. 8. ~ 2014. 11. 21. 실시된 1차 세무조사(2011 ~ 2013 사업연도 법인세 통합조사)가 이미 완료된 이후 진행된 2차 세무조사를 조세범칙조사로 전환하면서 조사대상을 2010 ~ 2016 사업연도로 확대한 것으로, 2011 ~ 2013 사업연도의 같은 세목에 대한 재조사에 해당하여 중복세무조사금지의 원칙에 위반됨
- 이 사건 통고처분은 위 위법한 조세범칙조사에 기하여 이루어진 것으로, 조세심판원 결정으로 취소된 2011 ~ 2013 사업연도 부과처분에 상응하는 부분이 포함된 2013년 조세범칙행위 관련 벌금 상당액 315,951,005원은 법률상 원인 없이 수령된 것임
- 통고처분에 대한 별도 불복 방법이 없는 상황에서 민사법원이 선결문제로 통고처분의 효력을 판단하여 부당이득반환 허용
결론
- 원고들의 피고 대한민국에 대한 벌금 상당액 합계 315,951,005원의 부당이득반환청구 인용. 상고 기각
쟁점 ② 이 사건 원천징수세액의 부당이득 해당 여부
법리
- 법인세 포탈에 대한 고발·통고처분은 소득금액변동통지에 대한 과세전적부심사 예외사유가 아니므로, 세무조사결과통지 후 과세전적부심사 청구·결정 전에 이루어진 소득금액변동통지는 중대·명백한 절차상 하자로 무효임
포섭
- 이 사건 2014 ~ 2016 귀속 소득금액변동통지는 2018. 5. 28. 세무조사결과통지와 동시에 이루어졌고, 과세전적부심사 청구 및 그에 대한 결정이 있기 전에 이루어진 것임
- 법인세 포탈에 관한 통고처분은 법인세에 대한 예외사유에 해당할 뿐, 소득금액변동통지 관련 조세포탈에 대해서까지 예외사유에 해당한다고 볼 수 없음
- 과세전적부심사를 거치기 전 또는 그에 대한 결정 전에 소득금액변동통지를 할 수 있는 다른 예외사유도 없음
- 따라서 이 사건 소득금액변동통지는 무효이고, 이에 기하여 납부된 이 사건 원천징수세액 355,367,250원은 법률상 원인을 결여함
- 피고들이 이 법리가 대법원 2017두51174 판결 선고 이전까지 명백하지 않았다고 주장하였으나, 과세권의 행사가 과세전적부심사 제도를 형해화하고 납세자의 절차적 권리를 침해한다는 점은 위 판결 선고 전부터 인정되는 것으로 배척됨
결론
- 원고 1 회사의 피고들에 대한 원천징수세액 355,367,250원의 부당이득반환청구 인용. 상고 기각
참조: 2025다210837
